186 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4174 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008391  Bamb_4174  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
326 aa  650    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.93932  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4696  NAD-dependent epimerase/dehydratase  95.09 
 
 
326 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.990453 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0922  NAD-dependent epimerase/dehydratase  84.71 
 
 
327 aa  568  1e-161  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  86.46 
 
 
336 aa  555  1e-157  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.316364  hitchhiker  0.00353615 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3578  NAD-dependent epimerase/dehydratase  85.23 
 
 
325 aa  549  1e-155  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4789  NAD-dependent epimerase/dehydratase  85.23 
 
 
325 aa  549  1e-155  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5493  NAD-dependent epimerase/dehydratase  85.23 
 
 
325 aa  549  1e-155  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.299821 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2727  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.62 
 
 
340 aa  387  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430894  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3203  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.13 
 
 
318 aa  378  1e-104  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2988  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.86 
 
 
340 aa  375  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.865432  normal  0.0888549 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3529  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.18 
 
 
318 aa  374  1e-102  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.016337 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0998  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  62.71 
 
 
333 aa  373  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2723  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  63.37 
 
 
345 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2579  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  63.37 
 
 
345 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.62087  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3335  hypothetical protein  62.15 
 
 
318 aa  369  1e-101  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0189  hypothetical protein  63.04 
 
 
332 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0302861  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1362  hypothetical protein  63.04 
 
 
345 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169729  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1558  hypothetical protein  63.04 
 
 
345 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0217  hypothetical protein  63.04 
 
 
345 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.644245  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3144  hypothetical protein  55.52 
 
 
370 aa  353  2.9999999999999997e-96  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.428885  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0823  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.09 
 
 
340 aa  350  3e-95  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.895804 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.62 
 
 
352 aa  338  9e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0746307  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0650  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.44 
 
 
337 aa  315  6e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.349018  normal  0.530155 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1458  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.6 
 
 
326 aa  307  2.0000000000000002e-82  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.780601  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5771  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.19 
 
 
338 aa  305  6e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.783154  normal  0.678603 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0510  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.58 
 
 
316 aa  284  2.0000000000000002e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1636  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.3 
 
 
324 aa  253  2.0000000000000002e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0710053 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02816  NAD-dependent epimerase/dehydratase  73.08 
 
 
162 aa  226  4e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3492  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.14 
 
 
335 aa  205  1e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.312033  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0126  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.5 
 
 
287 aa  160  2e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02815  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.75 
 
 
122 aa  128  2.0000000000000002e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4419  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.82 
 
 
321 aa  127  4.0000000000000003e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2321  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.6 
 
 
312 aa  115  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5393  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.32 
 
 
312 aa  103  3e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0042  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.67 
 
 
329 aa  103  4e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0046  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.81 
 
 
318 aa  101  1e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.582921 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0027  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.55 
 
 
329 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.535465  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.67 
 
 
329 aa  100  3e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2286  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.29 
 
 
321 aa  97.8  2e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.96 
 
 
309 aa  96.3  7e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.184838  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3201  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.45 
 
 
309 aa  94  4e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3608  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.09 
 
 
306 aa  91.3  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3981  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.17 
 
 
317 aa  89.7  5e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0549387 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3451  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.25 
 
 
313 aa  88.2  2e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00141609  hitchhiker  0.00437395 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2329  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.97 
 
 
318 aa  86.3  6e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.51179  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2314  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.62 
 
 
307 aa  85.1  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.18 
 
 
309 aa  85.1  0.000000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5665  NmrA-like protein/nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  27.67 
 
 
324 aa  84.7  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.783073 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0353  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.74 
 
 
344 aa  82.8  0.000000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.860754 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1987  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.21 
 
 
328 aa  82.8  0.000000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1740  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.86 
 
 
332 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.377476  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.2 
 
 
315 aa  81.6  0.00000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.036254  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1426  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.3 
 
 
316 aa  79.7  0.00000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1654  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.16 
 
 
326 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.354617  normal  0.0815308 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2857  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.08 
 
 
304 aa  79  0.0000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1143  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.9 
 
 
325 aa  78.2  0.0000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.470047  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.11 
 
 
309 aa  76.6  0.0000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2007  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.59 
 
 
317 aa  75.1  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0894753  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3195  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.72 
 
 
311 aa  73.6  0.000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.67739  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5344  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.93 
 
 
352 aa  73.2  0.000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4354  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.93 
 
 
321 aa  73.2  0.000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2497  putative sugar dehydratase/epimerase  27.27 
 
 
332 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.96633  normal  0.814546 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0873  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.81 
 
 
316 aa  68.6  0.0000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.765071  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.14 
 
 
319 aa  68.9  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.875328  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001158  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.36 
 
 
314 aa  67.4  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.89 
 
 
324 aa  66.2  0.0000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.927449  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1823  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.06 
 
 
301 aa  65.9  0.0000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4635  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.94 
 
 
276 aa  65.5  0.000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0341156  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4766  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.97 
 
 
308 aa  65.1  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.504553  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1559  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.43 
 
 
312 aa  64.7  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00329554  normal  0.0368212 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1542  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.88 
 
 
300 aa  63.9  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5717  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.91 
 
 
304 aa  63.9  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0127633 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23000  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  27.27 
 
 
310 aa  62  0.00000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.109037  normal  0.0324264 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2851  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.57 
 
 
311 aa  62.4  0.00000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.55 
 
 
304 aa  61.6  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1484  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.66 
 
 
319 aa  60.8  0.00000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.357446  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0803  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.55 
 
 
315 aa  58.9  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0943322  normal  0.641054 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1215  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.41 
 
 
329 aa  57.8  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.190053  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1783  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.92 
 
 
334 aa  55.5  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.81312  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3118  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  25.09 
 
 
331 aa  55.1  0.000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.206034  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0130  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.95 
 
 
347 aa  54.3  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.116782  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5719  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.93 
 
 
352 aa  54.3  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.512451  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0312  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.83 
 
 
312 aa  53.1  0.000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.716604  normal  0.0199185 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0230  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.66 
 
 
304 aa  51.6  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0624037  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0864  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.46 
 
 
328 aa  51.2  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.36 
 
 
355 aa  51.6  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.407115  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.48 
 
 
333 aa  51.6  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1701  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.61 
 
 
307 aa  51.6  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.517647  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2099  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  22.92 
 
 
330 aa  50.8  0.00003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0931539  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0884  hopanoid-associated sugar epimerase  38.75 
 
 
329 aa  50.8  0.00003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000222195 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3058  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.66 
 
 
350 aa  50.8  0.00003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3156  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  33.33 
 
 
361 aa  50.4  0.00004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4306  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.51 
 
 
308 aa  50.4  0.00004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.244764  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4897  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.22 
 
 
333 aa  50.1  0.00005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2242  UDP-glucose 4-epimerase  29.73 
 
 
334 aa  50.1  0.00005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.558956  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2822  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.09 
 
 
314 aa  50.1  0.00005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2568  hypothetical protein  29.33 
 
 
211 aa  49.7  0.00007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000183423  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3361  hopanoid-associated sugar epimerase  37.5 
 
 
329 aa  49.7  0.00007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0322515  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.92 
 
 
343 aa  48.5  0.0001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.213871 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2119  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  22.97 
 
 
330 aa  48.9  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>