More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3709 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008391  Bamb_3709  RND efflux system outer membrane lipoprotein  100 
 
 
500 aa  981    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4187  RND efflux system outer membrane lipoprotein  96.03 
 
 
504 aa  882    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.164619  normal  0.718277 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1728  RND efflux system outer membrane lipoprotein  92.37 
 
 
509 aa  804    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.141114  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4291  RND efflux system outer membrane lipoprotein  92.5 
 
 
503 aa  833    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4314  RND efflux system outer membrane lipoprotein  89.83 
 
 
502 aa  788    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.488327 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3226  RND efflux system outer membrane lipoprotein  92.5 
 
 
503 aa  832    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.303935  normal  0.0862047 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4075  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  92.5 
 
 
503 aa  833    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.147604  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6520  RND efflux system outer membrane lipoprotein  61.3 
 
 
500 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.128206 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2070  RND efflux system outer membrane lipoprotein  57.35 
 
 
498 aa  556  1e-157  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0633642  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5874  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  60.7 
 
 
498 aa  537  1e-151  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.109065  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3821  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  47.79 
 
 
484 aa  418  1e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.467284  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4898  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  47.79 
 
 
484 aa  418  1e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.589028 
 
 
-
 
NC_003296  RS02156  putative outer membrane drug efflux lipoprotein  49.27 
 
 
483 aa  411  1e-113  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.910807 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0566  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.43 
 
 
521 aa  353  4e-96  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2832  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.68 
 
 
520 aa  309  1.0000000000000001e-82  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.88 
 
 
497 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.238393  normal  0.954317 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5204  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.34 
 
 
495 aa  301  2e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3002  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.94 
 
 
516 aa  299  7e-80  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1391  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.75 
 
 
485 aa  298  2e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.228401  normal  0.164456 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6326  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.91 
 
 
514 aa  297  4e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.167129  normal  0.968504 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1503  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  41.91 
 
 
514 aa  297  4e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.274386  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3948  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.08 
 
 
523 aa  294  3e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.822582 
 
 
-
 
NC_003296  RS03144  putative outer membrane CHANEL lipoprotein transmembrane  39.71 
 
 
508 aa  291  2e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.330645 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6990  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.92 
 
 
501 aa  290  4e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.452647 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4489  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.32 
 
 
523 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000880078  hitchhiker  0.0020567 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0511  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  38.85 
 
 
497 aa  290  6e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.310056  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5986  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.51 
 
 
497 aa  286  7e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4652  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.29 
 
 
464 aa  283  5.000000000000001e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.964655 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2711  outer membrane lipoprotein precursor  37.28 
 
 
499 aa  282  1e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299078  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31920  putative outer membrane protein  36.93 
 
 
498 aa  282  1e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.964531  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7210  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.41 
 
 
486 aa  281  2e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4364  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.24 
 
 
509 aa  281  2e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.847898  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2011  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.42 
 
 
497 aa  280  3e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0256922 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4636  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.17 
 
 
521 aa  278  1e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00362376  normal  0.387542 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1142  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.96 
 
 
492 aa  278  1e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.258577  normal  0.581397 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1968  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.52 
 
 
471 aa  278  2e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000949064  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4745  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.32 
 
 
502 aa  276  5e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.222051  normal  0.460518 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3486  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.88 
 
 
500 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0233233 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0569  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.33 
 
 
486 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.20716  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2098  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.09 
 
 
471 aa  274  3e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1748  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  37 
 
 
488 aa  273  5.000000000000001e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.630432  normal  0.156732 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3362  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.25 
 
 
489 aa  273  6e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0212058  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2756  outer membrane efflux protein  36.07 
 
 
490 aa  271  2e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158368  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2485  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.29 
 
 
487 aa  271  2e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.072827  normal  0.13209 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4316  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.89 
 
 
511 aa  271  2e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.138583 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0069  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.08 
 
 
523 aa  271  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0020  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  40.08 
 
 
523 aa  270  5.9999999999999995e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.25615  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0050  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.08 
 
 
523 aa  270  5.9999999999999995e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151271  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2104  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.14 
 
 
510 aa  269  8e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.409236  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1464  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.1 
 
 
510 aa  269  8.999999999999999e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2522  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.92 
 
 
532 aa  268  1e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.116947  normal  0.154507 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0829  outer membrane efflux protein OprC  39.1 
 
 
510 aa  268  1e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1842  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.1 
 
 
510 aa  268  1e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0358  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  41.42 
 
 
509 aa  268  1e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0418  outer membrane efflux protein OprC  39.1 
 
 
510 aa  268  1e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4536  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.76 
 
 
533 aa  268  1e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.748568  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0515  outer membrane efflux protein OprC  39.1 
 
 
510 aa  268  1e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2146  outer membrane efflux protein OprC  39.1 
 
 
510 aa  268  1e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3082  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.1 
 
 
536 aa  268  2e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000116407 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4293  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.61 
 
 
501 aa  268  2e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4181  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.61 
 
 
501 aa  268  2e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.366543  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2745  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.14 
 
 
500 aa  267  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3375  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.76 
 
 
517 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0151483  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0745  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.9 
 
 
477 aa  266  5e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.321053 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3827  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  39.83 
 
 
504 aa  265  1e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0692116  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2524  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.59 
 
 
489 aa  265  1e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.670028  normal  0.773524 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2799  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.15 
 
 
495 aa  265  1e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2893  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.94 
 
 
516 aa  265  1e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0851  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.38 
 
 
537 aa  264  2e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0238751  hitchhiker  0.00377502 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1794  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.21 
 
 
486 aa  263  4e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2450  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37 
 
 
515 aa  262  1e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.823996  normal  0.820801 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4333  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.32 
 
 
499 aa  262  1e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00474819  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0049  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.17 
 
 
509 aa  262  1e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.963186  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4697  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.29 
 
 
513 aa  262  1e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.204697  normal  0.315368 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4150  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.38 
 
 
472 aa  262  1e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0040  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.96 
 
 
520 aa  261  2e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0297  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.33 
 
 
511 aa  261  2e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2663  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.85 
 
 
496 aa  261  2e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0079  hypothetical protein  34.31 
 
 
479 aa  261  3e-68  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5685  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.22 
 
 
488 aa  258  1e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.166803 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.98 
 
 
496 aa  258  2e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3811  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.38 
 
 
476 aa  258  2e-67  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.521708  normal  0.399123 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4920  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.89 
 
 
513 aa  258  2e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.31782  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.98 
 
 
496 aa  258  2e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4619  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.08 
 
 
488 aa  257  3e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.573778  normal  0.397239 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3232  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.65 
 
 
523 aa  257  3e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.254242  normal  0.304417 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0171  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.81 
 
 
490 aa  257  3e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4154  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.46 
 
 
496 aa  257  3e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.594754  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3749  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.08 
 
 
488 aa  257  3e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.202049  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1077  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.58 
 
 
496 aa  256  4e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512437  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3605  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.94 
 
 
502 aa  256  5e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00599235  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2371  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.53 
 
 
482 aa  256  7e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.774787 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1703  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  35.59 
 
 
486 aa  255  1.0000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.416377  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5350  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.01 
 
 
513 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00199019  normal  0.49097 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0412  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.83 
 
 
477 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3016  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  39.01 
 
 
513 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0051  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.61 
 
 
527 aa  254  3e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.27692  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2718  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.82 
 
 
531 aa  253  5.000000000000001e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2428  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.47 
 
 
509 aa  253  8.000000000000001e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.440095 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28780  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.35 
 
 
512 aa  252  1e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.506262  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>