118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3881 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008391  Bamb_3881  YheO domain-containing protein  100 
 
 
212 aa  434  1e-121  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0788485 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4342  YheO domain-containing protein  99.53 
 
 
212 aa  431  1e-120  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1494  hypothetical protein  91.51 
 
 
212 aa  391  1e-108  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.101034  normal  0.19833 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3919  YheO-like  91.47 
 
 
212 aa  390  1e-108  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4449  YheO domain-containing protein  91.47 
 
 
212 aa  390  1e-108  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5858  YheO domain-containing protein  91.47 
 
 
212 aa  390  1e-108  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.575899  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4178  YheO domain-containing protein  90.1 
 
 
236 aa  374  1e-103  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3785  YheO domain-containing protein  73.27 
 
 
210 aa  313  9.999999999999999e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.81805  normal  0.997739 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0153  YheO domain-containing protein  68.81 
 
 
210 aa  291  4e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000848869 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4823  hypothetical protein  69.35 
 
 
208 aa  282  3.0000000000000004e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00729669  normal  0.42509 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5755  YheO domain-containing protein  65.7 
 
 
216 aa  273  2.0000000000000002e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00241536  hitchhiker  0.000000000000540056 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3404  YheO domain-containing protein  67.71 
 
 
224 aa  269  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3127  YheO domain protein  67.17 
 
 
218 aa  268  4e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.284624  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2555  YheO domain protein  62.63 
 
 
206 aa  258  5.0000000000000005e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.94886  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2249  YheO domain protein  63.13 
 
 
207 aa  257  1e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04794  hypothetical protein  52.5 
 
 
214 aa  207  1e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.40629  normal  0.0119092 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3999  YheO domain protein  49.51 
 
 
213 aa  196  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4112  YheO domain protein  49.51 
 
 
213 aa  196  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.246313 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4371  hypothetical protein  50.75 
 
 
212 aa  185  4e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2000  YheO domain-containing protein  46.53 
 
 
217 aa  183  2.0000000000000003e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.35427  normal  0.0222508 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2109  YheO domain-containing protein  27.27 
 
 
216 aa  98.6  6e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.763786  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0968  hypothetical protein  32.88 
 
 
213 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2566  YheO domain protein  29.76 
 
 
220 aa  97.4  1e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.086205  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1367  YheO domain-containing protein  30.5 
 
 
224 aa  94.4  1e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2540  YheO domain-containing protein  32.09 
 
 
263 aa  92  6e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0364  YheO-like  32.68 
 
 
240 aa  91.7  8e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0739  YheO domain-containing protein  32.2 
 
 
264 aa  91.7  8e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.074862 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0722  YheO domain-containing protein  32.2 
 
 
264 aa  91.3  9e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0819  YheO domain-containing protein  32.68 
 
 
264 aa  91.3  9e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.229038  normal  0.717767 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3937  hypothetical protein  33.33 
 
 
219 aa  91.3  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0928038  hitchhiker  0.00381937 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0847  YheO domain-containing protein  33.33 
 
 
215 aa  90.9  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.262344  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0613  YheO domain-containing protein  28.35 
 
 
224 aa  91.3  1e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3430  YheO domain-containing protein  31.05 
 
 
214 aa  90.9  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.519645 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3568  YheO domain-containing protein  32.26 
 
 
209 aa  89  5e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.634176  normal  0.263492 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2434  YheO domain protein  28.35 
 
 
230 aa  89  5e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000217954  normal  0.0165675 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0108  YheO domain protein  27.78 
 
 
224 aa  87  2e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0038  YheO domain-containing protein  30.77 
 
 
201 aa  86.3  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.214034 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1030  YheO domain-containing protein  27.62 
 
 
223 aa  85.9  4e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14000  hypothetical protein  31.37 
 
 
210 aa  85.5  5e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.234213  normal  0.0113357 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0420  YheO domain protein  29.9 
 
 
211 aa  84.3  0.000000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2073  YheO domain protein  29.5 
 
 
231 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0868612 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1803  YheO domain protein  28.06 
 
 
221 aa  84.3  0.000000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00197351  decreased coverage  0.000758988 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2931  YheO domain protein  31.8 
 
 
274 aa  81.6  0.000000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2761  YheO domain-containing protein  31.22 
 
 
234 aa  81.6  0.000000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3071  YheO domain-containing protein  26.37 
 
 
219 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1241  hypothetical protein  29.9 
 
 
210 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3081  YheO domain-containing protein  26.37 
 
 
219 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3224  YheO domain-containing protein  26.37 
 
 
219 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2841  YheO domain-containing protein  31.02 
 
 
224 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.378743 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1295  YheO domain protein  26.37 
 
 
219 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20890  YheO domain protein  26.96 
 
 
221 aa  81.3  0.00000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1208  YheO domain-containing protein  24.26 
 
 
227 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2335  YheO domain protein  26.6 
 
 
263 aa  80.5  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.579523  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0235  YheO domain protein  27.8 
 
 
215 aa  79.7  0.00000000000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1071  hypothetical protein  30.58 
 
 
214 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.110184 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2794  YheO domain-containing protein  24.63 
 
 
226 aa  76.3  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02785  hypothetical protein  25.82 
 
 
222 aa  76.3  0.0000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1402  hypothetical protein  24.63 
 
 
226 aa  76.3  0.0000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2973  YheO domain-containing protein  24.63 
 
 
226 aa  75.9  0.0000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5663  YheO domain protein  28.36 
 
 
214 aa  75.5  0.0000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.8397 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0541  hypothetical protein  25.6 
 
 
210 aa  75.5  0.0000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0602  YheO domain-containing protein  25.6 
 
 
210 aa  75.5  0.0000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.156271  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2877  YheO domain-containing protein  24.14 
 
 
226 aa  74.7  0.0000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2654  YheO domain protein  24.26 
 
 
217 aa  74.7  0.000000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1772  YheO domain protein  29.03 
 
 
580 aa  74.3  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0810  hypothetical protein  26.51 
 
 
223 aa  73.9  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1636  hypothetical protein  25 
 
 
222 aa  73.6  0.000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2227  hypothetical protein  31.79 
 
 
205 aa  73.9  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2028  YheO domain-containing protein  24.37 
 
 
223 aa  73.2  0.000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0390581  normal  0.0444206 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0265  YheO domain protein  25.12 
 
 
222 aa  73.2  0.000000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.205654  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4078  YheO domain-containing protein  25.58 
 
 
226 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4888  YheO domain-containing protein  25 
 
 
221 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0689  YheO domain-containing protein  23.98 
 
 
225 aa  68.9  0.00000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002293  hypothetical protein  26.26 
 
 
226 aa  68.9  0.00000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000331987  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00061  hypothetical protein  26.26 
 
 
238 aa  68.9  0.00000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2767  hypothetical protein  26.26 
 
 
240 aa  68.6  0.00000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000230271  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002894  putative DNA-binding protein  26 
 
 
219 aa  68.6  0.00000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0520  YheO domain protein  31.91 
 
 
204 aa  68.2  0.00000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03080  hypothetical protein  25 
 
 
218 aa  67.8  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2536  MukF protein  24.87 
 
 
215 aa  67.4  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4014  YheO domain protein  24.29 
 
 
248 aa  67  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.182407  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3043  YheO domain protein  24.3 
 
 
218 aa  66.2  0.0000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0394  YheO domain protein  24.3 
 
 
249 aa  65.1  0.0000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00468087  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2673  YheO domain-containing protein  26.96 
 
 
204 aa  65.1  0.0000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3834  YheO domain protein  24.35 
 
 
248 aa  64.7  0.0000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.249663  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0107  YheO domain-containing protein  23.5 
 
 
226 aa  64.3  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3722  hypothetical protein  24.87 
 
 
240 aa  64.3  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000194242  normal  0.0632253 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3757  hypothetical protein  24.87 
 
 
240 aa  64.3  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0543637  normal  0.202333 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3648  hypothetical protein  24.87 
 
 
240 aa  64.3  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.000000508468  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3649  hypothetical protein  24.87 
 
 
240 aa  64.3  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000157298  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3820  hypothetical protein  24.87 
 
 
240 aa  64.3  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000148293  normal  0.984767 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3925  hypothetical protein  23.81 
 
 
240 aa  63.5  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000338087  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4555  YheO domain-containing protein  23.83 
 
 
240 aa  63.5  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495528  normal  0.271247 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3682  hypothetical protein  23.81 
 
 
240 aa  63.5  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00382981  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0271  YheO domain-containing protein  23.81 
 
 
240 aa  63.5  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0835286  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0740  putative DNA-binding protein  27.36 
 
 
211 aa  63.9  0.000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3542  hypothetical protein  24.35 
 
 
240 aa  62.8  0.000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  4.9543e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3815  hypothetical protein  24.35 
 
 
240 aa  62.8  0.000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000129937  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1451  hypothetical protein  29.19 
 
 
206 aa  62.8  0.000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.112752  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4655  hypothetical protein  24.35 
 
 
240 aa  63.2  0.000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000142414  normal  0.0121567 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>