More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_2943 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010551  BamMC406_2805  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  98.86 
 
 
437 aa  841    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.816207  normal  0.794908 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1369  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  83.3 
 
 
437 aa  710    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0058  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  85.71 
 
 
403 aa  669    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0411  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  94.29 
 
 
438 aa  802    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0177027 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0620  penicillin-binding protein 6  83.07 
 
 
437 aa  709    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.696128  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6236  penicillin-binding protein 6  95.88 
 
 
437 aa  821    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.960923 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0438  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  83.07 
 
 
437 aa  709    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0380  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  81.92 
 
 
436 aa  703    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2278  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  95.18 
 
 
529 aa  810    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3192  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  83.3 
 
 
437 aa  710    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2943  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  100 
 
 
436 aa  891    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2893  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  95.18 
 
 
436 aa  813    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2903  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  95.18 
 
 
436 aa  813    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.392153  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0458  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  83.3 
 
 
437 aa  710    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.980224  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0224  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  83.3 
 
 
437 aa  710    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4218  penicillin-binding protein 6  70.62 
 
 
418 aa  630  1e-179  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0498  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  69.25 
 
 
409 aa  623  1e-177  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0047366 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0212  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  70.17 
 
 
409 aa  606  9.999999999999999e-173  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0280  penicillin-binding protein 6  60.71 
 
 
399 aa  478  1e-134  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.892374  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0225  penicillin-binding protein 6  60.71 
 
 
397 aa  480  1e-134  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0183  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  60.6 
 
 
400 aa  470  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0189  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  60.33 
 
 
400 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0133986  normal  0.43472 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0327  penicillin-binding transmembrane protein  61.28 
 
 
397 aa  468  9.999999999999999e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0242  Beta-lactamase  51.11 
 
 
375 aa  396  1e-109  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.984857  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1991  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  53.04 
 
 
404 aa  388  1e-106  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0291  penicillin-binding protein 6  51.39 
 
 
391 aa  373  1e-102  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.774777 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4237  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  51.12 
 
 
389 aa  371  1e-101  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.507304 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2410  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  48.51 
 
 
391 aa  365  1e-100  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0311  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  49.44 
 
 
384 aa  360  3e-98  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.692445  decreased coverage  0.00122162 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0267  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  49.46 
 
 
387 aa  353  4e-96  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.000362711  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0272  penicillin-binding protein 6  49.46 
 
 
387 aa  353  4e-96  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0245093  hitchhiker  0.00000225718 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2497  penicillin-binding protein 6  49.86 
 
 
385 aa  352  5.9999999999999994e-96  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0385  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  51.25 
 
 
389 aa  351  1e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.235008  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1549  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  47.18 
 
 
359 aa  351  2e-95  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1254  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  49.3 
 
 
402 aa  347  2e-94  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.814321  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4921  Beta-lactamase  48.75 
 
 
389 aa  344  2e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0610644  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0332  penicillin-binding protein 6  49.3 
 
 
393 aa  343  2.9999999999999997e-93  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0227892 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0105  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  46.2 
 
 
392 aa  341  1e-92  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0197  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  48.22 
 
 
402 aa  330  2e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00107938  normal  0.937465 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0250  penicillin-binding protein 6  48.49 
 
 
400 aa  330  3e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000463975  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2707  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  47.43 
 
 
391 aa  330  3e-89  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1517  hypothetical protein  45.13 
 
 
430 aa  328  8e-89  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3801  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  46.49 
 
 
394 aa  329  8e-89  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000264221  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1635  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  43.77 
 
 
396 aa  328  1.0000000000000001e-88  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000137172  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1466  hypothetical protein  44.85 
 
 
430 aa  327  2.0000000000000001e-88  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12100  D-ala-D-ala-carboxypeptidase  45.25 
 
 
386 aa  325  1e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1110  D-ala-D-ala-carboxypeptidase  45.25 
 
 
386 aa  324  2e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3337  penicillin-binding protein 6  44.66 
 
 
393 aa  323  6e-87  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000146078  normal  0.0197837 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0647  serine-type D-ala-D-ala-carboxypeptidase  46.48 
 
 
402 aa  321  9.999999999999999e-87  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2844  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  43.68 
 
 
382 aa  318  1e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000202548  hitchhiker  0.000178418 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3794  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  45.25 
 
 
386 aa  318  2e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1970  Beta-lactamase  46.51 
 
 
415 aa  317  2e-85  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.714135  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0176  penicillin-binding protein 6  44.89 
 
 
381 aa  316  5e-85  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2632  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  45.19 
 
 
382 aa  315  9.999999999999999e-85  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4803  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  44.33 
 
 
386 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.273378 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4678  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  44.06 
 
 
403 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.526181  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1345  D-alanyl-D-alanine serine-type carboxypeptidase  41.21 
 
 
418 aa  314  1.9999999999999998e-84  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000062707  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1408  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  41.21 
 
 
418 aa  314  1.9999999999999998e-84  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000562956  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08430  D-Alanyl-D-Alanine carboxypeptidase  44.23 
 
 
404 aa  313  2.9999999999999996e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000566286  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4856  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  43.54 
 
 
386 aa  311  1e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.399898  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4966  penicillin-binding protein 6  43.78 
 
 
385 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0618  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  43.8 
 
 
386 aa  310  4e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143344  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4821  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  43.27 
 
 
386 aa  309  5.9999999999999995e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2395  Beta-lactamase  43.72 
 
 
402 aa  308  9e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3446  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  43.18 
 
 
406 aa  308  1.0000000000000001e-82  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.601063 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4361  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  43.09 
 
 
395 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0572554  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1012  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  40.72 
 
 
392 aa  303  4.0000000000000003e-81  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.56176  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01214  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  43.72 
 
 
392 aa  302  8.000000000000001e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0695  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  43.61 
 
 
403 aa  301  1e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04285  penicillin-binding protein 6  42.13 
 
 
401 aa  298  2e-79  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2295  Beta-lactamase  42.55 
 
 
401 aa  298  2e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1362  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  42.7 
 
 
396 aa  297  3e-79  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0920  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  41.2 
 
 
414 aa  296  5e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0996  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase fraction C  44.23 
 
 
400 aa  296  6e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0899  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase fraction C  44.23 
 
 
426 aa  295  9e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0967  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase fraction C  44.23 
 
 
426 aa  295  9e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0935  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase fraction C  44.23 
 
 
400 aa  295  9e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1015  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase fraction C  44.23 
 
 
426 aa  295  9e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.151648  normal  0.456667 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3457  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  43.33 
 
 
391 aa  295  1e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000146713  normal  0.0310486 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3321  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  43.33 
 
 
391 aa  295  1e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000239349  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1088  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  43.33 
 
 
391 aa  294  2e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000911749  hitchhiker  0.00000985574 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3279  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  43.33 
 
 
391 aa  294  2e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000679219  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1556  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  39.14 
 
 
390 aa  294  2e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000411201  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00806  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase (penicillin-binding protein 6a)  42.53 
 
 
400 aa  293  3e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2803  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase fraction C  42.53 
 
 
400 aa  293  3e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.93217  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2803  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  42.53 
 
 
400 aa  293  3e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.898477  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1164  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  43.33 
 
 
390 aa  293  3e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0900  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase fraction C  42.53 
 
 
400 aa  293  3e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.739941  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00823  hypothetical protein  42.53 
 
 
400 aa  293  3e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0866  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase fraction C  42.53 
 
 
403 aa  293  4e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0910  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase fraction C  42.53 
 
 
400 aa  293  4e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0992  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase fraction C  42.53 
 
 
403 aa  293  4e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.858923  normal  0.226305 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0470  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  40.57 
 
 
391 aa  293  6e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000348683  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01652  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  42.62 
 
 
394 aa  293  6e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000184002  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0987  penicillin-binding protein 6  42.78 
 
 
391 aa  292  6e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000020777  normal  0.0123429 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0991  penicillin-binding protein 6  42.78 
 
 
391 aa  292  6e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000007627  normal  0.347803 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1267  Beta-lactamase  42.56 
 
 
425 aa  291  1e-77  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00143172  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1052  penicillin-binding protein 6  42.78 
 
 
391 aa  291  1e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000211862  hitchhiker  0.00154362 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2636  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  41.73 
 
 
389 aa  291  1e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0765123 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2506  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase fraction C  42.27 
 
 
400 aa  291  1e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>