More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3768 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010515  Bcenmc03_5995  extracellular ligand-binding receptor  93.3 
 
 
373 aa  705  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.814001  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4261  extracellular ligand-binding receptor  91.96 
 
 
373 aa  701  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4008  extracellular ligand-binding receptor  93.3 
 
 
373 aa  708  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.746913  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4242  extracellular ligand-binding receptor  99.73 
 
 
373 aa  749  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  7.56343e-09  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3768  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
373 aa  751  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  1.14958e-07  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4359  extracellular ligand-binding receptor  93.3 
 
 
373 aa  708  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1661  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  94.1 
 
 
373 aa  711  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00010868  normal  0.0729717 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5695  Extracellular ligand-binding receptor  82.57 
 
 
373 aa  615  1e-175  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.348726 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  82.04 
 
 
373 aa  614  1e-175  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.116287 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4969  extracellular ligand-binding receptor  58.81 
 
 
371 aa  416  1e-115  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.935688  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1045  extracellular ligand-binding receptor  52.86 
 
 
378 aa  381  1e-105  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2810  extracellular ligand-binding receptor  49.87 
 
 
377 aa  366  1e-100  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.079562  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5221  Extracellular ligand-binding receptor  52.12 
 
 
379 aa  356  3e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.029602  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3401  extracellular ligand-binding receptor  50.88 
 
 
379 aa  342  6e-93  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.388266 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4914  extracellular ligand-binding receptor  46.93 
 
 
375 aa  338  7e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.113346  normal  0.710388 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4919  extracellular ligand-binding receptor  48.58 
 
 
376 aa  336  4e-91  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2867  extracellular ligand-binding receptor  48.53 
 
 
401 aa  335  6e-91  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.867317  normal  0.705839 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2729  extracellular ligand-binding receptor  48.82 
 
 
400 aa  335  6e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2709  Extracellular ligand-binding receptor  49.41 
 
 
401 aa  334  1e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2319  Extracellular ligand-binding receptor  49.41 
 
 
401 aa  334  1e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405352  hitchhiker  0.00559033 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1592  leucine-specific binding precursor transmembrane protein  48.88 
 
 
380 aa  332  4e-90  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2101  Extracellular ligand-binding receptor  48.55 
 
 
380 aa  331  1e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  47.71 
 
 
381 aa  330  2e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  47.71 
 
 
381 aa  330  3e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2166  extracellular ligand-binding receptor  46.49 
 
 
376 aa  329  4e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.179903  normal  0.0643115 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  47.71 
 
 
402 aa  329  5e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0588  extracellular ligand-binding receptor  48.4 
 
 
399 aa  328  1e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833048  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2945  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  49.32 
 
 
377 aa  328  1e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.994918 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5105  extracellular ligand-binding receptor  49.71 
 
 
381 aa  326  4e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140418  decreased coverage  0.00222912 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0270  extracellular ligand-binding receptor  47.4 
 
 
460 aa  326  5e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.186259  normal  0.56965 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2471  Extracellular ligand-binding receptor  47.01 
 
 
371 aa  325  6e-88  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1730  extracellular ligand-binding receptor  46.92 
 
 
393 aa  323  4e-87  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.145058  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0821  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  47.81 
 
 
399 aa  320  2e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3145  Extracellular ligand-binding receptor  46.65 
 
 
399 aa  320  2e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00633656  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3912  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  47.97 
 
 
380 aa  320  2e-86  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0051  outative extracellular ligand binding protein  47.97 
 
 
380 aa  320  2e-86  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3831  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  47.97 
 
 
380 aa  320  2e-86  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3158  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  47.38 
 
 
380 aa  320  3e-86  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3381  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  47.97 
 
 
380 aa  319  4e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0192  extracellular ligand-binding receptor  48.26 
 
 
380 aa  319  5e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  47.67 
 
 
380 aa  318  1e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  47.67 
 
 
380 aa  318  1e-85  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0205  extracellular ligand-binding receptor  47.97 
 
 
380 aa  317  1e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  47.67 
 
 
380 aa  318  1e-85  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2592  extracellular ligand-binding receptor  48.58 
 
 
398 aa  318  1e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0214076 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3159  extracellular ligand-binding receptor  48.86 
 
 
376 aa  317  2e-85  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2441  putative amino acid-binding periplasmic ABC transporter protein  48.6 
 
 
336 aa  317  2e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.217727  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2411  extracellular ligand-binding receptor  46.58 
 
 
376 aa  317  2e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.32979  normal  0.572085 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  47.67 
 
 
376 aa  317  2e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6110  extracellular ligand-binding receptor  46 
 
 
369 aa  317  2e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2119  extracellular ligand-binding receptor  47.99 
 
 
376 aa  316  3e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00221988  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0186  extracellular ligand-binding receptor  47.67 
 
 
380 aa  317  3e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207737 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0805  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  48.57 
 
 
380 aa  316  5e-85  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.351699  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1769  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  48.57 
 
 
380 aa  316  5e-85  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2389  outative extracellular ligand binding protein  48.57 
 
 
372 aa  316  5e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1102  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  48.57 
 
 
380 aa  316  5e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.391264  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1178  outative extracellular ligand binding protein  48.57 
 
 
380 aa  316  5e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0660  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  48.57 
 
 
380 aa  316  5e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.792803  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1940  putative secreted substrate binding protein  47.03 
 
 
375 aa  315  6e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0532415 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1598  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  48.29 
 
 
378 aa  313  4e-84  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2733  Extracellular ligand-binding receptor  46.69 
 
 
401 aa  312  5e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.464024  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0278  extracellular ligand-binding receptor  46.8 
 
 
391 aa  312  7e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730585  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2829  extracellular ligand-binding receptor  46.8 
 
 
391 aa  312  7e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.617546  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0260  extracellular ligand-binding receptor  46.8 
 
 
380 aa  311  8e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.962079 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1728  Extracellular ligand-binding receptor  48.7 
 
 
375 aa  311  8e-84  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2197  extracellular ligand-binding receptor  46.54 
 
 
376 aa  311  1e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.974618 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3495  Extracellular ligand-binding receptor  44.74 
 
 
381 aa  310  2e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1925  extracellular ligand-binding receptor  47.14 
 
 
377 aa  310  3e-83  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0315464  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3300  putative amino-acid transport signal peptide protein  45.8 
 
 
377 aa  309  6e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0050  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  45.6 
 
 
382 aa  306  5e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.143388  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6079  extracellular ligand-binding receptor  46.15 
 
 
384 aa  306  5e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.829496  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6057  extracellular ligand-binding receptor  46.15 
 
 
384 aa  305  9e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3170  Extracellular ligand-binding receptor  45.22 
 
 
381 aa  305  9e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5831  extracellular ligand-binding receptor  46.15 
 
 
384 aa  305  9e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.468117  normal  0.310951 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3295  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  45.28 
 
 
379 aa  305  9e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114756  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7692  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  46.43 
 
 
384 aa  304  2e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3346  extracellular ligand-binding receptor  47.41 
 
 
380 aa  304  2e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0104  extracellular ligand-binding receptor  44.47 
 
 
379 aa  303  4e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6628  extracellular ligand-binding receptor  46.15 
 
 
384 aa  303  4e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.733405 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0114  extracellular ligand-binding receptor  45.01 
 
 
379 aa  303  5e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0129  extracellular ligand-binding receptor  45.01 
 
 
379 aa  303  5e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.212558  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2941  extracellular ligand-binding receptor  45.01 
 
 
379 aa  303  5e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.70065  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0165  outative extracellular ligand binding protein  45.28 
 
 
379 aa  302  7e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0115  extracellular ligand-binding receptor  45.01 
 
 
379 aa  302  7e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4031  putative periplasmic substrate-binding protein  45.28 
 
 
379 aa  302  7e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3957  putative periplasmic substrate-binding protein  45.28 
 
 
379 aa  302  7e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.877185  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3886  Extracellular ligand-binding receptor  44.78 
 
 
382 aa  301  9e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0113  extracellular ligand-binding receptor  44.2 
 
 
379 aa  301  1e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1575  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  45.28 
 
 
379 aa  300  2e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2966  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  45.28 
 
 
375 aa  300  2e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3344  putative periplasmic substrate-binding protein  45.28 
 
 
379 aa  300  2e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6148  extracellular ligand-binding receptor  46.43 
 
 
384 aa  300  2e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.392362 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5783  extracellular ligand-binding receptor  46.43 
 
 
384 aa  300  2e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3027  putative periplasmic substrate-binding protein  45.28 
 
 
379 aa  300  2e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3492  extracellular ligand-binding receptor  45.19 
 
 
386 aa  299  5e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.839805 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4030  extracellular ligand-binding receptor  45.19 
 
 
386 aa  299  6e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.229342  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3300  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  45.01 
 
 
379 aa  298  1e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3654  extracellular ligand-binding receptor  43.99 
 
 
399 aa  296  3e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.131877  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3339  extracellular ligand-binding receptor  45.23 
 
 
383 aa  296  4e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0137407  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3488  extracellular ligand-binding receptor  44.81 
 
 
383 aa  296  5e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.761675 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>