More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3409 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_3409  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 325 aa  628  1e-179  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155989  normal  0.11434 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3916  LysR family transcriptional regulator  95.4 
 
 		 323 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.993386  normal  0.61928 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2085  LysR family transcriptional regulator  84.62 
 
 		 325 aa  534  1e-151  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0073681  normal  0.210389 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3520  LysR family transcriptional regulator  83.02 
 
 		 319 aa  511  1e-144  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.677616 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4003  LysR family transcriptional regulator  81.76 
 
 		 339 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4363  LysR family transcriptional regulator  81.76 
 
 		 339 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0543  LysR family transcriptional regulator  58.74 
 
 		 309 aa  310  2e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.791494  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2417  LysR family transcriptional regulator  46.75 
 
 		 306 aa  270  2e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000194873  normal  0.0826267 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1887  transcriptional regulator, LysR family  46.91 
 
 		 321 aa  259  3e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.337699  normal  0.210949 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 298 aa  259  4e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  49.17 
 
 		 297 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6199  transcriptional regulator, LysR family  48.78 
 
 		 308 aa  253  3e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.2151  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  48.69 
 
 		 298 aa  253  3e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3528  LysR family transcriptional regulator  48.75 
 
 		 353 aa  252  7e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1659  LysR family transcriptional regulator  48.51 
 
 		 314 aa  248  1e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.337839  normal  0.66809 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  47.49 
 
 		 295 aa  246  4e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0978  LysR family transcriptional regulator  49.16 
 
 		 298 aa  246  4e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00024266 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1317  transcriptional regulator, LysR family  46.2 
 
 		 304 aa  240  2.9999999999999997e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.631225  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0399  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 319 aa  239  4e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.222083  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3422  LysR family transcriptional regulator  45.85 
 
 		 304 aa  232  5e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6632  LysR family transcriptional regulator  45.54 
 
 		 310 aa  219  5e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.946509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2321  putative transcriptional regulator  37.92 
 
 		 319 aa  199  5e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.304743  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0141  LysR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 305 aa  194  1e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1717  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 		 323 aa  190  2.9999999999999997e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 301 aa  185  8e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 301 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2247  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4870  LysR family transcriptional regulator  41.85 
 
 		 313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.42222  normal  0.01712 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27440  putative transcriptional regulator  38.95 
 
 		 321 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.016223  normal  0.601013 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5440  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 301 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.792139 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6857  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 307 aa  181  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.561705  normal  0.826149 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4829  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 301 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732539 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5422  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 295 aa  180  4e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.906945  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4455  LysR family transcriptional regulator  39.61 
 
 		 301 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.345446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4578  LysR family transcriptional regulator  39.94 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.166046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0871  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 302 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2839  LysR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 300 aa  175  8e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1270  LysR family transcriptional regulator  39.61 
 
 		 301 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3381  transcriptional regulator, LysR family  38.89 
 
 		 305 aa  175  9.999999999999999e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.750017  normal  0.450038 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3329  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 323 aa  173  3.9999999999999995e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1706  transcriptional regulator, LysR family  36.96 
 
 		 317 aa  162  8.000000000000001e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5091  transcriptional regulator, LysR family  42.25 
 
 		 328 aa  161  1e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.518904  normal  0.269776 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2499  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 278 aa  160  3e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.178908  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46370  Transcriptional regulator, LysR-family  37.19 
 
 		 307 aa  159  6e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.992428  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4909  transcriptional regulator, LysR family  36.71 
 
 		 313 aa  155  7e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.622222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0459  transcriptional regulator, LysR family  34.63 
 
 		 308 aa  146  5e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00764777  normal  0.120091 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2136  transcriptional regulator, LysR family  36.61 
 
 		 303 aa  140  3.9999999999999997e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4218  transcriptional regulator, LysR family  35.66 
 
 		 300 aa  134  3e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 301 aa  129  9.000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3544  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2067  transcriptional regulator, LysR family  34.52 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 432 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.81 
 
 		 300 aa  123  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  34.74 
 
 		 297 aa  120  3.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  31.79 
 
 		 300 aa  119  7e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  33.98 
 
 		 306 aa  119  7e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 318 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 323 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3766  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.536746  normal  0.203175 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4597  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  31.31 
 
 		 323 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3757  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.200349  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 		 305 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4964  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 297 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.87 
 
 		 299 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 		 305 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  30.06 
 
 		 326 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  30.92 
 
 		 321 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2333  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  27.13 
 
 		 322 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  28.25 
 
 		 327 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 329 aa  114  3e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1583  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32 
 
 		 323 aa  114  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3385  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 316 aa  113  4.0000000000000004e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.521059  normal  0.192926 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 329 aa  113  5e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3641  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 297 aa  113  5e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.165522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2459  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 298 aa  112  6e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.57263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03220  Transcriptional regulator  25.47 
 
 		 347 aa  112  1.0000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  29.58 
 
 		 304 aa  110  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 315 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 313 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 333 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 309 aa  110  3e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 334 aa  110  3e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 330 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  31.33 
 
 		 298 aa  109  6e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 345 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 320 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 320 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 342 aa  107  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5101  LysR family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 315 aa  107  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.428224  normal  0.402017 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4016  transcriptional regulator, LysR family  31.1 
 
 		 297 aa  107  3e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.393902  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3033  LysR family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 312 aa  107  3e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3902  transcriptional regulator, LysR family  31.1 
 
 		 297 aa  107  3e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.981327 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5495  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 297 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.663771 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4022  putative LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 298 aa  107  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0289175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  31.72 
 
 		 307 aa  106  5e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 319 aa  105  7e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0853  LysR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 302 aa  105  7e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255595  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>