More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4024 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_5935  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  54.29 
 
 		 1040 aa  931    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5938  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  51.82 
 
 		 963 aa  820    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0838  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  46.07 
 
 		 852 aa  690    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1696  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  45.23 
 
 		 872 aa  674    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0563  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  44.4 
 
 		 861 aa  652    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375359 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2970  putative fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  51.75 
 
 		 880 aa  764    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0574  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  44.87 
 
 		 852 aa  651    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4252  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  46.4 
 
 		 850 aa  717    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.22475 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4959  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  45.85 
 
 		 867 aa  703    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.45862 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0063  outer membrane usher protein precursor  45.07 
 
 		 901 aa  667    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0335545  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4024  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  100 
 
 		 866 aa  1755    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.469528 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6927  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  49.29 
 
 		 886 aa  747    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.425262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0052  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  44.83 
 
 		 901 aa  662    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6638  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  45.68 
 
 		 884 aa  631  1e-179  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00144126  decreased coverage  0.000000000434399 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6669  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  42.42 
 
 		 856 aa  625  1e-178  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.124902 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1151  putative fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  42.63 
 
 		 866 aa  622  1e-176  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3032  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  43.62 
 
 		 930 aa  620  1e-176  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1016  usher CupB3  44.85 
 
 		 842 aa  617  1e-175  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11080  usher CupB3  42.93 
 
 		 844 aa  598  1e-169  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1677  fimbrial usher protein  40.54 
 
 		 870 aa  592  1e-168  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1788  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  40.54 
 
 		 870 aa  592  1e-167  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0202884  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0117  outer membrane usher protein  38.98 
 
 		 939 aa  582  1e-164  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1534  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  41.06 
 
 		 880 aa  564  1.0000000000000001e-159  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.155889  normal  0.781332 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0152  fimbrial usher protein  37.97 
 
 		 914 aa  565  1.0000000000000001e-159  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0128  fimbrial usher protein  37.97 
 
 		 914 aa  565  1.0000000000000001e-159  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1600  outer membrane usher protein  37.85 
 
 		 913 aa  562  1e-158  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.68483  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1817  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.77 
 
 		 851 aa  556  1e-157  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00513641 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3021  usher  41.45 
 
 		 868 aa  556  1e-157  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.383508  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37030  usher  41.37 
 
 		 872 aa  550  1e-155  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.302573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2274  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.26 
 
 		 863 aa  533  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2108  fimbrial usher protein  37.83 
 
 		 854 aa  530  1e-149  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0164187  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3463  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.36 
 
 		 865 aa  530  1e-149  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.93384  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2165  fimbrial usher protein  37.96 
 
 		 854 aa  531  1e-149  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.795647  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00138  predicted outer membrane usher protein  37.37 
 
 		 866 aa  527  1e-148  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.242509  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00137  hypothetical protein  37.37 
 
 		 861 aa  527  1e-148  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.206495  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3520  putative outer membrane usher protein  37.05 
 
 		 866 aa  526  1e-148  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.315338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0142  putative outer membrane usher protein  37.25 
 
 		 866 aa  523  1e-147  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0236514  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0148  putative outer membrane usher protein  36.86 
 
 		 866 aa  521  1e-146  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.234756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0150  putative outer membrane usher protein  36.01 
 
 		 866 aa  506  9.999999999999999e-143  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0557898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1665  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.71 
 
 		 929 aa  507  9.999999999999999e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1133  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.84 
 
 		 844 aa  502  1e-140  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.127861 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4044  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.69 
 
 		 883 aa  500  1e-140  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.318083  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2281  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.73 
 
 		 876 aa  496  1e-139  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0169  fimbrial usher protein  35.57 
 
 		 883 aa  498  1e-139  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1477  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.33 
 
 		 890 aa  491  1e-137  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.432789  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1365  fimbrial usher protein  35.7 
 
 		 833 aa  489  1e-137  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.347917  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0207  putative outer membrane usher protein  36.4 
 
 		 888 aa  486  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0501  fimbrial usher protein  35.23 
 
 		 875 aa  486  1e-136  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.316711  decreased coverage  0.00141222 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2874  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.27 
 
 		 840 aa  489  1e-136  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2831  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.05 
 
 		 887 aa  488  1e-136  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3974  putative outer membrane usher protein  35.58 
 
 		 866 aa  485  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.183336  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1053  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.87 
 
 		 837 aa  484  1e-135  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51450  usher CupC3  36.84 
 
 		 839 aa  483  1e-135  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.390609  hitchhiker  0.000267992 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0168  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37 
 
 		 864 aa  485  1e-135  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3851  outer membrane usher protein FimD  35.12 
 
 		 842 aa  482  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3916  fimbrial usher protein  36.32 
 
 		 842 aa  481  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.834184 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3960  outer membrane usher protein FimD  36.32 
 
 		 842 aa  482  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1071  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.09 
 
 		 877 aa  482  1e-134  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.176017 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04186  outer membrane usher protein, type 1 fimbrial synthesis  35.2 
 
 		 878 aa  478  1e-133  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04148  hypothetical protein  35.2 
 
 		 878 aa  478  1e-133  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4543  outer membrane usher protein fimD  35.08 
 
 		 863 aa  477  1e-133  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0863199  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3680  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.08 
 
 		 878 aa  474  1e-132  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0209  putative outer membrane usher protein  36.02 
 
 		 865 aa  474  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.747927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4405  usher CupC3  36.02 
 
 		 839 aa  475  1e-132  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5823  outer membrane usher protein fimD  35.29 
 
 		 878 aa  474  1e-132  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.50645  normal  0.941906 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3924  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.5 
 
 		 875 aa  471  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.215778  normal  0.607518 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1023  outer membrane usher protein  38.3 
 
 		 850 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2231  outer membrane usher protein  38.3 
 
 		 833 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.269054  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3811  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.5 
 
 		 875 aa  471  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.647139  normal  0.153634 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0599  fimbrial usher protein  36.57 
 
 		 870 aa  469  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0484781 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0763  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.61 
 
 		 852 aa  468  9.999999999999999e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.794501  normal  0.0266103 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3755  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.53 
 
 		 851 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4844  outer membrane usher protein fimD  34.73 
 
 		 856 aa  468  9.999999999999999e-131  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2031  outer membrane usher protein YcbS  38.05 
 
 		 833 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.617204  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2088  fimbrial usher protein  38.05 
 
 		 833 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0990  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.25 
 
 		 833 aa  468  9.999999999999999e-131  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709661 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0595  outer membrane usher protein SfmD  36.45 
 
 		 870 aa  465  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.232455 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0591  outer membrane usher protein SfmD  36.45 
 
 		 870 aa  466  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.053453 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0592  outer membrane usher protein SfmD  36.33 
 
 		 870 aa  465  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0701442  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0431  outer membrane fimbrial usher protein  36.92 
 
 		 853 aa  462  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000247284 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2179  outer membrane usher protein fimD-like protein  35.53 
 
 		 866 aa  465  1e-129  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.932643  normal  0.834799 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0656  outer membrane usher protein SfmD  36.09 
 
 		 870 aa  463  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2703  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.29 
 
 		 866 aa  459  9.999999999999999e-129  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0538339  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0391  outer membrane fimbrial usher protein  36.8 
 
 		 853 aa  460  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0860729  normal  0.0225647 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0369  outer membrane fimbrial usher protein  36.8 
 
 		 853 aa  459  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.590935 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0371  outer membrane fimbrial usher protein  36.69 
 
 		 853 aa  459  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0554  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.17 
 
 		 838 aa  456  1e-127  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0981109  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00944  predicted outer membrane usher protein  35.33 
 
 		 866 aa  456  1e-127  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.887822  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03011  predicted outer membrane protein  35.29 
 
 		 838 aa  457  1e-127  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0561  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.17 
 
 		 838 aa  457  1e-127  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00951  hypothetical protein  35.33 
 
 		 866 aa  456  1e-127  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.90606  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0378  outer membrane fimbrial usher protein  36.69 
 
 		 853 aa  458  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.383474  normal  0.14713 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3626  fimbrial usher family protein  35.29 
 
 		 838 aa  457  1e-127  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2377  outer membrane usher protein fimD homolog  35.06 
 
 		 866 aa  456  1e-127  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.108506  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4155  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.77 
 
 		 836 aa  456  1e-127  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2235  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.97 
 
 		 819 aa  457  1e-127  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0323635 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1055  outer membrane usher protein fimD  35.18 
 
 		 866 aa  459  1e-127  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00207223  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3336  fimbrial usher family protein  35.28 
 
 		 838 aa  457  1e-127  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.559371  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4462  fimbrial usher family protein  35.17 
 
 		 863 aa  456  1e-127  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0300  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.01 
 
 		 850 aa  458  1e-127  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>