More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_2985 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009074  BURPS668_0380  cyclic diguanylate phosphodiesterase  84.31 
 
 		 464 aa  734    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0359  diguanylate phosphodiesterase  89.57 
 
 		 423 aa  770    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.834381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0400  cyclic diguanylate phosphodiesterase  84.31 
 
 		 464 aa  735    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2848  diguanylate phosphodiesterase  99.3 
 
 		 428 aa  852    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.423911  normal  0.493577 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0565  EAL domain-containing protein  84.91 
 
 		 515 aa  733    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6290  diguanylate phosphodiesterase  94.81 
 
 		 428 aa  815    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0330  EAL domain-containing protein  84.67 
 
 		 429 aa  734    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4292  diguanylate phosphodiesterase  77.83 
 
 		 425 aa  659    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.843441 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2324  diguanylate phosphodiesterase  93.46 
 
 		 428 aa  813    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00890506  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2960  diguanylate phosphodiesterase  93.46 
 
 		 428 aa  813    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.735556  normal  0.776936 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2985  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 		 428 aa  857    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0415  diguanylate phosphodiesterase  77.54 
 
 		 422 aa  657    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.404943 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2938  diguanylate phosphodiesterase  93.46 
 
 		 428 aa  813    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.200549  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0140  diguanylate phosphodiesterase  74.94 
 
 		 424 aa  628  1e-179  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.537566  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2455  diguanylate phosphodiesterase  51.95 
 
 		 424 aa  389  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000463502 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2585  diguanylate phosphodiesterase  51.95 
 
 		 424 aa  389  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0503461  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5868  diguanylate phosphodiesterase  50.91 
 
 		 424 aa  381  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0145256  normal  0.285313 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2561  diguanylate phosphodiesterase  51.17 
 
 		 424 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0195477 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0758  diguanylate phosphodiesterase  51.43 
 
 		 424 aa  381  1e-104  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.121187  normal  0.125569 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1925  diguanylate phosphodiesterase  50.91 
 
 		 424 aa  378  1e-103  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.544322  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2537  diguanylate phosphodiesterase  50.91 
 
 		 424 aa  378  1e-103  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0119746  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0751  EAL domain-containing protein  47.62 
 
 		 424 aa  365  1e-100  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2261  EAL domain-containing protein  47.38 
 
 		 424 aa  362  7.0000000000000005e-99  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.807134  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1094  EAL domain-containing protein  47.38 
 
 		 424 aa  362  9e-99  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.464012  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0939  EAL domain-containing protein  50.13 
 
 		 422 aa  360  2e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.876817  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0558  cyclic diguanylate phosphodiesterase  50.13 
 
 		 422 aa  361  2e-98  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2138  cyclic diguanylate phosphodiesterase  50.13 
 
 		 422 aa  361  2e-98  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0943  cyclic diguanylate phosphodiesterase  50.13 
 
 		 422 aa  360  2e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3188  diguanylate phosphodiesterase  49.61 
 
 		 436 aa  352  8e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.338182  normal  0.117578 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0778  diguanylate phosphodiesterase  46.43 
 
 		 436 aa  352  1e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.263766  normal  0.696218 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0546  diguanylate phosphodiesterase  45.71 
 
 		 424 aa  351  2e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.49841  normal  0.628054 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2288  diguanylate phosphodiesterase  45.14 
 
 		 419 aa  315  7e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000327147  normal  0.604082 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2792  diguanylate phosphodiesterase  42.12 
 
 		 427 aa  315  7e-85  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2214  diguanylate phosphodiesterase  41.98 
 
 		 428 aa  299  5e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.706339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0993  diguanylate phosphodiesterase  43.85 
 
 		 441 aa  295  9e-79  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.457608  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0192  diguanylate phosphodiesterase  43.28 
 
 		 429 aa  285  2.0000000000000002e-75  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.11093  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0109  hypothetical protein  79.76 
 
 		 171 aa  272  6e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00195405  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2024  hypothetical protein  79.76 
 
 		 171 aa  272  6e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3070  hypothetical protein  79.76 
 
 		 171 aa  272  6e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2261  hypothetical protein  79.76 
 
 		 171 aa  272  6e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1389  EAL domain-containing protein  39.95 
 
 		 403 aa  264  3e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1394  EAL domain-containing protein  39.7 
 
 		 403 aa  263  6e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1523  EAL domain-containing protein  39.85 
 
 		 427 aa  263  6.999999999999999e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2662  EAL domain-containing protein  34.2 
 
 		 428 aa  260  3e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.31527  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1744  diguanylate phosphodiesterase  37.06 
 
 		 424 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.943154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4326  diguanylate phosphodiesterase  37.62 
 
 		 426 aa  248  1e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0277437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2848  EAL domain-containing protein  36.78 
 
 		 427 aa  248  2e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197533  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2834  diguanylate phosphodiesterase  37.6 
 
 		 440 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3887  diguanylate phosphodiesterase  37.87 
 
 		 421 aa  246  6.999999999999999e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0192627  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1618  diguanylate phosphodiesterase  37.6 
 
 		 446 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.991621  normal  0.575282 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1176  diguanylate phosphodiesterase  38.48 
 
 		 411 aa  243  6e-63  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0737  diguanylate phosphodiesterase  38.79 
 
 		 426 aa  239  9e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1218  diguanylate phosphodiesterase  38.79 
 
 		 426 aa  239  9e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.048247  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3700  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.99 
 
 		 780 aa  238  1e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.973532 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1101  diguanylate phosphodiesterase  38.21 
 
 		 426 aa  237  4e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1101  diguanylate phosphodiesterase  37.95 
 
 		 426 aa  237  4e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1191  diguanylate phosphodiesterase  38.29 
 
 		 447 aa  234  3e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0738047  normal  0.284826 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.63 
 
 		 790 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0244946 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2085  diguanylate phosphodiesterase  37.82 
 
 		 423 aa  226  7e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.95 
 
 		 777 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.36212 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1766  EAL domain-containing protein  46.55 
 
 		 474 aa  207  3e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.561967  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0677  EAL domain-containing protein  46.55 
 
 		 482 aa  207  3e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0823154  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1192  EAL domain-containing protein  46.55 
 
 		 474 aa  207  3e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.252573  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1033  diguanylate phosphodiesterase  30.46 
 
 		 413 aa  189  8e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0770  diguanylate phosphodiesterase  30.6 
 
 		 414 aa  186  8e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.294803  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1754  diguanylate phosphodiesterase  33 
 
 		 431 aa  156  8e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2032  EAL domain protein  28.87 
 
 		 396 aa  151  2e-35  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3003  diguanylate phosphodiesterase  31.14 
 
 		 387 aa  133  6e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000176635 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  32.49 
 
 		 360 aa  132  1.0000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  32.76 
 
 		 362 aa  132  1.0000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0662  putative signaling protein  33.19 
 
 		 266 aa  132  1.0000000000000001e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.260634  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000218  diguanylate phosphodiesterase  38.14 
 
 		 272 aa  132  1.0000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.74 
 
 		 766 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.86 
 
 		 583 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2479  diguanylate phosphodiesterase  29.8 
 
 		 416 aa  130  3e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.86 
 
 		 583 aa  131  3e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.88 
 
 		 773 aa  129  8.000000000000001e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  34.8 
 
 		 351 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.48 
 
 		 581 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 		 584 aa  127  3e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.83 
 
 		 585 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.83 
 
 		 585 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.83 
 
 		 585 aa  128  3e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  35.04 
 
 		 584 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.93 
 
 		 572 aa  126  6e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.04 
 
 		 584 aa  126  6e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05954  hypothetical protein  35.65 
 
 		 272 aa  126  7e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.31 
 
 		 585 aa  126  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.06 
 
 		 632 aa  126  8.000000000000001e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  34.1 
 
 		 584 aa  125  1e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.22 
 
 		 605 aa  124  3e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 		 590 aa  124  4e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.46 
 
 		 883 aa  124  4e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.66 
 
 		 584 aa  123  6e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.92 
 
 		 580 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3972  diguanylate phosphodiesterase  29.37 
 
 		 387 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.4 
 
 		 797 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  34.87 
 
 		 367 aa  120  6e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0612  diguanylate phosphodiesterase  34.29 
 
 		 197 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.996724 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  36.08 
 
 		 601 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>