More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3052 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008542  Bcen2424_3008  porin  97.86 
 
 
373 aa  733    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2917  porin  99.22 
 
 
384 aa  763    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3027  porin  97.86 
 
 
373 aa  733    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6354  outer membrane protein, (porin)  98.39 
 
 
373 aa  735    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401571  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3052  porin  100 
 
 
384 aa  768    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2394  porin  97.86 
 
 
373 aa  733    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.636281  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3002  porin  94.64 
 
 
373 aa  689    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.703821  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0484  outer membrane porin protein precursor  76.13 
 
 
377 aa  581  1.0000000000000001e-165  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0289  outer membrane porin  76.13 
 
 
377 aa  581  1.0000000000000001e-165  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0302  outer membrane porin  76.13 
 
 
377 aa  581  1.0000000000000001e-165  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0260  porin  76.72 
 
 
378 aa  581  1.0000000000000001e-165  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3345  outer membrane porin, putative  75.86 
 
 
377 aa  579  1e-164  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3333  porin  75.86 
 
 
377 aa  579  1e-164  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2079  porin  75.86 
 
 
377 aa  579  1e-164  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3014  porin  75.86 
 
 
377 aa  579  1e-164  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6771  porin Gram-negative type  70.18 
 
 
379 aa  541  1e-153  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0165431  normal  0.243338 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3905  porin  70.16 
 
 
413 aa  528  1e-149  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0374  OmpC family outer membrane porin  41.06 
 
 
382 aa  266  4e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.299269  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2074  porin  47.92 
 
 
360 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2282  porin  46.35 
 
 
357 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0061  porin  41.75 
 
 
363 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0431794  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3099  outer membrane porin  46.35 
 
 
354 aa  253  3e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.345873  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2974  outer membrane porin  46.35 
 
 
354 aa  253  3e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.598026  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1323  outer membrane porin protein precursor  46.35 
 
 
357 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3025  porin Gram-negative type  41.71 
 
 
376 aa  243  3.9999999999999997e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3372  porin Gram-negative type  41.71 
 
 
376 aa  242  7.999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5535  porin Gram-negative type  38.1 
 
 
391 aa  236  7e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.438233 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3091  outer membrane porin signal peptide protein  42.36 
 
 
376 aa  232  7.000000000000001e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314497  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  37.12 
 
 
368 aa  196  6e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  36.97 
 
 
379 aa  194  3e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  37.89 
 
 
355 aa  190  4e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  35.64 
 
 
354 aa  189  9e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  36.24 
 
 
402 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  36.39 
 
 
362 aa  183  4.0000000000000006e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  35.96 
 
 
352 aa  182  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  36.93 
 
 
353 aa  181  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  36.92 
 
 
355 aa  181  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  34.3 
 
 
371 aa  179  7e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  35.68 
 
 
355 aa  178  1e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  35.68 
 
 
355 aa  178  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4991  porin  35.15 
 
 
393 aa  172  7.999999999999999e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.156454  normal  0.214455 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  35.81 
 
 
401 aa  171  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  32.67 
 
 
367 aa  170  4e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  35.15 
 
 
387 aa  169  7e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  35.34 
 
 
368 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  33.25 
 
 
374 aa  166  8e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6305  porin  34.42 
 
 
356 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5539  porin  33.82 
 
 
386 aa  162  8.000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4491  porin  34.14 
 
 
358 aa  162  9e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450812  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  33.17 
 
 
392 aa  162  1e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  33.17 
 
 
392 aa  162  1e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5999  porin  35.03 
 
 
352 aa  160  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.565883  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2990  porin  35.05 
 
 
387 aa  160  4e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0177619  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  34.18 
 
 
379 aa  159  7e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  32.58 
 
 
357 aa  159  1e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  33.42 
 
 
363 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  33.42 
 
 
363 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  33.42 
 
 
363 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  33.5 
 
 
449 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  33.42 
 
 
363 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  33.42 
 
 
363 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  33.59 
 
 
386 aa  157  4e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1599  putative outer membrane porin signal peptide protein  33.41 
 
 
386 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102431  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3709  porin Gram-negative type  33.42 
 
 
383 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0741295  hitchhiker  0.00542912 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  33.59 
 
 
386 aa  155  8e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5757  outer membrane porin  34.18 
 
 
387 aa  155  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3786  putative outer membrane porin  34.46 
 
 
391 aa  154  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  33.92 
 
 
363 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4800  porin  34.09 
 
 
367 aa  153  5.9999999999999996e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0029  porin  36.88 
 
 
264 aa  152  8e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5394  porin  32.98 
 
 
383 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00342687 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5468  porin  32.98 
 
 
383 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00161783  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3347  porin Gram-negative type  32.99 
 
 
348 aa  152  1e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.735046 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3000  porin Gram-negative type  33.25 
 
 
348 aa  152  1e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0008  OmpC family outer membrane porin  32.73 
 
 
365 aa  152  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4876  porin  32.98 
 
 
383 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4239  outer membrane porin  33.85 
 
 
377 aa  150  4e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.983201  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0350  OmpC family outer membrane porin  33.86 
 
 
372 aa  150  4e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000145681  hitchhiker  0.00000929748 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5288  outer membrane porin  31.28 
 
 
386 aa  150  5e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.13289 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  31.19 
 
 
389 aa  149  6e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02059  porin signal peptide protein  32.35 
 
 
347 aa  149  6e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000217082  normal  0.648974 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  34.35 
 
 
351 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1733  porin  32.84 
 
 
398 aa  149  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5712  porin  33.5 
 
 
378 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  33.59 
 
 
358 aa  147  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6031  porin  32.91 
 
 
383 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00960697  normal  0.0888656 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3855  porin  33.58 
 
 
388 aa  146  6e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5031  porin  32.43 
 
 
357 aa  145  8.000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4547  outer membrane porin signal peptide protein  32.04 
 
 
385 aa  145  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000157102  normal  0.308815 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4702  porin  32.26 
 
 
383 aa  144  3e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.218408  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4962  porin Gram-negative type  30.68 
 
 
354 aa  144  3e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0589815  normal  0.0680007 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2783  porin Gram-negative type  30.68 
 
 
354 aa  144  3e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0106499  normal  0.0987784 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2320  outer membrane protein (porin)-like  32.9 
 
 
381 aa  143  6e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1717  OmpC family outer membrane porin  33.16 
 
 
352 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.339565  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4171  porin  32.98 
 
 
381 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.315389  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3938  porin  36.97 
 
 
363 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4306  porin Gram-negative type  32.08 
 
 
354 aa  139  6e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.273779  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4416  porin Gram-negative type  32.08 
 
 
354 aa  139  6e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4019  porin Gram-negative type  33.15 
 
 
379 aa  139  7e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000808591  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3981  porin  31.41 
 
 
385 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.886193  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>