115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3877 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013946  Mrub_2799  Phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP)  65.82 
 
 
616 aa  827    Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0083  phosphoenolpyruvate carboxykinase  54.24 
 
 
599 aa  683    Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.843038  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3385  phosphoenolpyruvate carboxykinase  67.61 
 
 
618 aa  856    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0017  phosphoenolpyruvate carboxykinase  80.1 
 
 
622 aa  1026    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.982063  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3042  phosphoenolpyruvate carboxykinase  81.48 
 
 
621 aa  1078    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.577596  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0665  phosphoenolpyruvate carboxykinase  68.52 
 
 
614 aa  883    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0083  phosphoenolpyruvate carboxykinase  60.98 
 
 
604 aa  772    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3420  phosphoenolpyruvate carboxykinase  77.62 
 
 
618 aa  1022    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1574  phosphoenolpyruvate carboxykinase  81.48 
 
 
621 aa  1078    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.347763  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0386  Phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP)  59.22 
 
 
619 aa  707    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1511  phosphoenolpyruvate carboxykinase  94.52 
 
 
621 aa  1226    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.717731 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0023  phosphoenolpyruvate carboxykinase  65.71 
 
 
621 aa  834    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.162015 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2012  phosphoenolpyruvate carboxykinase  66.78 
 
 
630 aa  846    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2638  phosphoenolpyruvate carboxykinase  68.07 
 
 
617 aa  850    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000194383  normal  0.814307 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3419  phosphoenolpyruvate carboxykinase  65.56 
 
 
620 aa  818    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0407575  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2808  phosphoenolpyruvate carboxykinase  82.74 
 
 
621 aa  1084    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0495385  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3676  phosphoenolpyruvate carboxykinase  53.11 
 
 
596 aa  642    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3897  phosphoenolpyruvate carboxykinase  60.77 
 
 
609 aa  772    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.627986 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0160  phosphoenolpyruvate carboxykinase  72.46 
 
 
622 aa  943    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000637249  normal  0.985404 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4422  phosphoenolpyruvate carboxykinase  78.84 
 
 
618 aa  1021    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0707425 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3577  phosphoenolpyruvate carboxykinase  79.4 
 
 
618 aa  1018    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0537  phosphoenolpyruvate carboxykinase  64.46 
 
 
584 aa  795    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.584132  normal  0.33888 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3922  phosphoenolpyruvate carboxykinase  94.36 
 
 
621 aa  1226    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0176  phosphoenolpyruvate carboxykinase  57.24 
 
 
609 aa  716    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3877  phosphoenolpyruvate carboxykinase  100 
 
 
621 aa  1286    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.309168  normal  0.0994612 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0667  phosphoenolpyruvate carboxykinase  54.17 
 
 
611 aa  669    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4445  phosphoenolpyruvate carboxykinase  94.36 
 
 
621 aa  1226    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0901  phosphoenolpyruvate carboxykinase  61.67 
 
 
616 aa  761    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0051  phosphoenolpyruvate carboxykinase  66.61 
 
 
621 aa  830    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.564446  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4876  Phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP)  58.76 
 
 
604 aa  733    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.695042  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0190  phosphoenolpyruvate carboxykinase  56.33 
 
 
614 aa  677    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2479  Phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP)  56.15 
 
 
597 aa  699    Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.215275  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0731  Phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP)  57.92 
 
 
611 aa  724    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0185  phosphoenolpyruvate carboxykinase  57.24 
 
 
609 aa  716    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.639363  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0201  phosphoenolpyruvate carboxykinase  59.23 
 
 
609 aa  738    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0138  phosphoenolpyruvate carboxykinase  71.48 
 
 
620 aa  933    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0717765 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0102  phosphoenolpyruvate carboxykinase  70.68 
 
 
622 aa  923    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.999469  normal  0.0413186 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0078  phosphoenolpyruvate carboxykinase  70.64 
 
 
623 aa  915    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1250  phosphoenolpyruvate carboxykinase  81.48 
 
 
621 aa  1078    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1673  phosphoenolpyruvate carboxykinase  61.06 
 
 
592 aa  756    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.136297  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3705  phosphoenolpyruvate carboxykinase  70.75 
 
 
625 aa  937    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.442706 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0620  phosphoenolpyruvate carboxykinase  81.48 
 
 
621 aa  1078    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.755794  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2874  phosphoenolpyruvate carboxykinase  60.36 
 
 
605 aa  768    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00158332  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1446  phosphoenolpyruvate carboxykinase  81.48 
 
 
621 aa  1078    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1475  phosphoenolpyruvate carboxykinase  81.48 
 
 
621 aa  1078    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.482739  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0165  phosphoenolpyruvate carboxykinase  57.24 
 
 
609 aa  716    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.307849 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0533  phosphoenolpyruvate carboxykinase  82.14 
 
 
616 aa  1076    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0451  phosphoenolpyruvate carboxykinase  57.63 
 
 
609 aa  730    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2083  phosphoenolpyruvate carboxykinase  70.82 
 
 
621 aa  928    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.581009  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0861  phosphoenolpyruvate carboxykinase  58.97 
 
 
612 aa  741    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.473448  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8530  Phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP)  59.93 
 
 
614 aa  739    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.741618  normal  0.71225 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0870  phosphoenolpyruvate carboxykinase  66.72 
 
 
617 aa  838    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00431316  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5171  phosphoenolpyruvate carboxykinase  61.95 
 
 
606 aa  775    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0325265  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2496  phosphoenolpyruvate carboxykinase  64.95 
 
 
619 aa  806    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.754041 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10213  phosphoenolpyruvate carboxykinase  58.12 
 
 
606 aa  713    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.116836  normal  0.471876 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3537  phosphoenolpyruvate carboxykinase  57.36 
 
 
625 aa  704    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.310577  normal  0.948286 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3803  phosphoenolpyruvate carboxykinase  54.62 
 
 
595 aa  655    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0268368 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2846  phosphoenolpyruvate carboxykinase  64.95 
 
 
619 aa  805    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.493695  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0833  phosphoenolpyruvate carboxykinase  60.86 
 
 
607 aa  758    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.961355  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0621  Phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP)  64.98 
 
 
632 aa  819    Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.655459  normal  0.629684 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06760  phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP)  55.56 
 
 
646 aa  691    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0807  phosphoenolpyruvate carboxykinase  59.3 
 
 
612 aa  746    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00042459 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4211  Phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP)  64.64 
 
 
614 aa  797    Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.16117  normal  0.539811 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0429  phosphoenolpyruvate carboxykinase  65.84 
 
 
609 aa  833    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0114  phosphoenolpyruvate carboxykinase  69.56 
 
 
621 aa  913    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4179  phosphoenolpyruvate carboxykinase  93.05 
 
 
621 aa  1207    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.301284  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5861  phosphoenolpyruvate carboxykinase  94.52 
 
 
621 aa  1226    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.0061457  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3945  phosphoenolpyruvate carboxykinase  70.81 
 
 
624 aa  927    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1782  phosphoenolpyruvate carboxykinase  70.33 
 
 
621 aa  921    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.256684  normal  0.401418 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4337  phosphoenolpyruvate carboxykinase  98.71 
 
 
621 aa  1273    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.171567  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0718  phosphoenolpyruvate carboxykinase  63.48 
 
 
608 aa  794    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.465536  normal  0.865916 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0030  phosphoenolpyruvate carboxykinase  80.19 
 
 
618 aa  1039    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1210  phosphoenolpyruvate carboxykinase  59.14 
 
 
608 aa  748    Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0304  phosphoenolpyruvate carboxykinase  79.01 
 
 
618 aa  1020    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3739  phosphoenolpyruvate carboxykinase  79.28 
 
 
622 aa  1019    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0031  phosphoenolpyruvate carboxykinase  68.46 
 
 
621 aa  861    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3462  phosphoenolpyruvate carboxykinase  66.56 
 
 
616 aa  840    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00146202  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0033  phosphoenolpyruvate carboxykinase  67.45 
 
 
619 aa  852    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00652728  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0052  phosphoenolpyruvate carboxykinase  66.89 
 
 
622 aa  842    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0050  phosphoenolpyruvate carboxykinase  66.55 
 
 
617 aa  840    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.465134  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3734  phosphoenolpyruvate carboxykinase  52.77 
 
 
596 aa  638    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0734  phosphoenolpyruvate carboxykinase  64.05 
 
 
647 aa  818    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1092  phosphoenolpyruvate carboxykinase  70.32 
 
 
615 aa  894    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.28153  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3060  phosphoenolpyruvate carboxykinase  66.89 
 
 
611 aa  856    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000135199 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0814  phosphoenolpyruvate carboxykinase  55.17 
 
 
616 aa  663    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3817  phosphoenolpyruvate carboxykinase  52.77 
 
 
596 aa  639    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.799264  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0212  phosphoenolpyruvate carboxykinase  57.4 
 
 
597 aa  726    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0812521  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0097  phosphoenolpyruvate carboxykinase  70.64 
 
 
623 aa  915    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0393  phosphoenolpyruvate carboxykinase  55.09 
 
 
588 aa  687    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.549745  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3601  phosphoenolpyruvate carboxykinase  56.57 
 
 
655 aa  669    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0147  phosphoenolpyruvate carboxykinase  73.77 
 
 
620 aa  962    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262073  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03380  phosphoenolpyruvate carboxykinase  53.22 
 
 
614 aa  653    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3416  phosphoenolpyruvate carboxykinase  79.28 
 
 
622 aa  1016    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.395606  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0749  phosphoenolpyruvate carboxykinase  64.05 
 
 
647 aa  819    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00390283 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6994  phosphoenolpyruvate carboxykinase  57.5 
 
 
603 aa  700    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0693  phosphoenolpyruvate carboxykinase  55.7 
 
 
598 aa  671    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0734  phosphoenolpyruvate carboxykinase  63.48 
 
 
617 aa  784    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0363476  normal  0.730205 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39080  phosphoenolpyruvate carboxykinase  56.95 
 
 
608 aa  708    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.377396  normal  0.557231 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5314  phosphoenolpyruvate carboxykinase  56.55 
 
 
647 aa  702    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4475  Phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP)  59.19 
 
 
608 aa  757    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.475526  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>