218 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3686 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4159  squalene/phytoene synthase  99.15 
 
 		 354 aa  706    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.283896  normal  0.280623 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3686  squalene/phytoene synthase  100 
 
 		 354 aa  709    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.481699 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3255  squalene/phytoene synthase  87.85 
 
 		 355 aa  629  1e-179  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4104  squalene/phytoene synthase  87.57 
 
 		 355 aa  627  1e-178  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.132439  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4262  squalene/phytoene synthase  87.57 
 
 		 355 aa  627  1e-178  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0172457  normal  0.1857 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1749  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  85.84 
 
 		 354 aa  610  1e-173  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0364934  normal  0.191421 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4328  squalene/phytoene synthase  86.86 
 
 		 367 aa  593  1e-168  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0106814  normal  0.0939133 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2156  squalene/phytoene synthase family protein  60.64 
 
 		 564 aa  388  1e-107  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1840  squalene/phytoene synthase family protein  59.48 
 
 		 356 aa  379  1e-104  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.156378  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1133  squalene/phytoene synthase family protein  59.48 
 
 		 349 aa  379  1e-104  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0418  squalene/phytoene synthase family protein  59.77 
 
 		 349 aa  380  1e-104  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2107  squalene/phytoene synthase family protein  59.48 
 
 		 356 aa  379  1e-104  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.666736  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1762  squalene/phytoene synthase family protein  59.48 
 
 		 513 aa  375  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.265717  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0843  squalene/phytoene synthase family protein  59.48 
 
 		 516 aa  377  1e-103  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.336434  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0327  squalene/phytoene synthase family protein  59.18 
 
 		 402 aa  375  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.479613  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0485  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  58.77 
 
 		 348 aa  374  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.501561  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5450  squalene/phytoene synthase  57.85 
 
 		 351 aa  362  8e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.035034 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4026  Squalene/phytoene synthase  59.36 
 
 		 388 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.600735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5617  Squalene/phytoene synthase  57.02 
 
 		 353 aa  356  3.9999999999999996e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3084  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  58.84 
 
 		 350 aa  354  1e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0957  squalene/phytoene synthase  44.58 
 
 		 380 aa  256  3e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0169  squalene/phytoene synthase  30.79 
 
 		 340 aa  147  2.0000000000000003e-34  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000509815  normal  0.0348824 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0365  Squalene/phytoene synthase  34.81 
 
 		 299 aa  130  3e-29  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20770  Squalene/phytoene synthase  31.46 
 
 		 377 aa  118  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00645323  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4822  Squalene/phytoene synthase  28.57 
 
 		 360 aa  116  6e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  unclonable  0.00000193666  normal  0.636776 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0813  squalene synthase  28.83 
 
 		 362 aa  113  5e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.493188  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1784  Squalene synthase  30.22 
 
 		 401 aa  112  9e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2125  phytoene/squalene synthetase family protein  30.22 
 
 		 347 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2280  squalene/phytoene synthase  29.13 
 
 		 359 aa  108  2e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0189  squalene/phytoene synthase  27.73 
 
 		 329 aa  99.8  7e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.433494  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1321  squalene/phytoene synthase  28.07 
 
 		 366 aa  96.3  7e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2690  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  31.34 
 
 		 373 aa  92.8  7e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.286545  normal  0.217848 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0892  Squalene/phytoene synthase  23.03 
 
 		 330 aa  84  0.000000000000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000100627  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2309  Squalene/phytoene synthase  27.1 
 
 		 350 aa  84  0.000000000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1206  Squalene/phytoene synthase  27.59 
 
 		 355 aa  80.9  0.00000000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  unclonable  0.0000000204086  hitchhiker  0.00000600855 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1173  Squalene/phytoene synthase  27.93 
 
 		 348 aa  77.4  0.0000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10396  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G01220)  28.47 
 
 		 470 aa  77  0.0000000000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0124  hypothetical protein  24.92 
 
 		 345 aa  75.9  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4808  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  27.91 
 
 		 276 aa  73.9  0.000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.000000000000603288  normal  0.956727 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0110  hypothetical protein  25.9 
 
 		 345 aa  73.6  0.000000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1894  Squalene/phytoene synthase  27.39 
 
 		 270 aa  70.5  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    unclonable  2.73181e-25 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0934  Squalene/phytoene synthase  26.42 
 
 		 348 aa  70.5  0.00000000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4263  squalene synthase HpnD  29.54 
 
 		 279 aa  68.9  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2043  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  27.01 
 
 		 274 aa  68.9  0.0000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.259973  normal  0.118858 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  33.33 
 
 		 303 aa  68.2  0.0000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0902  Squalene/phytoene synthase  30.34 
 
 		 351 aa  65.9  0.000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.883554  normal  0.674566 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0378  Phytoene synthase  33.09 
 
 		 277 aa  65.9  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.883354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  25.42 
 
 		 313 aa  64.7  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2212  Phytoene synthase  29.91 
 
 		 333 aa  64.3  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.306787  normal  0.113322 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_13160  predicted protein  27.31 
 
 		 314 aa  63.9  0.000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7027  squalene synthase HpnD  29.91 
 
 		 282 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.597423  hitchhiker  0.000000555779 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0026  squalene/phytoene synthase  35.65 
 
 		 268 aa  63.5  0.000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1486  Phytoene synthase  32.35 
 
 		 280 aa  63.2  0.000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000477032 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3241  squalene synthase HpnD  29.46 
 
 		 294 aa  62.8  0.000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.154532 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_31144  predicted protein  22.32 
 
 		 456 aa  62  0.00000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0494  phytoene synthase  27.69 
 
 		 342 aa  62  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0519  Squalene/phytoene synthase  29.02 
 
 		 270 aa  62.4  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000172077  unclonable  0.00000000442805 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0502  Squalene/phytoene synthase  29.02 
 
 		 270 aa  62.4  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0010  putative squalene/phytoene synthase  29.44 
 
 		 306 aa  62  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2267  Squalene/phytoene synthase  26.36 
 
 		 292 aa  62.8  0.00000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4139  squalene synthase HpnD  29.95 
 
 		 290 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2684  squalene/phytoene synthase  28.52 
 
 		 278 aa  61.2  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.166046  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4441  squalene/phytoene synthase  27.46 
 
 		 312 aa  61.2  0.00000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.902716 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  29.46 
 
 		 281 aa  60.8  0.00000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5716  squalene/phytoene synthase  31 
 
 		 300 aa  61.2  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.038374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2584  squalene/phytoene synthase  24.67 
 
 		 287 aa  60.8  0.00000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0158567  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2638  squalene/phytoene synthase  24.67 
 
 		 287 aa  60.8  0.00000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.444406  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_83429  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  23.92 
 
 		 448 aa  61.2  0.00000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.274803  normal  0.0738823 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3277  squalene/phytoene synthase family protein  27.95 
 
 		 282 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.173331  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2102  putative phytoene synthase  27.95 
 
 		 282 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3154  squalene synthase HpnD  31.4 
 
 		 285 aa  60.5  0.00000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1131  putative phytoene synthase  27.95 
 
 		 282 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0886071  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1411  putative phytoene synthase  27.95 
 
 		 282 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.590662  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3163  squalene/phytoene synthase family protein  27.95 
 
 		 282 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.395921  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1491  squalene/phytoene synthase  27.95 
 
 		 275 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116412  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1694  squalene/phytoene synthase  31.48 
 
 		 303 aa  60.1  0.00000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0597183  hitchhiker  0.0000516194 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0017  squalene/phytoene synthase  28.12 
 
 		 282 aa  59.3  0.00000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1718  squalene/phytoene synthase  29.96 
 
 		 279 aa  59.3  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.150887  normal  0.105129 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2967  putative phytoene synthase  29.38 
 
 		 279 aa  58.9  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  27.35 
 
 		 285 aa  58.5  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1833  squalene synthase HpnD  30.11 
 
 		 283 aa  58.5  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4554  squalene synthase HpnD  26.24 
 
 		 282 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.124742  normal  0.209496 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5681  squalene/phytoene synthase  27.48 
 
 		 344 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450879  hitchhiker  0.0020025 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4931  squalene/phytoene synthase  27.05 
 
 		 303 aa  58.5  0.0000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.974749  normal  0.56653 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5178  squalene/phytoene synthase  27.48 
 
 		 286 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3173  squalene synthase HpnD  27.93 
 
 		 282 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.170379  normal  0.798484 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2699  Phytoene synthase  23.83 
 
 		 316 aa  57.8  0.0000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2361  phytoene synthase, putative  28.24 
 
 		 397 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4953  squalene/phytoene synthase  27.78 
 
 		 282 aa  57  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.202978  normal  0.0913001 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5506  squalene synthase HpnD  27.78 
 
 		 282 aa  57  0.0000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0194601 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  26.27 
 
 		 278 aa  56.6  0.0000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6667  squalene synthase HpnD  28.7 
 
 		 287 aa  56.2  0.0000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.349811  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  24.9 
 
 		 311 aa  56.2  0.0000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3575  squalene/phytoene synthase  27.4 
 
 		 279 aa  56.2  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0912672  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2819  Phytoene synthase  29.55 
 
 		 335 aa  56.2  0.0000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15920  Squalene synthase  24.22 
 
 		 321 aa  56.2  0.0000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.13397  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1942  squalene synthase HpnD  30.3 
 
 		 283 aa  55.8  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.802248 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0820  squalene/phytoene synthase  30 
 
 		 304 aa  55.5  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.122884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1262  squalene/phytoene synthase  25.9 
 
 		 348 aa  55.8  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.238367  normal  0.0709995 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01711  squalene and phytoene synthase  26.01 
 
 		 302 aa  55.8  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.460844  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>