More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4299 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_4299  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  611  9.999999999999999e-175  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.544326  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2385  LysR family transcriptional regulator  94.02 
 
 		 301 aa  578  1e-164  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4817  LysR family transcriptional regulator  81.85 
 
 		 299 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.92045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4045  LysR family transcriptional regulator  58.16 
 
 		 304 aa  358  7e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0661  transcriptional regulator AmpR, putative  60.48 
 
 		 294 aa  347  1e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.486007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0695  LysR family transcriptional regulator  60.48 
 
 		 294 aa  347  1e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0125106 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3693  LysR family transcriptional regulator  57.43 
 
 		 296 aa  338  9e-92  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.330059 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.76 
 
 		 306 aa  224  9e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.86 
 
 		 300 aa  222  7e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.52 
 
 		 314 aa  218  7.999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.48 
 
 		 303 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.79 
 
 		 303 aa  211  9e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 308 aa  211  1e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.48 
 
 		 303 aa  211  1e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.48 
 
 		 303 aa  210  2e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 317 aa  210  2e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.14 
 
 		 303 aa  209  5e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.14 
 
 		 303 aa  209  5e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.14 
 
 		 303 aa  209  5e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.14 
 
 		 303 aa  209  6e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.14 
 
 		 303 aa  209  6e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.14 
 
 		 303 aa  209  6e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.14 
 
 		 303 aa  209  6e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.48 
 
 		 303 aa  207  1e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.14 
 
 		 303 aa  208  1e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  39.67 
 
 		 305 aa  205  6e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  39.67 
 
 		 305 aa  205  6e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.67 
 
 		 305 aa  205  6e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.67 
 
 		 305 aa  205  6e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.67 
 
 		 305 aa  205  6e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  39.67 
 
 		 305 aa  205  6e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.67 
 
 		 305 aa  205  6e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.67 
 
 		 305 aa  205  6e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.67 
 
 		 305 aa  205  6e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 315 aa  204  1e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.45 
 
 		 303 aa  204  1e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39 
 
 		 305 aa  202  6e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39 
 
 		 305 aa  202  6e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39 
 
 		 305 aa  202  6e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  39.25 
 
 		 295 aa  202  6e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39 
 
 		 305 aa  202  6e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39 
 
 		 305 aa  202  6e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.1 
 
 		 303 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.1 
 
 		 306 aa  201  9.999999999999999e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.06 
 
 		 303 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2769  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 289 aa  199  3.9999999999999996e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39 
 
 		 308 aa  198  9e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.67 
 
 		 305 aa  198  9e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.67 
 
 		 305 aa  198  9e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.67 
 
 		 305 aa  198  9e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.67 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.67 
 
 		 308 aa  197  3e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.75 
 
 		 302 aa  196  4.0000000000000005e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.33 
 
 		 307 aa  196  5.000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.33 
 
 		 305 aa  196  5.000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.67 
 
 		 307 aa  195  8.000000000000001e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 311 aa  194  2e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.98 
 
 		 300 aa  193  3e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0495  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.8 
 
 		 301 aa  192  6e-48  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000126497  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.76 
 
 		 303 aa  191  9e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 318 aa  191  1e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  39.32 
 
 		 299 aa  190  2e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.46 
 
 		 306 aa  190  2.9999999999999997e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  37.46 
 
 		 306 aa  188  1e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2946  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 292 aa  188  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2331  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 305 aa  186  3e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0724376  normal  0.145615 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 317 aa  186  3e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  37.62 
 
 		 311 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  36.84 
 
 		 311 aa  183  3e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0983  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  39.74 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  41 
 
 		 311 aa  181  1e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.18 
 
 		 310 aa  180  2e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1165  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711876  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 305 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 327 aa  179  4e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 305 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0481  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 292 aa  178  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6156  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 308 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 305 aa  177  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 305 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0998  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 290 aa  176  5e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.927457 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0909  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 306 aa  176  5e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 309 aa  176  6e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4008  transcriptional regulator, LysR family  38.94 
 
 		 292 aa  175  7e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2586  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 291 aa  174  9.999999999999999e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04893  transcriptional regulator  36.64 
 
 		 289 aa  174  9.999999999999999e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2761  transcription regulator protein  37.29 
 
 		 308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.21868  normal  0.56038 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  36.77 
 
 		 314 aa  174  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.41 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5369  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.927106  normal  0.182249 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4712  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 297 aa  173  2.9999999999999996e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0181499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0844  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 295 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.546579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2004  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 293 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0921  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 315 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00893  transcription regulator protein  38.08 
 
 		 304 aa  172  5.999999999999999e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0257134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.15 
 
 		 294 aa  172  9e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1005  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 307 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187099  normal  0.59249 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2834  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 312 aa  171  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>