29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4252 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008391  Bamb_4252  hypothetical protein  100 
 
 
114 aa  230  4e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.122458  decreased coverage  0.00323313 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4776  hypothetical protein  95.61 
 
 
114 aa  222  2e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0832  hypothetical protein  87.72 
 
 
114 aa  207  6e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0420856 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3586  hypothetical protein  74.56 
 
 
115 aa  174  5e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.284376  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3095  hypothetical protein  72.81 
 
 
155 aa  169  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3060  hypothetical protein  72.81 
 
 
155 aa  169  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2007  hypothetical protein  71.93 
 
 
155 aa  167  5e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.17329  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2606  hypothetical protein  71.93 
 
 
128 aa  167  5e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0773  hypothetical protein  71.93 
 
 
155 aa  167  5e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3007  hypothetical protein  71.93 
 
 
155 aa  166  1e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0060  hypothetical protein  66.67 
 
 
118 aa  157  6e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4220  hypothetical protein  53.57 
 
 
114 aa  122  1e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4837  hypothetical protein  43.48 
 
 
114 aa  78.2  3e-14  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1850  hypothetical protein  41.96 
 
 
115 aa  78.6  3e-14  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1069  hypothetical protein  40.18 
 
 
115 aa  76.6  1e-13  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.443207  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2769  hypothetical protein  39.29 
 
 
114 aa  75.9  2e-13  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1359  hypothetical protein  40.54 
 
 
115 aa  71.6  3e-12  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.147484  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7213  hypothetical protein  36.94 
 
 
112 aa  72  3e-12  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1177  hypothetical protein  35.51 
 
 
116 aa  67.8  4e-11  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.174378  normal  0.54833 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1254  hypothetical protein  35.14 
 
 
114 aa  61.2  4e-09  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1180  hypothetical protein  35.14 
 
 
198 aa  60.8  5e-09  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2447  hypothetical protein  35.14 
 
 
201 aa  60.8  5e-09  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.950659  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0400  hypothetical protein  34.23 
 
 
114 aa  58.2  4e-08  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6596  hypothetical protein  33.33 
 
 
114 aa  53.1  1e-06  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.138686 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1236  hypothetical protein  33.33 
 
 
114 aa  53.1  1e-06  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0138  hypothetical protein  30.43 
 
 
114 aa  52.8  2e-06  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.096273  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6200  hypothetical protein  33.33 
 
 
114 aa  52  3e-06  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.484468  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7085  hypothetical protein  32.43 
 
 
114 aa  52  3e-06  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1695  hypothetical protein  34.29 
 
 
120 aa  46.2  0.0002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>