More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3185 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_3360  DNA topoisomerase III  81.68 
 
 		 876 aa  1397    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.96718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2271  DNA topoisomerase III  91.94 
 
 		 869 aa  1613    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0401  DNA topoisomerase  49.93 
 
 		 851 aa  678    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0152197  decreased coverage  0.0000578583 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0099  DNA topoisomerase III  65.17 
 
 		 854 aa  1145    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0066  DNA topoisomerase III  80.92 
 
 		 877 aa  1377    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3146  DNA topoisomerase III  96.88 
 
 		 865 aa  1702    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.186369  normal  0.583492 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0229  DNA topoisomerase III  66.74 
 
 		 876 aa  1149    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00108901 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5202  DNA topoisomerase III  64.95 
 
 		 980 aa  1103    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.221506  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0139  DNA topoisomerase III  91.94 
 
 		 869 aa  1613    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.968276  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0265  DNA topoisomerase III  67.44 
 
 		 879 aa  1174    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.948213  normal  0.0296543 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3127  DNA topoisomerase III  96.99 
 
 		 865 aa  1701    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.588519  normal  0.127052 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0018  DNA topoisomerase III  67.31 
 
 		 839 aa  1129    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.143927 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3412  DNA topoisomerase III  81.84 
 
 		 896 aa  1403    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210579  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0343  DNA topoisomerase III  92.06 
 
 		 869 aa  1615    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6481  DNA topoisomerase III  97.11 
 
 		 865 aa  1702    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.987815 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0146  DNA topoisomerase III  92.06 
 
 		 869 aa  1615    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2998  DNA topoisomerase III  50 
 
 		 939 aa  776    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.535221  normal  0.170765 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0155  DNA topoisomerase III  92.06 
 
 		 906 aa  1615    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0396  DNA topoisomerase III  61.83 
 
 		 846 aa  1084    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0125  DNA topoisomerase III  91.48 
 
 		 891 aa  1618    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3955  DNA topoisomerase III  64.39 
 
 		 1002 aa  1130    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.236337  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4713  DNA topoisomerase III  63.12 
 
 		 992 aa  1101    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000244341  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4419  DNA topoisomerase III  91.46 
 
 		 888 aa  1570    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0873603 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3569  DNA topoisomerase III  82.04 
 
 		 891 aa  1396    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2517  DNA topoisomerase III  96.76 
 
 		 865 aa  1701    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2348  DNA topoisomerase III  91.94 
 
 		 869 aa  1613    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0898  DNA topoisomerase III  47.31 
 
 		 869 aa  725    Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0884  DNA topoisomerase III  64.34 
 
 		 975 aa  1101    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.979089 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0306  DNA topoisomerase III  91.34 
 
 		 889 aa  1568    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2081  DNA topoisomerase III  73.44 
 
 		 876 aa  1265    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.795726  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3185  DNA topoisomerase III  100 
 
 		 865 aa  1788    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3130  DNA topoisomerase III  96.76 
 
 		 865 aa  1701    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.81773  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3683  DNA topoisomerase III  81.93 
 
 		 876 aa  1398    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3339  DNA topoisomerase III  64.75 
 
 		 981 aa  1111    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4627  DNA topoisomerase III  64.99 
 
 		 982 aa  1108    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.957836  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3963  DNA topoisomerase III  64.63 
 
 		 990 aa  1122    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.107223  normal  0.0620528 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1780  DNA topoisomerase III  72.41 
 
 		 920 aa  1266    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.778999 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3068  DNA topoisomerase III  99.65 
 
 		 865 aa  1783    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0032  DNA topoisomerase III  92.08 
 
 		 908 aa  1583    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3990  DNA topoisomerase III  64.75 
 
 		 981 aa  1108    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.250381  normal  0.105693 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2810  DNA topoisomerase III  91.94 
 
 		 869 aa  1613    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3177  DNA topoisomerase III  62.17 
 
 		 920 aa  1060    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.272894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0033  putative DNA topoisomerase III  41.52 
 
 		 815 aa  580  1e-164  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.448865  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1803  DNA topoisomerase III  43.73 
 
 		 754 aa  540  9.999999999999999e-153  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0974  DNA topoisomerase III  38.95 
 
 		 799 aa  536  1e-151  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0752  DNA topoisomerase III  41.6 
 
 		 701 aa  530  1e-149  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0611429  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6109  DNA topoisomerase III  41.51 
 
 		 867 aa  503  1e-141  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1853  DNA topoisomerase III  41.14 
 
 		 695 aa  504  1e-141  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.989434  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2001  DNA topoisomerase III  41.15 
 
 		 721 aa  488  1e-136  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0468853  normal  0.227685 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1814  DNA topoisomerase III  37.57 
 
 		 746 aa  478  1e-133  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000049095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0497  DNA topoisomerase  41.99 
 
 		 686 aa  469  9.999999999999999e-131  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.167665  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0349  DNA topoisomerase  40.49 
 
 		 689 aa  461  9.999999999999999e-129  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.26912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3176  DNA topoisomerase III  36.72 
 
 		 873 aa  460  9.999999999999999e-129  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4786  DNA topoisomerase III  40.43 
 
 		 729 aa  450  1e-125  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000176541  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0922  DNA topoisomerase III  40.34 
 
 		 722 aa  447  1.0000000000000001e-124  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1451  DNA topoisomerase III  40.42 
 
 		 620 aa  442  9.999999999999999e-123  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000215899  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0474  DNA topoisomerase III  39.07 
 
 		 729 aa  429  1e-119  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0356  DNA topoisomerase III  39.07 
 
 		 729 aa  430  1e-119  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0358  DNA topoisomerase III  38.45 
 
 		 729 aa  430  1e-119  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.89538  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0485  DNA topoisomerase III  38.91 
 
 		 729 aa  428  1e-118  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0361  DNA topoisomerase III  38.76 
 
 		 729 aa  427  1e-118  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0351  DNA topoisomerase III  38.76 
 
 		 729 aa  427  1e-118  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0347  DNA topoisomerase III  38.6 
 
 		 729 aa  427  1e-118  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0418  DNA topoisomerase III  38.76 
 
 		 729 aa  427  1e-118  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.198302 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0375  DNA topoisomerase III  38.76 
 
 		 729 aa  427  1e-118  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4887  DNA topoisomerase III  38.91 
 
 		 729 aa  424  1e-117  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0431  DNA topoisomerase III  38.29 
 
 		 729 aa  425  1e-117  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.128239  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1489  DNA topoisomerase III  37.62 
 
 		 731 aa  412  1e-113  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3236  DNA topoisomerase  39.22 
 
 		 777 aa  410  1e-113  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1760  DNA topoisomerase III  37.23 
 
 		 731 aa  407  1.0000000000000001e-112  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2520  DNA topoisomerase III  37.31 
 
 		 697 aa  405  1e-111  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2624  DNA topoisomerase III  35.86 
 
 		 718 aa  402  9.999999999999999e-111  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3223  DNA topoisomerase III  36.85 
 
 		 730 aa  396  1e-109  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0104  DNA topoisomerase III  35.57 
 
 		 675 aa  373  1e-102  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000375285 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2289  DNA topoisomerase III  32.23 
 
 		 768 aa  373  1e-102  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2044  DNA topoisomerase type IA central domain protein  37.3 
 
 		 608 aa  370  1e-101  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0995937  hitchhiker  0.00726991 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3602  DNA topoisomerase III  37.72 
 
 		 719 aa  367  1e-100  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.358507  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0272  DNA topoisomerase III  36.19 
 
 		 707 aa  366  1e-99  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.369574 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1822  DNA topoisomerase type IA central domain protein  35.07 
 
 		 573 aa  364  3e-99  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1940  DNA topoisomerase III  33.15 
 
 		 714 aa  358  1.9999999999999998e-97  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08242e-41 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1725  DNA topoisomerase III  33.29 
 
 		 714 aa  357  3.9999999999999996e-97  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0147593  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1767  DNA topoisomerase III  32.79 
 
 		 714 aa  357  3.9999999999999996e-97  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.181202  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1984  DNA topoisomerase III  33.15 
 
 		 714 aa  357  5e-97  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.122502  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1767  DNA topoisomerase III  33.02 
 
 		 714 aa  357  5e-97  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.258845  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1905  DNA topoisomerase III  33.02 
 
 		 714 aa  357  5e-97  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000492134  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3433  DNA topoisomerase III  33.02 
 
 		 714 aa  357  5.999999999999999e-97  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000032124  hitchhiker  0.00000000499159 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2011  DNA topoisomerase III  33.15 
 
 		 714 aa  357  5.999999999999999e-97  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00587828  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1911  DNA topoisomerase III  33.02 
 
 		 714 aa  356  8.999999999999999e-97  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.129988  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1744  DNA topoisomerase III  33.02 
 
 		 714 aa  356  1e-96  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.129964  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1495  DNA topoisomerase III  35.38 
 
 		 697 aa  354  4e-96  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0210844 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1341  DNA topoisomerase III  34.57 
 
 		 712 aa  351  3e-95  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1472  DNA topoisomerase III  33.47 
 
 		 714 aa  350  6e-95  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000939771  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2281  DNA topoisomerase III  34.59 
 
 		 711 aa  347  8e-94  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00290966  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2322  DNA topoisomerase III  34.59 
 
 		 711 aa  347  8e-94  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0191867  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0839  DNA topoisomerase type IA central domain-containing protein  33.11 
 
 		 681 aa  345  2.9999999999999997e-93  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0618738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3021  DNA topoisomerase  32.64 
 
 		 689 aa  342  1e-92  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2088  DNA topoisomerase III  34.82 
 
 		 642 aa  338  1.9999999999999998e-91  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00112487  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1979  DNA topoisomerase III  34.82 
 
 		 641 aa  338  2.9999999999999997e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000598454  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2343  DNA topoisomerase III  34.82 
 
 		 641 aa  338  2.9999999999999997e-91  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000133374  normal  0.0757376 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2823  DNA topoisomerase III  31.63 
 
 		 671 aa  337  3.9999999999999995e-91  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.172324  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>