59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4052 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4510  NERD domain-containing protein  97.84 
 
 		 555 aa  1100    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1359  hypothetical protein  77.72 
 
 		 554 aa  876    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0546  hypothetical protein  77.9 
 
 		 554 aa  878    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.946495  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0275  hypothetical protein  77.9 
 
 		 554 aa  878    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0985894  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1281  hypothetical protein  77.72 
 
 		 554 aa  875    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0983409  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1020  hypothetical protein  77.9 
 
 		 554 aa  878    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.44837  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4664  hypothetical protein  93.24 
 
 		 557 aa  1043    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.220049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4052  hypothetical protein  100 
 
 		 555 aa  1120    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.890756 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4896  NERD domain protein  72.46 
 
 		 564 aa  823    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0805838 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4026  NERD domain-containing protein  90.46 
 
 		 555 aa  990    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3704  hypothetical protein  93.24 
 
 		 557 aa  1043    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.064418  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1774  hypothetical protein  71.3 
 
 		 573 aa  817    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.245885  hitchhiker  0.0000023235 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3351  NERD domain-containing protein  71.53 
 
 		 557 aa  814    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.164276  hitchhiker  0.000169391 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1296  hypothetical protein  77.9 
 
 		 669 aa  878    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0263973  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2536  hypothetical protein  77.9 
 
 		 554 aa  878    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1463  hypothetical protein  76.99 
 
 		 626 aa  872    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1159  hypothetical protein  94.02 
 
 		 555 aa  1055    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.127687 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5636  NERD domain-containing protein  93.42 
 
 		 557 aa  1043    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0748755  normal  0.450463 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0845  hypothetical protein  52.72 
 
 		 544 aa  585  1e-166  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0545753  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0515  hypothetical protein  53.13 
 
 		 558 aa  546  1e-154  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0189041  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1706  NERD domain protein  36.62 
 
 		 541 aa  315  9.999999999999999e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.516506  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0285  NERD domain protein  37.5 
 
 		 540 aa  310  4e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0422  hypothetical protein  39.13 
 
 		 554 aa  305  1.0000000000000001e-81  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4576  AAA ATPase  33.84 
 
 		 533 aa  262  1e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2424  NERD domain protein  25.84 
 
 		 559 aa  93.6  9e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.0000000438453  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1680  NERD domain-containing protein  22.67 
 
 		 568 aa  79.7  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0239  NERD domain-containing protein  25.29 
 
 		 579 aa  76.6  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0847  hypothetical protein  26.74 
 
 		 549 aa  75.1  0.000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.20557  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0729  hypothetical protein  27.02 
 
 		 574 aa  73.9  0.000000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0844  hypothetical protein  26.57 
 
 		 563 aa  69.3  0.0000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0827  hypothetical protein  26.57 
 
 		 563 aa  69.3  0.0000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0342  NERD domain protein  28.37 
 
 		 550 aa  67  0.0000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4099  NERD domain-contain protein  27.59 
 
 		 606 aa  63.2  0.00000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1146  hypothetical protein  23.92 
 
 		 551 aa  61.2  0.00000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3682  NERD domain-containing protein  26.13 
 
 		 601 aa  61.2  0.00000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.023391  normal  0.021571 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1772  DNA helicase II  26.91 
 
 		 619 aa  58.9  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2752  hypothetical protein  38.14 
 
 		 324 aa  58.2  0.0000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.172027 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5264  hypothetical protein  28.85 
 
 		 617 aa  55.8  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0076  DNA helicase II  28.57 
 
 		 632 aa  56.2  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2302  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  29.29 
 
 		 607 aa  55.1  0.000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1299  NERD domain protein  24.04 
 
 		 593 aa  53.9  0.000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3317  NERD domain protein  26.45 
 
 		 555 aa  53.1  0.00001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1108  hypothetical protein  25 
 
 		 593 aa  52  0.00003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.290007  normal  0.36043 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2139  hypothetical protein  24.17 
 
 		 617 aa  51.6  0.00004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5176  hypothetical protein  26.12 
 
 		 551 aa  51.6  0.00004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.798305 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4891  hypothetical protein  25.67 
 
 		 616 aa  50.8  0.00006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.412698  normal  0.98473 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4939  DNA helicase II  22.11 
 
 		 613 aa  50.8  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.891198  normal  0.619317 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4619  hypothetical protein  26.15 
 
 		 615 aa  50.1  0.00009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.502486 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3974  hypothetical protein  24.52 
 
 		 607 aa  49.7  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335001 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5380  DNA helicase II  29.61 
 
 		 619 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4005  hypothetical protein  23.61 
 
 		 610 aa  49.7  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.467683  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001515  hypothetical protein  27.16 
 
 		 634 aa  48.5  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.431863  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2959  NERD domain-containing protein  24.53 
 
 		 625 aa  47.4  0.0007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02993  hypothetical protein  25.21 
 
 		 612 aa  47.4  0.0007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000145899  normal  0.116581 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0359  hypothetical protein  23.81 
 
 		 827 aa  46.2  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.000526889  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0783  hypothetical protein  23.08 
 
 		 662 aa  44.3  0.006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0875  hypothetical protein  25 
 
 		 712 aa  43.9  0.007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0135  putative circadian clock protein, KaiC  37.97 
 
 		 506 aa  43.9  0.008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.034427 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1060  NERD domain protein  25.83 
 
 		 527 aa  43.5  0.01  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0134281 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>