62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3289 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008391  Bamb_3289  hypothetical protein  100 
 
 
236 aa  476  1e-133  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.356174  normal  0.642024 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3805  hypothetical protein  99.06 
 
 
212 aa  419  1e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.404034  normal  0.773364 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3911  hypothetical protein  87.71 
 
 
236 aa  375  1e-103  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3616  hypothetical protein  87.71 
 
 
236 aa  375  1e-103  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.776236 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4455  hypothetical protein  87.71 
 
 
236 aa  375  1e-103  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.554622  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2177  hypothetical protein  87.74 
 
 
212 aa  337  7e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.359775  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4672  hypothetical protein  85.38 
 
 
212 aa  329  2e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.178311  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0635  hypothetical protein  62.19 
 
 
211 aa  239  2e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0911562  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1802  hypothetical protein  61.81 
 
 
211 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0424  hypothetical protein  61.81 
 
 
211 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0824  integral membrane protein  61.81 
 
 
211 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.701818  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2511  hypothetical protein  61.81 
 
 
211 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0473  hypothetical protein  61.81 
 
 
211 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.690189  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2372  hypothetical protein  61.81 
 
 
211 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0588117  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3812  hypothetical protein  40.57 
 
 
214 aa  131  6.999999999999999e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2804  integral membrane protein  35.5 
 
 
207 aa  126  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.39512  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2530  integral membrane protein  35.5 
 
 
207 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000539484 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2783  hypothetical protein  35.5 
 
 
211 aa  126  3e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0781526  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2762  integral membrane protein  34.5 
 
 
207 aa  124  9e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.342781  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3191  hypothetical protein  46.91 
 
 
218 aa  119  4.9999999999999996e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0260  hypothetical protein  41.82 
 
 
203 aa  118  6e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.121755 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2555  hypothetical protein  36.14 
 
 
211 aa  115  6.9999999999999995e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.011471  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32420  hypothetical protein  33.33 
 
 
221 aa  81.6  0.00000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19750  hypothetical protein  34.18 
 
 
238 aa  73.6  0.000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00552394  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3297  hypothetical protein  27.93 
 
 
220 aa  73.6  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.487466 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1274  hypothetical protein  32.24 
 
 
236 aa  72.8  0.000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.28471  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22720  hypothetical protein  30.86 
 
 
243 aa  69.7  0.00000000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2415  hypothetical protein  27.27 
 
 
235 aa  68.9  0.00000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00323539  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5984  hypothetical protein  31.36 
 
 
227 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.834885  normal  0.450186 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2748  hypothetical protein  34.71 
 
 
213 aa  65.9  0.0000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.52306 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02190  hypothetical protein  30.57 
 
 
230 aa  63.2  0.000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0511  hypothetical protein  32.16 
 
 
217 aa  63.5  0.000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0555837  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2760  hypothetical protein  36.73 
 
 
215 aa  63.5  0.000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0499164  normal  0.364973 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2236  hypothetical protein  34.07 
 
 
226 aa  63.2  0.000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.112154 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2278  hypothetical protein  31.85 
 
 
207 aa  62  0.000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.887481  normal  0.0474109 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0506  hypothetical protein  33.33 
 
 
219 aa  62  0.000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000252365 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4779  hypothetical protein  31.46 
 
 
214 aa  62  0.000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2774  hypothetical protein  34.78 
 
 
215 aa  61.6  0.000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.152324  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2730  hypothetical protein  34.78 
 
 
215 aa  61.6  0.000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.826821  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2553  hypothetical protein  31.11 
 
 
207 aa  62  0.000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.284006  normal  0.21762 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2219  hypothetical protein  32.89 
 
 
173 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.233822  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22140  hypothetical protein  31.01 
 
 
259 aa  60.1  0.00000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1212  hypothetical protein  33.56 
 
 
255 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.194441  normal  0.436437 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3306  hypothetical protein  31.29 
 
 
227 aa  59.3  0.00000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.40361  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1329  hypothetical protein  30.22 
 
 
218 aa  58.9  0.00000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.385927  hitchhiker  0.00262088 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2191  hypothetical protein  26.35 
 
 
236 aa  58.5  0.00000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0105  hypothetical protein  32.54 
 
 
221 aa  57.8  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0136053  normal  0.0348722 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00260  hypothetical protein  37.31 
 
 
242 aa  57.8  0.0000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4574  hypothetical protein  30.64 
 
 
212 aa  57  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2485  hypothetical protein  25.5 
 
 
207 aa  56.2  0.0000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1033  hypothetical protein  26.05 
 
 
208 aa  55.1  0.000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4177  hypothetical protein  30.26 
 
 
225 aa  53.9  0.000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4194  hypothetical protein  27.92 
 
 
219 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3928  hypothetical protein  29.07 
 
 
219 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.811707  normal  0.0524532 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0743  hypothetical protein  26.47 
 
 
208 aa  53.5  0.000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.247142  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1448  hypothetical protein  29.31 
 
 
211 aa  52.4  0.000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.601654  normal  0.316889 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1085  hypothetical protein  30 
 
 
226 aa  52.4  0.000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4273  hypothetical protein  29.31 
 
 
211 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0275  hypothetical protein  22.89 
 
 
219 aa  50.4  0.00003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0526  hypothetical protein  30.12 
 
 
205 aa  48.5  0.00008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3299  hypothetical protein  31.3 
 
 
219 aa  47.4  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0654352  normal  0.14095 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4357  hypothetical protein  27.78 
 
 
211 aa  47  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.460456 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>