More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_2021 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012912  Dd1591_1130  integrase family protein  81.1 
 
 
418 aa  697    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3484  phage integrase family protein  81.58 
 
 
418 aa  699    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1262  integrase family protein  88.7 
 
 
418 aa  776    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.528936  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1465  phage integrase  78.37 
 
 
418 aa  665    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0137829  normal  0.595385 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2021  phage integrase family protein  100 
 
 
418 aa  860    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.713949  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3366  phage integrase family protein  85.53 
 
 
394 aa  711    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.194461  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3112  integrase family protein  72.17 
 
 
418 aa  621  1e-177  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1172  integrase family protein  70.2 
 
 
418 aa  613  9.999999999999999e-175  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.69238  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3563  integrase family protein  70.2 
 
 
418 aa  613  9.999999999999999e-175  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0496  phage integrase  68.67 
 
 
418 aa  598  1e-170  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2142  phage integrase  67.95 
 
 
418 aa  595  1e-169  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.306676  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3062  phage integrase  71.18 
 
 
418 aa  588  1e-167  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.361431  normal  0.0996208 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2217  integrase family protein  63.24 
 
 
418 aa  531  1e-149  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.664863  normal  0.427624 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2656  phage integrase family site specific recombinase  59.24 
 
 
395 aa  479  1e-134  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000325439  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004339  integrase  58.23 
 
 
398 aa  475  1e-133  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0615  Phage integrase  57.97 
 
 
399 aa  476  1e-133  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.862313  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15350  putative integrase  57.72 
 
 
400 aa  476  1e-133  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000000770896  unclonable  1.43377e-21 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1726  phage integrase family protein  57.47 
 
 
395 aa  476  1e-133  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2546  phage integrase family protein  57.72 
 
 
400 aa  473  1e-132  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40023  hitchhiker  0.00168033 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0354  Phage integrase  57.07 
 
 
402 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0362  phage integrase family site specific recombinase  55.19 
 
 
402 aa  456  1e-127  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.613827  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1709  putative phage integrase  50.97 
 
 
446 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.558135  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6547  integrase family protein  48.85 
 
 
455 aa  412  1e-114  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00352142  normal  0.0182485 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2336  Phage integrase  48.95 
 
 
426 aa  409  1e-113  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3232  integrase family protein  50.49 
 
 
434 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.068813  normal  0.462781 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2106  integrase  69.49 
 
 
272 aa  375  1e-102  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1623  integrase or site-specific recombinase  46.03 
 
 
466 aa  354  2e-96  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.262588 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0444  integrase family protein  45.24 
 
 
461 aa  342  7e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.737271 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0554  CP4-like integrase  56.57 
 
 
274 aa  303  3.0000000000000004e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3823  phage-related integrase  39.25 
 
 
403 aa  266  7e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3232  phage integrase family site specific recombinase  38.65 
 
 
409 aa  261  2e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1046  integrase family protein  41.16 
 
 
410 aa  261  2e-68  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000192278  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3455  integrase family protein  39.75 
 
 
410 aa  259  8e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0112  phage integrase family site specific recombinase  36.75 
 
 
409 aa  252  8.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.246788  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0097  phage integrase family site specific recombinase  36.75 
 
 
409 aa  252  9.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.89883  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2823  putative phage integrase  37.12 
 
 
440 aa  251  1e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.339344  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0308  integrase or site-specific recombinase  36.75 
 
 
414 aa  252  1e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3377  site-specific recombinase, phage integrase family protein  35.59 
 
 
394 aa  233  6e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4738  integrase  35.09 
 
 
396 aa  233  7.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.657187  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3112  site-specific recombinase, phage integrase family protein  35.34 
 
 
394 aa  231  1e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0338398 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3983  integrase family protein  36.19 
 
 
404 aa  228  2e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0925  integrase family protein  35.7 
 
 
404 aa  223  4e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0884  phage integrase family site specific recombinase  35.7 
 
 
404 aa  223  4e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  35.7 
 
 
404 aa  223  4.9999999999999996e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3617  phage integrase family protein  33.84 
 
 
390 aa  223  7e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2870  integrase family protein  33.5 
 
 
404 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4470  putative phage integrase  35.84 
 
 
399 aa  218  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.052147 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1377  integrase family protein  33.5 
 
 
404 aa  218  2e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.421262  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5344  site-specific recombinase, phage integrase family  32.75 
 
 
402 aa  218  2e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1403  integrase family protein  33.42 
 
 
404 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40500  Phage integrase  33.33 
 
 
401 aa  213  4.9999999999999996e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0374  site-specific recombinase, phage integrase family  33.17 
 
 
396 aa  212  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.324346  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2105  integrase  66.21 
 
 
149 aa  209  7e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  34.02 
 
 
402 aa  207  3e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  31.85 
 
 
404 aa  207  3e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  33 
 
 
402 aa  206  5e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4153  phage integrase family site specific recombinase  33.17 
 
 
397 aa  205  2e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.448481  normal  0.0214927 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4347  integrase family protein  34.41 
 
 
402 aa  204  3e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000357829 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  31.93 
 
 
404 aa  203  5e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3353  phage integrase family protein  33.33 
 
 
393 aa  202  6e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0666  integrase  32.34 
 
 
395 aa  202  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.214947  hitchhiker  0.000000824162 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  33.68 
 
 
394 aa  202  9.999999999999999e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2489  putative integrase protein  32.67 
 
 
417 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4002  phage integrase family site specific recombinase  32.07 
 
 
387 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0053  integrase family protein  31.91 
 
 
391 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.613927 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1100  site-specific recombinase, phage integrase family  31.31 
 
 
395 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5032  integrase  33.08 
 
 
417 aa  198  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2828  integrase family protein  31.41 
 
 
396 aa  197  3e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2751  integrase family protein  32.17 
 
 
415 aa  197  4.0000000000000005e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.606598  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03516  Int  32.5 
 
 
394 aa  196  6e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03468  hypothetical protein  32.5 
 
 
394 aa  196  6e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.457385  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2638  integrase  31.41 
 
 
409 aa  195  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  decreased coverage  9.23997e-16 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0108  integrase family protein  30.83 
 
 
389 aa  194  3e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0306  site-specific recombinase, phage integrase family  31.98 
 
 
410 aa  193  4e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.644103 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1839  phage integrase family protein  31.08 
 
 
414 aa  192  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0628  phage integrase  34.92 
 
 
405 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.173679  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0061  integrase family protein  32.24 
 
 
396 aa  190  4e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3281  integrase family protein  31.91 
 
 
387 aa  189  7e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2365  Phage integrase  32.58 
 
 
404 aa  188  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1290  prophage CP4-like integrase  30.65 
 
 
404 aa  188  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0681  integrase family protein  29.46 
 
 
401 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2233  integrase family protein  30.92 
 
 
397 aa  187  3e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0126025 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6353  P4-like integrase  33.17 
 
 
407 aa  186  8e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.276221  normal  0.142283 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1254  integrase family protein  31.93 
 
 
406 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1610  integrase family protein  29.65 
 
 
394 aa  184  4.0000000000000006e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0939795  normal  0.722179 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2073  putative integrase prophage protein  31.96 
 
 
445 aa  182  1e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.343069  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5324  integrase  30.3 
 
 
395 aa  181  1e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2421  phage integrase family protein  30.24 
 
 
404 aa  182  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359769  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0484  phage integrase family protein  28.96 
 
 
421 aa  182  1e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1442  phage integrase  31.63 
 
 
404 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1752  phage integrase  30.65 
 
 
404 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2364  phage integrase family protein  30.65 
 
 
404 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1229  integrase family protein  30.89 
 
 
402 aa  180  4e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.308607  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0968  cp4-like integrase protein  30.23 
 
 
391 aa  178  1e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3266  site-specific recombinase, phage integrase family  31.59 
 
 
367 aa  179  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.220935  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2875  phage integrase family protein  30.87 
 
 
422 aa  177  3e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.698524  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0927  integrase family protein  31.33 
 
 
422 aa  176  7e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0928  phage integrase family site specific recombinase  29.47 
 
 
438 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0249275  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3444  integrase family protein  32.43 
 
 
401 aa  175  9.999999999999999e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950055  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1627  phage integrase family protein  28.4 
 
 
419 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>