More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3018 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  92 
 
 
613 aa  1100    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  91.31 
 
 
615 aa  1119    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  68.76 
 
 
616 aa  823    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  92.08 
 
 
612 aa  1125    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  68.97 
 
 
616 aa  824    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  70.27 
 
 
613 aa  839    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  91.64 
 
 
613 aa  1122    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
612 aa  1228    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  99.51 
 
 
612 aa  1221    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  91.64 
 
 
613 aa  1122    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  54.97 
 
 
594 aa  593  1e-168  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  54.97 
 
 
594 aa  593  1e-168  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3536  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  53.53 
 
 
587 aa  583  1.0000000000000001e-165  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220147  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  53.53 
 
 
610 aa  582  1.0000000000000001e-165  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4726  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.02 
 
 
676 aa  559  1e-158  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0452393  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.94 
 
 
598 aa  504  1e-141  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2453  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.1 
 
 
633 aa  476  1e-133  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.29 
 
 
627 aa  478  1e-133  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.590205 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1120  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.75 
 
 
637 aa  476  1e-133  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3107  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.76 
 
 
610 aa  471  1.0000000000000001e-131  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.75 
 
 
611 aa  429  1e-119  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.29 
 
 
606 aa  427  1e-118  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.13 
 
 
596 aa  380  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  37.88 
 
 
592 aa  372  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.71 
 
 
584 aa  366  1e-100  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  36.73 
 
 
590 aa  367  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  37.35 
 
 
582 aa  369  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  36.54 
 
 
601 aa  363  6e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  36.93 
 
 
590 aa  361  3e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.12 
 
 
632 aa  350  4e-95  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.01 
 
 
590 aa  333  6e-90  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  32.36 
 
 
584 aa  325  1e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.09 
 
 
581 aa  325  2e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.11 
 
 
584 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.76 
 
 
585 aa  313  7.999999999999999e-84  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.73 
 
 
572 aa  312  1e-83  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  31.1 
 
 
584 aa  311  2e-83  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.76 
 
 
585 aa  310  4e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.76 
 
 
585 aa  310  6.999999999999999e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.07 
 
 
584 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.7 
 
 
583 aa  306  9.000000000000001e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.7 
 
 
583 aa  305  2.0000000000000002e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.31 
 
 
585 aa  302  1e-80  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.16 
 
 
590 aa  301  2e-80  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.41 
 
 
599 aa  297  3e-79  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.2 
 
 
580 aa  293  8e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.73 
 
 
786 aa  274  3e-72  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.86 
 
 
605 aa  271  2e-71  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.42 
 
 
773 aa  257  5e-67  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.09 
 
 
753 aa  252  1e-65  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.04 
 
 
766 aa  246  9e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1154  hypothetical protein  29.98 
 
 
603 aa  231  4e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2369  diguanylate cyclase  37.92 
 
 
353 aa  229  2e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34805  normal  0.423605 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.82 
 
 
883 aa  221  3.9999999999999997e-56  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0567  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.16 
 
 
599 aa  220  6e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75252  normal  0.598217 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.82 
 
 
797 aa  214  4.9999999999999996e-54  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  30.15 
 
 
409 aa  213  7e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4836  putative diguanylate phosphodiesterase  46.09 
 
 
254 aa  205  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.252765  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.32 
 
 
1023 aa  192  2e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0543152  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03683  hypothetical protein  67.15 
 
 
245 aa  191  4e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0224684  normal  0.254773 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.32 
 
 
594 aa  187  6e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.74861  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.86 
 
 
633 aa  184  5.0000000000000004e-45  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  37.5 
 
 
357 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0613  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.5 
 
 
1036 aa  178  3e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147117  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  36.86 
 
 
379 aa  177  6e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1842  EAL domain protein  23.9 
 
 
590 aa  176  8e-43  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.449408  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  35.76 
 
 
306 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  34.62 
 
 
284 aa  164  5.0000000000000005e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.23 
 
 
565 aa  157  4e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.881972  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  35.06 
 
 
475 aa  138  3.0000000000000003e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0326  diguanylate phosphodiesterase  39.51 
 
 
385 aa  135  1.9999999999999998e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.308148 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  31.23 
 
 
437 aa  130  5.0000000000000004e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.96 
 
 
806 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.844108  normal  0.953027 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.1 
 
 
710 aa  125  2e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0872705  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  37.44 
 
 
454 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2099  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  36.24 
 
 
402 aa  120  7.999999999999999e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.316821 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3093  cyclic-di-GMP regulatory protein  30.43 
 
 
239 aa  119  1.9999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0272737 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1985  diguanylate phosphodiesterase  35.19 
 
 
485 aa  119  1.9999999999999998e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.299339  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1771  diguanylate phosphodiesterase  34.24 
 
 
475 aa  118  3e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.142828  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2061  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.92 
 
 
318 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000365539  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  29.06 
 
 
734 aa  117  5e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4968  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  36.6 
 
 
447 aa  117  7.999999999999999e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.49831  normal  0.572162 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1906  diguanylate phosphodiesterase  37.55 
 
 
410 aa  117  7.999999999999999e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0735137  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5174  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.6 
 
 
703 aa  116  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.903635 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0635  diguanylate phosphodiesterase  32.17 
 
 
340 aa  116  1.0000000000000001e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0201  diguanylate cyclase  38.12 
 
 
446 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.17932  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  33.62 
 
 
367 aa  115  3e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.76 
 
 
943 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0503799  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.51 
 
 
441 aa  114  4.0000000000000004e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.130175  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0706  diguanylate phosphodiesterase  33.88 
 
 
356 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.578959  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3924  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.86 
 
 
443 aa  114  5e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.350169  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3221  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.02 
 
 
443 aa  114  7.000000000000001e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0497788 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1408  diguanylate phosphodiesterase  31.89 
 
 
332 aa  113  8.000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.939193  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4308  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.17 
 
 
552 aa  113  8.000000000000001e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0087  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.26 
 
 
308 aa  113  1.0000000000000001e-23  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.010948 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0637  hypothetical protein  32.91 
 
 
257 aa  113  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00815017  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4174  diguanylate phosphodiesterase  31.73 
 
 
425 aa  111  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.886993  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0461  CBS/GGDEF/EAL domain-containing protein  31.11 
 
 
594 aa  111  4.0000000000000004e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0184  diguanylate cyclase  39.23 
 
 
446 aa  111  4.0000000000000004e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000988954 
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3134  diguanylate phosphodiesterase  31.98 
 
 
227 aa  110  6e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>