More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_2004 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_2004  type II secretion system protein E  100 
 
 		 348 aa  677    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0726  type II secretion system protein E  93.7 
 
 		 349 aa  619  1e-176  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.687032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2350  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  95.03 
 
 		 351 aa  616  1e-175  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.526616 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1282  type II secretion system protein E  95.2 
 
 		 356 aa  600  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35720  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  89.89 
 
 		 350 aa  594  1e-169  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.469898  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2584  conjugal transfer protein TrbB  93.09 
 
 		 355 aa  580  1e-164  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1895  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  87.99 
 
 		 356 aa  560  1e-158  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30940  putative conjugal transfer protein  87.69 
 
 		 356 aa  559  1e-158  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000128533  unclonable  3.72388e-22 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3506  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  84.33 
 
 		 344 aa  552  1e-156  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.19636  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2699  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  84.33 
 
 		 344 aa  551  1e-156  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.183128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1341  type II secretion system protein E  85.71 
 
 		 354 aa  544  1e-154  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.120888  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0438  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  82.22 
 
 		 353 aa  541  1e-153  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2911  type II secretion system protein E  83.76 
 
 		 344 aa  542  1e-153  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3706  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  85.84 
 
 		 350 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.557258  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1550  type II secretion system protein E  85.46 
 
 		 358 aa  538  9.999999999999999e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00260971  normal  0.700306 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2645  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  84.05 
 
 		 345 aa  537  1e-151  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4195  type II secretion system protein E  83.33 
 
 		 343 aa  527  1e-149  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3827  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  61.92 
 
 		 321 aa  375  1e-103  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3541  type II secretion system protein E  65.22 
 
 		 322 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0478777  normal  0.532138 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0509  type II secretion system protein E  61.51 
 
 		 329 aa  374  1e-102  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.77324  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2878  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  62.22 
 
 		 327 aa  370  1e-101  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0715794 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7741  conjugal transfer protein trbB  61.61 
 
 		 327 aa  368  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.685768 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0808  type II secretion system protein E  62.5 
 
 		 326 aa  370  1e-101  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3212  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  61.13 
 
 		 332 aa  369  1e-101  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0166332  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0749  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  62.71 
 
 		 327 aa  369  1e-101  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.641602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1500  conjugal transfer protein trbB  61.29 
 
 		 327 aa  367  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1835  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  61.13 
 
 		 325 aa  367  1e-100  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0699  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  63.37 
 
 		 326 aa  367  1e-100  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0595  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  61.69 
 
 		 328 aa  365  1e-100  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0966  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  58.97 
 
 		 334 aa  364  1e-99  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3364  conjugal transfer protein trbB  60.56 
 
 		 326 aa  364  1e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.538744 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3086  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  61.56 
 
 		 343 aa  362  6e-99  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3541  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  64.75 
 
 		 327 aa  361  1e-98  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1194  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  64.75 
 
 		 327 aa  361  1e-98  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.442732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2324  type II secretion system protein E  60.88 
 
 		 327 aa  360  2e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3901  type II secretion system protein E  62.08 
 
 		 322 aa  360  3e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.23127  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3851  type II secretion system protein E  61.54 
 
 		 327 aa  359  3e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.296178  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0156  type II secretion system protein E  58.72 
 
 		 334 aa  359  3e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3004  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  61.04 
 
 		 342 aa  359  4e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.803505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1013  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  61.69 
 
 		 322 aa  358  8e-98  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3194  type II secretion system protein E  60.59 
 
 		 334 aa  357  9.999999999999999e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.653362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4000  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  60.06 
 
 		 328 aa  356  2.9999999999999997e-97  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7440  conjugal transfer protein trbB  60 
 
 		 305 aa  356  3.9999999999999996e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2027  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  62.06 
 
 		 333 aa  356  3.9999999999999996e-97  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1484  type II secretion system protein E  60.9 
 
 		 332 aa  352  5.9999999999999994e-96  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.307277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2268  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  59.68 
 
 		 325 aa  351  1e-95  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3691  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  59.15 
 
 		 328 aa  347  1e-94  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2824  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  62.3 
 
 		 329 aa  344  2e-93  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0318  type II secretion system protein E  60.68 
 
 		 327 aa  337  1.9999999999999998e-91  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0504933  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2614  type II secretion system protein E  61.36 
 
 		 327 aa  334  1e-90  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2485  type II secretion system protein E  59.87 
 
 		 327 aa  322  6e-87  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.3274 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2351  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  57.14 
 
 		 325 aa  322  7e-87  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0161  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  58.86 
 
 		 323 aa  310  2e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.654674 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5330  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  52.58 
 
 		 320 aa  310  2.9999999999999997e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.548363 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5159  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  51.48 
 
 		 318 aa  285  8e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9269  conjugal transfer protein TrbB  47.71 
 
 		 323 aa  271  1e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5482  conjugal transfer protein TrbB  49.01 
 
 		 321 aa  271  1e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5376  conjugal transfer protein TrbB  47.56 
 
 		 325 aa  268  8e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.873553  normal  0.169831 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9661  conjugal transfer protein TrbB  50 
 
 		 320 aa  268  1e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8334  conjugal transfer protein TrbB  47.39 
 
 		 323 aa  256  4e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.222514  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0047  conjugal transfer ATPase TrbB  42.86 
 
 		 366 aa  253  3e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.435739  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4569  conjugal transfer protein TrbB  47.71 
 
 		 329 aa  253  5.000000000000001e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6502  conjugal transfer ATPase TrbB  47.06 
 
 		 320 aa  251  1e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000848029  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6635  conjugal transfer ATPase TrbB  47.06 
 
 		 320 aa  251  1e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000001277  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2497  type II secretion system protein E  44.83 
 
 		 321 aa  249  6e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0892  type II secretion system protein E  42.46 
 
 		 319 aa  243  3.9999999999999997e-63  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1183  type II secretion system protein E  39.93 
 
 		 319 aa  241  9e-63  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1720  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  46.32 
 
 		 329 aa  241  1e-62  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00147948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2265  conjugal transfer ATPase TrbB  41.9 
 
 		 320 aa  240  2.9999999999999997e-62  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.000000182151  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4690  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  43.14 
 
 		 310 aa  238  9e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0688  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  48.93 
 
 		 309 aa  238  2e-61  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1334  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  45.77 
 
 		 322 aa  231  2e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0908976 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4274  conjugal transfer ATPase TrbB  42.67 
 
 		 321 aa  229  5e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  1.39641e-17  normal  0.780952 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0244  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  45.07 
 
 		 322 aa  228  9e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1634  P-type conjugative transfer protein TrbB  45.42 
 
 		 322 aa  227  3e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0899884  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2346  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  44.44 
 
 		 325 aa  223  3e-57  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1622  P-type conjugative transfer ATPase TrbB  40.65 
 
 		 346 aa  214  1.9999999999999998e-54  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2913  type II secretion system protein E  36.39 
 
 		 452 aa  167  2e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1161  type II secretion system protein E  35.1 
 
 		 469 aa  166  5e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1752  Flp pilus assembly ATPase CpaF  34.08 
 
 		 451 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2555  type II secretion system protein E  37.3 
 
 		 464 aa  164  3e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.174933  normal  0.12963 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2116  FHA domain containing protein  34.73 
 
 		 594 aa  163  4.0000000000000004e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2639  type II secretion system protein E  36.31 
 
 		 491 aa  163  4.0000000000000004e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2825  type II secretion system protein E  35.76 
 
 		 450 aa  163  5.0000000000000005e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1498  type II secretion system protein E  35.19 
 
 		 468 aa  163  5.0000000000000005e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4437  type II secretion system protein E  36.77 
 
 		 349 aa  162  8.000000000000001e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1041  type II secretion system protein E  36.51 
 
 		 444 aa  162  9e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.437209  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2694  type II secretion system protein E  34.62 
 
 		 474 aa  162  9e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00162868  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3966  type II secretion system protein E  35.69 
 
 		 449 aa  162  1e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.406102 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0708  type II/IV secretion system protein E  31.23 
 
 		 589 aa  161  1e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.844285  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1019  type II secretion system protein E  34.71 
 
 		 472 aa  161  1e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7195  Flp pilus assembly protein ATPase CpaF  35.81 
 
 		 455 aa  160  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.141277  normal  0.285879 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0655  type II secretion system protein  35.1 
 
 		 479 aa  160  3e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.181528 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2569  type II secretion system protein E  34.62 
 
 		 463 aa  160  3e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0804  type II secretion system protein E  33.22 
 
 		 473 aa  160  3e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0748  FHA domain-containing protein  30.57 
 
 		 572 aa  159  5e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1815  type II secretion system protein E  34.52 
 
 		 449 aa  159  6e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.15146  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1339  type II secretion system protein E  35.28 
 
 		 412 aa  159  7e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5492  type II secretion system protein E  35.67 
 
 		 454 aa  159  9e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0157969  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6778  type II secretion system protein E  35.67 
 
 		 454 aa  159  9e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.367997  normal  0.399772 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>