More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3133 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010551  BamMC406_2996  site-specific tyrosine recombinase XerC  99.67 
 
 
306 aa  613  1e-175  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0374572 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3133  site-specific tyrosine recombinase XerC  100 
 
 
306 aa  614  1e-175  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.40751  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6437  site-specific tyrosine recombinase XerC  94.77 
 
 
306 aa  589  1e-167  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.798094 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3082  site-specific tyrosine recombinase XerC  94.44 
 
 
306 aa  585  1e-166  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.633641  normal  0.120316 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3104  site-specific tyrosine recombinase XerC  93.79 
 
 
306 aa  585  1e-166  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.494742 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2473  site-specific tyrosine recombinase XerC  93.14 
 
 
306 aa  580  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3087  site-specific tyrosine recombinase XerC  93.14 
 
 
306 aa  580  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2920  site-specific tyrosine recombinase XerC  88.45 
 
 
310 aa  548  1e-155  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.510567  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0207  site-specific tyrosine recombinase XerC  88.78 
 
 
310 aa  549  1e-155  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3428  site-specific tyrosine recombinase XerC  88.45 
 
 
310 aa  548  1e-155  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3258  site-specific tyrosine recombinase XerC  88.45 
 
 
310 aa  548  1e-155  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.706598  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0392  site-specific tyrosine recombinase XerC  88.78 
 
 
310 aa  549  1e-155  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0170  site-specific tyrosine recombinase XerC  88.89 
 
 
306 aa  550  1e-155  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0195  site-specific tyrosine recombinase XerC  88.45 
 
 
310 aa  548  1e-155  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2169  site-specific tyrosine recombinase XerC  88.45 
 
 
310 aa  548  1e-155  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126979  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0074  site-specific tyrosine recombinase XerC  80.2 
 
 
307 aa  497  1e-140  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0347  site-specific tyrosine recombinase XerC  78.55 
 
 
307 aa  488  1e-137  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.693124 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4375  site-specific tyrosine recombinase XerC  79.21 
 
 
307 aa  478  1e-134  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3697  site-specific tyrosine recombinase XerC  60 
 
 
328 aa  343  2e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0057  site-specific tyrosine recombinase XerC  57.37 
 
 
369 aa  333  2e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.326798  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0052  site-specific tyrosine recombinase XerC  60.97 
 
 
329 aa  331  9e-90  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.578512  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0082  site-specific tyrosine recombinase XerC  55.87 
 
 
339 aa  325  5e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.472951  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3374  site-specific tyrosine recombinase XerC  59.35 
 
 
328 aa  322  3e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2528  tyrosine recombinase XerC  53.11 
 
 
294 aa  302  6.000000000000001e-81  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.237042 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0198  tyrosine recombinase XerC subunit  49.34 
 
 
291 aa  279  3e-74  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0021573 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2016  phage integrase family protein  49.68 
 
 
333 aa  279  3e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1733  integrase family protein  49.68 
 
 
333 aa  277  2e-73  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3243  tyrosine recombinase XerC subunit  51.95 
 
 
335 aa  272  5.000000000000001e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1060  phage integrase  50.16 
 
 
358 aa  272  6e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.219086  normal  0.572085 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0194  tyrosine recombinase XerC subunit  51.63 
 
 
295 aa  269  5e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3835  tyrosine recombinase XerC  50.84 
 
 
304 aa  267  1e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.955587  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1455  integrase family protein  48.87 
 
 
365 aa  263  2e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0131  integrase family protein  48.86 
 
 
312 aa  260  2e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.144823 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2544  tyrosine recombinase XerC  48.5 
 
 
318 aa  260  2e-68  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.774585  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  48.52 
 
 
304 aa  259  5.0000000000000005e-68  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3433  phage integrase family protein  47.76 
 
 
345 aa  257  2e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6023  site-specific tyrosine recombinase XerC  47.19 
 
 
303 aa  254  9e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4229  site-specific tyrosine recombinase XerC  45.66 
 
 
300 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4159  site-specific tyrosine recombinase XerC  46.03 
 
 
300 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.937296  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4277  site-specific tyrosine recombinase XerC  46.03 
 
 
300 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3686  tyrosine recombinase XerC  49.54 
 
 
323 aa  253  3e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4336  site-specific tyrosine recombinase XerC  45.34 
 
 
300 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0234  site-specific tyrosine recombinase XerC  48.06 
 
 
302 aa  253  3e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4177  site-specific tyrosine recombinase XerC  45.66 
 
 
300 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.225708  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2996  tyrosine recombinase XerC  49.54 
 
 
323 aa  252  4.0000000000000004e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0902  integrase family protein  48.39 
 
 
356 aa  253  4.0000000000000004e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0047  tyrosine recombinase XerC  47.67 
 
 
298 aa  251  8.000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3247  integrase/recombinase XerC  49.13 
 
 
296 aa  251  9.000000000000001e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5250  site-specific tyrosine recombinase XerC  45.69 
 
 
298 aa  251  1e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69710  site-specific tyrosine recombinase XerC  46.53 
 
 
303 aa  251  1e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.737312  normal  0.478185 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03687  site-specific tyrosine recombinase XerC  45.69 
 
 
298 aa  250  2e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.446663  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4168  tyrosine recombinase XerC  45.69 
 
 
298 aa  250  2e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4177  site-specific tyrosine recombinase XerC  45.69 
 
 
298 aa  250  2e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0208532 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4036  site-specific tyrosine recombinase XerC  45.69 
 
 
298 aa  250  2e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4330  site-specific tyrosine recombinase XerC  45.69 
 
 
298 aa  250  2e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4196  site-specific tyrosine recombinase XerC  45.69 
 
 
298 aa  250  2e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0689633  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4271  site-specific tyrosine recombinase XerC  45.69 
 
 
298 aa  250  2e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03636  hypothetical protein  45.69 
 
 
298 aa  250  2e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.487194  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3981  site-specific tyrosine recombinase XerC  45.34 
 
 
300 aa  249  3e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.105897  normal  0.285215 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4555  phage integrase family protein  48.73 
 
 
378 aa  249  3e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3474  site-specific tyrosine recombinase XerC  47.35 
 
 
296 aa  249  4e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.486058 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4127  tyrosine recombinase XerC  46.69 
 
 
301 aa  249  5e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.442069 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0242  site-specific tyrosine recombinase XerC  46.69 
 
 
299 aa  245  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.322874  normal  0.826572 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0325  tyrosine recombinase XerC  45.78 
 
 
297 aa  245  8e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5291  site-specific tyrosine recombinase XerC  47.68 
 
 
299 aa  245  8e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00203  tyrosine recombinase  46.18 
 
 
306 aa  244  9e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0184  site-specific tyrosine recombinase XerC  45.57 
 
 
303 aa  244  9.999999999999999e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.72736  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0264  site-specific tyrosine recombinase XerC  46.2 
 
 
315 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47730  site-specific tyrosine recombinase XerC  45.87 
 
 
299 aa  244  1.9999999999999999e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435757  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0801  phage integrase family protein  47.6 
 
 
326 aa  244  1.9999999999999999e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3442  phage integrase  44.76 
 
 
337 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0117  tyrosine recombinase XerC  47.19 
 
 
316 aa  242  7e-63  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0185  site-specific tyrosine recombinase XerC  45.21 
 
 
302 aa  241  7.999999999999999e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.182372  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0207  site-specific tyrosine recombinase XerC  43.79 
 
 
303 aa  241  9e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.279091  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4009  site-specific tyrosine recombinase XerC  43.79 
 
 
303 aa  241  9e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0543  site-specific tyrosine recombinase XerC  43.79 
 
 
303 aa  241  9e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5139  site-specific tyrosine recombinase XerC  47.02 
 
 
299 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4164  site-specific tyrosine recombinase XerC  45.1 
 
 
311 aa  240  2e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.154418  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5501  site-specific tyrosine recombinase XerC  45.03 
 
 
299 aa  239  5e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.345753  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0318  site-specific tyrosine recombinase XerC  45.39 
 
 
300 aa  238  6.999999999999999e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5230  site-specific tyrosine recombinase XerC  46.36 
 
 
299 aa  238  1e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0394  tyrosine recombinase XerC  45.42 
 
 
299 aa  238  1e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3631  tyrosine recombinase XerC  45.42 
 
 
299 aa  238  1e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.465228 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0393  tyrosine recombinase XerC  45.42 
 
 
299 aa  238  1e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.426652 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4306  integrase/recombinase XerC  45.57 
 
 
299 aa  236  2e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0010  tyrosine recombinase XerC  42.67 
 
 
299 aa  237  2e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0497  tyrosine recombinase XerC  45.51 
 
 
324 aa  235  7e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.237269  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0736  site-specific tyrosine recombinase XerC  44.33 
 
 
294 aa  235  8e-61  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0185  site-specific tyrosine recombinase XerC  44.44 
 
 
299 aa  233  3e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0222  integrase/recombinase XerC  44.22 
 
 
299 aa  232  6e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3580  tyrosine recombinase XerC  47.62 
 
 
302 aa  231  8.000000000000001e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.636062  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0447  tyrosine recombinase XerC  44.37 
 
 
299 aa  232  8.000000000000001e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4087  tyrosine recombinase XerC  47.24 
 
 
306 aa  231  2e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0169707 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3971  tyrosine recombinase XerC  46.9 
 
 
306 aa  230  2e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3993  tyrosine recombinase XerC  47.24 
 
 
306 aa  230  2e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3973  site-specific tyrosine recombinase XerC  44.04 
 
 
311 aa  230  3e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.556004  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  44.97 
 
 
304 aa  229  4e-59  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3894  tyrosine recombinase XerC  46.9 
 
 
306 aa  229  4e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00533729 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0489  tyrosine recombinase XerC  44.95 
 
 
299 aa  229  5e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.110232  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  42.68 
 
 
332 aa  228  1e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>