87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_2208 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008390  Bamb_2208  hypothetical protein  100 
 
 
200 aa  385  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2085  hypothetical protein  95.48 
 
 
212 aa  369  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.181968  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2169  hypothetical protein  83.5 
 
 
207 aa  320  8e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5908  hypothetical protein  83.5 
 
 
207 aa  320  8e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5479  hypothetical protein  81.5 
 
 
191 aa  314  4e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.898836  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2186  hypothetical protein  82 
 
 
207 aa  314  7e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.153791  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1101  hypothetical protein  81.95 
 
 
217 aa  308  2.9999999999999997e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0858704  normal  0.979961 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1823  hypothetical protein  61.72 
 
 
222 aa  218  3.9999999999999997e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2720  hypothetical protein  64.36 
 
 
219 aa  208  5e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2664  hypothetical protein  64.36 
 
 
219 aa  208  5e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1678  hypothetical protein  64.36 
 
 
219 aa  207  6e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2922  hypothetical protein  64.36 
 
 
219 aa  207  6e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2363  hypothetical protein  64.36 
 
 
219 aa  207  6e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.472112  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0648  hypothetical protein  64.36 
 
 
212 aa  207  8e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2793  hypothetical protein  64.36 
 
 
212 aa  207  8e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1811  hypothetical protein  61.81 
 
 
205 aa  197  7.999999999999999e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.120207  normal  0.474402 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1533  protein of unknown function DUF886  57.35 
 
 
208 aa  196  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2944  hypothetical protein  55.56 
 
 
212 aa  194  8.000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.690468 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1294  hypothetical protein  40.88 
 
 
194 aa  117  9.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.070134  normal  0.0207913 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2853  hypothetical protein  45.7 
 
 
191 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.642703  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1036  hypothetical protein  49.61 
 
 
197 aa  113  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.257872 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2714  hypothetical protein  47.22 
 
 
197 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.630107  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2522  hypothetical protein  47.68 
 
 
200 aa  109  3e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0835202  normal  0.0112976 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5173  hypothetical protein  39.66 
 
 
206 aa  107  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5034  hypothetical protein  39.09 
 
 
190 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0163  protein of unknown function DUF886  48.03 
 
 
189 aa  106  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2962  hypothetical protein  45.24 
 
 
202 aa  105  3e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.541543  normal  0.713874 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0430  hypothetical protein  37.11 
 
 
190 aa  105  5e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.359855  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0151  hypothetical protein  46.4 
 
 
192 aa  104  9e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.217217 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5084  hypothetical protein  37.24 
 
 
190 aa  102  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.932324  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4908  hypothetical protein  38.58 
 
 
190 aa  102  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.565857 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2588  hypothetical protein  37.85 
 
 
197 aa  101  7e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.248563 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0365  hypothetical protein  37.72 
 
 
198 aa  101  9e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0359  hypothetical protein  35.57 
 
 
189 aa  100  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2387  protein of unknown function DUF886  42.86 
 
 
192 aa  100  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6926  protein of unknown function DUF886  37.13 
 
 
191 aa  98.6  5e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0684944  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2794  protein of unknown function DUF886  49.59 
 
 
193 aa  98.6  5e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4074  hypothetical protein  50.43 
 
 
197 aa  96.3  3e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4558  protein of unknown function DUF886  33.95 
 
 
183 aa  95.5  5e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.996981  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2110  putative cold inducible protein Ves  40.32 
 
 
190 aa  93.6  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.560471  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2219  hypothetical protein  40.32 
 
 
190 aa  93.6  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5955  hypothetical protein  34.62 
 
 
190 aa  92.8  3e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2509  hypothetical protein  39.52 
 
 
190 aa  90.9  1e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000356687 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3647  hypothetical protein  40.98 
 
 
233 aa  89.4  3e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0325  hypothetical protein  36.7 
 
 
187 aa  89.4  3e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2080  hypothetical protein  43.59 
 
 
187 aa  88.6  5e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5931  protein of unknown function DUF886  41.88 
 
 
191 aa  88.2  7e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.810198  normal  0.153687 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4156  hypothetical protein  40.48 
 
 
186 aa  86.7  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.737957  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2982  hypothetical protein  34.72 
 
 
191 aa  85.9  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.920883  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1080  hypothetical protein  32.39 
 
 
194 aa  86.3  3e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.62386  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1431  hypothetical protein  36.02 
 
 
195 aa  85.9  4e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1388  hypothetical protein  35.04 
 
 
253 aa  84.7  7e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0920868  hitchhiker  0.00023617 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1255  protein of unknown function DUF886  40.91 
 
 
182 aa  84.7  8e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1335  hypothetical protein  29.32 
 
 
216 aa  82.4  0.000000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.212049  hitchhiker  0.00175338 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5837  hypothetical protein  37.65 
 
 
196 aa  81.6  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1400  hypothetical protein  31.68 
 
 
217 aa  81.6  0.000000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0282645 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3164  hypothetical protein  33.58 
 
 
255 aa  81.6  0.000000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4629  hypothetical protein  46.4 
 
 
181 aa  81.3  0.000000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.355004  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0164  hypothetical protein  40.98 
 
 
201 aa  80.9  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3016  hypothetical protein  28.1 
 
 
237 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1489  protein of unknown function DUF886  31.29 
 
 
235 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.409079  normal  0.364485 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2887  hypothetical protein  31.87 
 
 
227 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67410  hypothetical protein  39.29 
 
 
196 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3002  hypothetical protein  36.42 
 
 
176 aa  80.5  0.00000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.530397  normal  0.657426 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2653  protein of unknown function DUF886  42.74 
 
 
181 aa  79.3  0.00000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0159203  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2870  hypothetical protein  32.92 
 
 
235 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.290412  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3760  hypothetical protein  36.5 
 
 
210 aa  79  0.00000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3489  protein of unknown function DUF886  38.69 
 
 
191 aa  77.8  0.00000000000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0982  protein of unknown function DUF886  33.17 
 
 
203 aa  76.6  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.429638  normal  0.105211 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0933  hypothetical protein  33.16 
 
 
207 aa  74.7  0.0000000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0875  hypothetical protein  33.16 
 
 
207 aa  74.7  0.0000000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1985  hypothetical protein  37.33 
 
 
191 aa  74.3  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.280808  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1702  hypothetical protein  39.34 
 
 
185 aa  73.9  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1890  hypothetical protein  36.67 
 
 
191 aa  72.8  0.000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0233049 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2459  hypothetical protein  37.33 
 
 
191 aa  72.4  0.000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.984469  normal  0.742679 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1962  hypothetical protein  37.33 
 
 
191 aa  72.4  0.000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0248  hypothetical protein  39.64 
 
 
198 aa  72  0.000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1900  protein of unknown function DUF886  36.67 
 
 
191 aa  71.2  0.000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.290117  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01699  hypothetical protein  36.67 
 
 
191 aa  71.2  0.000000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01711  hypothetical protein  36.67 
 
 
191 aa  71.2  0.000000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1824  hypothetical protein  36.67 
 
 
191 aa  71.2  0.000000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1450  hypothetical protein  36.67 
 
 
191 aa  70.9  0.00000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.499518 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3904  hypothetical protein  33.12 
 
 
204 aa  70.1  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.664963  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5071  protein of unknown function DUF886  37.65 
 
 
181 aa  62.4  0.000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7804  electron transfer flavoprotein alpha/beta-subunit  34.29 
 
 
446 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.55949  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0070  hypothetical protein  34.4 
 
 
195 aa  45.4  0.0005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02254  hypothetical protein  37.97 
 
 
273 aa  44.3  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>