More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3396 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008391  Bamb_3396  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 
233 aa  476  1e-133  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.296167  normal  0.56362 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6639  GntR family transcriptional regulator  96.14 
 
 
233 aa  459  1e-128  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.497673  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6406  GntR family transcriptional regulator  96.14 
 
 
233 aa  459  1e-128  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.507804  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6237  GntR family transcriptional regulator  96.14 
 
 
233 aa  459  1e-128  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.223321  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0795  GntR family transcriptional regulator  45.12 
 
 
232 aa  190  2e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1829  GntR family transcriptional regulator  43.64 
 
 
246 aa  184  7e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5040  GntR family transcriptional regulator  40.28 
 
 
243 aa  160  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.435911  normal  0.566869 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1831  transcriptional regulator, GntR family  37.84 
 
 
239 aa  159  3e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.185738  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4063  GntR family transcriptional regulator  37.85 
 
 
243 aa  159  4e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.299746  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1021  GntR family transcriptional regulator  40.76 
 
 
231 aa  156  2e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.698861  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1405  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 
222 aa  142  3e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0359865 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  29.03 
 
 
225 aa  118  9e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3422  GntR family transcriptional regulator  36.17 
 
 
214 aa  114  2e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  33.68 
 
 
227 aa  114  2e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  34.22 
 
 
223 aa  113  3e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  34.03 
 
 
239 aa  112  4e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0345  transcriptional regulator, GntR family  36.02 
 
 
223 aa  112  5e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.244112  normal  0.239723 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0855  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 
238 aa  111  9e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.894475  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 
229 aa  111  1e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3368  transcriptional regulator, GntR family  37.82 
 
 
227 aa  109  4e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00646565  normal  0.0258143 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5712  transcriptional regulator, GntR family  35.07 
 
 
223 aa  108  5e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.678342 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  31.94 
 
 
255 aa  108  6e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1929  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 
249 aa  107  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  32.88 
 
 
240 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  32.88 
 
 
240 aa  106  4e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3720  GntR family transcriptional regulator  31.8 
 
 
222 aa  104  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  28.83 
 
 
230 aa  104  1e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0770  GntR family transcriptional regulator  32.69 
 
 
255 aa  104  1e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0774402  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  29.69 
 
 
228 aa  103  2e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  32.14 
 
 
263 aa  103  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1352  transcriptional regulator, GntR family  33.82 
 
 
228 aa  103  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4201  regulatory protein GntR HTH  31.63 
 
 
263 aa  103  3e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.316316 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4468  GntR family transcriptional regulator  32.85 
 
 
229 aa  102  6e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.885152  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1161  transcriptional regulator GntR  33 
 
 
228 aa  102  6e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.480758  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3784  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
222 aa  102  6e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.142846  normal  0.227758 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3450  transcriptional regulator, GntR family  30.5 
 
 
231 aa  101  9e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.101357  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  30.14 
 
 
228 aa  101  9e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0841  GntR family transcriptional regulator  32.43 
 
 
247 aa  101  1e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.938482 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0500  transcriptional regulator, GntR family  33.18 
 
 
240 aa  100  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.162166  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 
238 aa  100  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  2.523e-09 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 
234 aa  100  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  2.30253e-05 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1104  transcriptional regulator, GntR family  32.73 
 
 
266 aa  100  1e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0601  GntR family transcriptional regulator  31.6 
 
 
227 aa  101  1e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  32.42 
 
 
238 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  3.70874e-05 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0513  transcriptional regulator, GntR family  33.18 
 
 
238 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332909  normal  0.319587 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  34.03 
 
 
237 aa  100  2e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5600  transcriptional regulator, GntR family  33.49 
 
 
228 aa  100  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 
238 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5228  transcriptional regulator, GntR family  31.48 
 
 
262 aa  100  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.860524  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1028  GntR family transcriptional regulator  32.56 
 
 
230 aa  100  2e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  1.04073e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3020  GntR family transcriptional regulator  32.06 
 
 
239 aa  100  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0276  transcriptional regulator, GntR family  32.69 
 
 
254 aa  100  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0241099  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  29.13 
 
 
223 aa  99.8  4e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  32.21 
 
 
232 aa  99.8  4e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  32.04 
 
 
241 aa  99  6e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1256  transcriptional regulator, GntR family  32.02 
 
 
231 aa  99  6e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.586616  normal  0.233968 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  31.25 
 
 
239 aa  98.2  9e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5037  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
216 aa  98.2  9e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.641243  hitchhiker  0.00313463 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5905  GntR family transcriptional regulator  33.97 
 
 
244 aa  97.4  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3183  Transcriptional regulators-like protein  37.14 
 
 
242 aa  97.8  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.138815  normal  0.149663 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  31.96 
 
 
240 aa  97.4  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  33.03 
 
 
251 aa  98.2  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  34.55 
 
 
230 aa  97.8  1e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4544  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
260 aa  97.1  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.377364 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1304  GntR family transcriptional regulator  32.04 
 
 
234 aa  97.1  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0497792 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  33.83 
 
 
240 aa  96.7  3e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  27.72 
 
 
254 aa  96.3  4e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0726  GntR family transcriptional regulator  32.56 
 
 
228 aa  95.5  7e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  26.42 
 
 
226 aa  95.5  7e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0702  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 
240 aa  95.1  8e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.582572  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0417  GntR family transcriptional regulator  35.04 
 
 
254 aa  94.7  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  31.61 
 
 
231 aa  94.7  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  30.65 
 
 
227 aa  94.7  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1364  GntR family transcriptional regulator  31.09 
 
 
244 aa  93.6  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0686539 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5254  transcriptional regulator, GntR family  31.09 
 
 
250 aa  94  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.506774 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1420  GntR family transcriptional regulator  31.55 
 
 
236 aa  94  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0103  transcriptional regulator, GntR family  30.24 
 
 
221 aa  92.8  4e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1711  GntR family transcriptional regulator  29.32 
 
 
255 aa  92.8  5e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.950871  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  31.03 
 
 
232 aa  92.8  5e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1510  GntR family transcriptional regulator  33.02 
 
 
232 aa  92  8e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.336226  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1007  GntR family transcriptional regulator  33.02 
 
 
234 aa  91.7  8e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.511541  hitchhiker  0.00101659 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2140  GntR family transcriptional regulator  28 
 
 
238 aa  91.7  8e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0432435  normal  0.768948 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0489  GntR family transcriptional regulator  28 
 
 
238 aa  91.7  8e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0150  transcriptional regulator, GntR family  28.99 
 
 
209 aa  90.9  1e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.80263  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4674  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
230 aa  91.3  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4989  GntR family transcriptional regulator  29.81 
 
 
232 aa  91.3  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.06037  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5995  GntR family transcriptional regulator  32.12 
 
 
226 aa  91.7  1e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.261436  normal  0.0901138 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3577  GntR family transcriptional regulator  31.38 
 
 
236 aa  90.5  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  2.18035e-05  normal  0.39883 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4449  GntR family transcriptional regulator  27.98 
 
 
241 aa  90.5  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00199071  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1271  GntR family transcriptional regulator  31.84 
 
 
234 aa  90.5  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1861  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 
264 aa  90.9  2e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  28.5 
 
 
233 aa  90.5  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3906  GntR family transcriptional regulator  30.72 
 
 
244 aa  89.7  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.756884  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1422  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
221 aa  89.7  3e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0669169  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4718  transcriptional regulator, GntR family  29.08 
 
 
274 aa  89.7  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0061626 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  29.32 
 
 
233 aa  89.7  3e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  28.06 
 
 
223 aa  89.7  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2731  GntR family transcriptional regulator  34.42 
 
 
261 aa  89.7  4e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  1.86795e-06  normal  0.0139063 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7238  transcriptional regulator GntR family  29.27 
 
 
224 aa  89.7  4e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178912  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1377  transcriptional regulator, GntR family  28.5 
 
 
225 aa  89.7  4e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322083  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>