More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3014 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008390  Bamb_3014  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
320 aa  641    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2877  LysR family transcriptional regulator  99.38 
 
 
320 aa  638    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.645663 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2987  LysR family transcriptional regulator  97.81 
 
 
320 aa  625  1e-178  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6316  LysR family transcriptional regulator  98.12 
 
 
320 aa  627  1e-178  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2967  LysR family transcriptional regulator  97.81 
 
 
320 aa  625  1e-178  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2353  LysR family transcriptional regulator  97.81 
 
 
320 aa  625  1e-178  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.884603  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2962  LysR family transcriptional regulator  90 
 
 
320 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0306  LysR family regulatory protein  83.12 
 
 
320 aa  535  1e-151  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.489462  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0535  LysR family regulatory protein  82.81 
 
 
362 aa  533  1e-150  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.077291  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0356  LysR family transcriptional regulator  82.81 
 
 
362 aa  533  1e-150  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.681005  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0344  LysR family transcriptional regulator  82.81 
 
 
320 aa  534  1e-150  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4278  LysR family transcriptional regulator  75.08 
 
 
312 aa  461  1e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.105517 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0430  transcriptional regulator, LysR family  73.77 
 
 
312 aa  454  1e-127  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.716475 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0155  LysR family transcriptional regulator  71.9 
 
 
312 aa  443  1e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0458494  normal  0.226334 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  43.67 
 
 
305 aa  230  2e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  39.66 
 
 
307 aa  226  3e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  40.14 
 
 
302 aa  226  3e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 
303 aa  223  2e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  43.58 
 
 
300 aa  223  4e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  43.24 
 
 
300 aa  222  7e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  44.11 
 
 
306 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 
303 aa  218  1e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 
303 aa  216  5.9999999999999996e-55  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  43.92 
 
 
305 aa  216  5.9999999999999996e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  43.14 
 
 
313 aa  211  1e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2289  transcriptional regulator, LysR family  40.54 
 
 
353 aa  210  3e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  42.81 
 
 
335 aa  210  3e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2760  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
319 aa  210  3e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  38.94 
 
 
303 aa  209  7e-53  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 
306 aa  208  9e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 
307 aa  206  3e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 
351 aa  206  5e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1971  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 
355 aa  206  6e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0397721 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  42.03 
 
 
367 aa  204  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 
367 aa  204  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 
305 aa  204  1e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 
351 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 
351 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.93 
 
 
299 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 
351 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 
351 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 
351 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 
301 aa  204  2e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 
351 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  41.02 
 
 
351 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 
362 aa  203  3e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6475  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 
299 aa  203  4e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.820215 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 
301 aa  202  5e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1347  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 
312 aa  202  6e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.336134 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  40.98 
 
 
309 aa  202  9e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  39.46 
 
 
302 aa  201  9.999999999999999e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 
304 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 
299 aa  198  7.999999999999999e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1581  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 
312 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.457037  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1113  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 
318 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.293194 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 
304 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 
309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
349 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6482  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
349 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.833038 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3128  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
349 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677462  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  39.6 
 
 
303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2518  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
349 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
349 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.315246 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  39.32 
 
 
297 aa  196  3e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3186  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
349 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651713  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  38.85 
 
 
307 aa  196  4.0000000000000005e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  38.85 
 
 
307 aa  196  4.0000000000000005e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 
297 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3069  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
349 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 
304 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2780  transcriptional regulator, LysR family  38.91 
 
 
312 aa  196  6e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.916486  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  41.33 
 
 
299 aa  195  7e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  40.21 
 
 
293 aa  194  1e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 
300 aa  194  1e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_003296  RS05458  transcription regulator protein  40.52 
 
 
298 aa  194  2e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.106527 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4540  LysR family transcriptional regulator  39.17 
 
 
322 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29008  normal  0.0118827 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 
299 aa  194  2e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0237  putative transcriptional regulator  39.18 
 
 
355 aa  194  2e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3828  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
322 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.224143  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 
293 aa  193  3e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 
301 aa  193  3e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 
302 aa  193  4e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 
294 aa  192  5e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1192  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 
316 aa  192  5e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000735562  normal  0.361439 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5764  LysR family transcriptional regulator  38.99 
 
 
322 aa  192  6e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4120  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 
323 aa  192  6e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 
299 aa  192  6e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 
299 aa  192  6e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 
299 aa  192  7e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 
299 aa  192  7e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3070  transcriptional regulator, LysR family  40.27 
 
 
304 aa  192  7e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0273364 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 
299 aa  192  7e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 
299 aa  192  7e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 
299 aa  192  7e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01980  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 
312 aa  192  8e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.445097 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5836  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 
329 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5024  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 
329 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.205227  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  39.33 
 
 
297 aa  190  2e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1328  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 
307 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.277671 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 
302 aa  191  2e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>