More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1781 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008390  Bamb_1781  carboxymuconolactone decarboxylase  100 
 
 
144 aa  290  3e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1753  carboxymuconolactone decarboxylase  98.61 
 
 
144 aa  285  1e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.165068 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6236  carboxymuconolactone decarboxylase  90.28 
 
 
144 aa  241  3e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.291446  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1843  carboxymuconolactone decarboxylase  90.28 
 
 
144 aa  241  3e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.19287  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5144  carboxymuconolactone decarboxylase  89.58 
 
 
144 aa  240  5e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0349025  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1867  carboxymuconolactone decarboxylase  89.58 
 
 
144 aa  239  7e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.159406  hitchhiker  0.000781215 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2219  4-carboxymuconolactone decarboxylase family protein  86.72 
 
 
132 aa  234  4e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2385  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  86.72 
 
 
132 aa  234  4e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2257  4-carboxymuconolactone decarboxylase family protein  86.72 
 
 
132 aa  234  4e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.769981  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1373  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  85.94 
 
 
132 aa  230  4.0000000000000004e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.378973  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0034  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  85.94 
 
 
132 aa  230  4.0000000000000004e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0633482  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1134  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  85.94 
 
 
132 aa  230  4.0000000000000004e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1863  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  85.94 
 
 
132 aa  230  4.0000000000000004e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2209  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  86.4 
 
 
132 aa  226  8e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.231556  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2370  putative carboxymuconolactone decarboxylase  80.92 
 
 
148 aa  221  2e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.006176  normal  0.29565 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1817  Carboxymuconolactone decarboxylase  76.22 
 
 
152 aa  221  3e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.291528 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1430  carboxymuconolactone decarboxylase  88.28 
 
 
145 aa  219  9.999999999999999e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.346703  hitchhiker  0.00433375 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0944  carboxymuconolactone decarboxylase  82.54 
 
 
132 aa  198  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.292875  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1479  carboxymuconolactone decarboxylase  70.25 
 
 
133 aa  180  5.0000000000000004e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3680  Carboxymuconolactone decarboxylase  68.18 
 
 
152 aa  180  6e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2188  carboxymuconolactone decarboxylase  69.05 
 
 
129 aa  180  7e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3139  putative 4-carboxymuconolactone decarboxylase  63.03 
 
 
132 aa  169  7.999999999999999e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.287088  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0083  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  64.17 
 
 
128 aa  170  7.999999999999999e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0089  carboxymuconolactone decarboxylase  63.87 
 
 
128 aa  168  2e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2653  Carboxymuconolactone decarboxylase  65.38 
 
 
138 aa  168  3e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0083  carboxymuconolactone decarboxylase  62.3 
 
 
128 aa  167  4e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0089  carboxymuconolactone decarboxylase  62.3 
 
 
128 aa  167  6e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0086  Carboxymuconolactone decarboxylase  62.3 
 
 
128 aa  167  6e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4266  carboxymuconolactone decarboxylase  62.3 
 
 
128 aa  167  6e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7471  Carboxymuconolactone decarboxylase  65.08 
 
 
299 aa  163  6.9999999999999995e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4049  carboxymuconolactone decarboxylase  62.93 
 
 
134 aa  159  1e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3873  carboxymuconolactone decarboxylase  59.17 
 
 
125 aa  158  2e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001374  4-carboxymuconolactone decarboxylase  55.28 
 
 
125 aa  152  1e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000000210016  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2083  Carboxymuconolactone decarboxylase  73.27 
 
 
123 aa  152  2e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.995495 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1568  carboxymuconolactone decarboxylase  72 
 
 
109 aa  150  5e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.630321 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0837  putative carboxymuconolactone decarboxylase  75.26 
 
 
110 aa  149  8.999999999999999e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1703  Carboxymuconolactone decarboxylase  53.66 
 
 
131 aa  144  4.0000000000000006e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.232307  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02340  Carboxymuconolactone decarboxylase  57.85 
 
 
138 aa  143  9e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0293457  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2477  Carboxymuconolactone decarboxylase  71.13 
 
 
118 aa  142  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.333736 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5696  carboxymuconolactone decarboxylase  57.48 
 
 
130 aa  141  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1856  carboxymuconolactone decarboxylase  53.39 
 
 
275 aa  135  3.0000000000000003e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.519725  normal  0.376905 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2473  Carboxymuconolactone decarboxylase  54.1 
 
 
260 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.15664  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4934  carboxymuconolactone decarboxylase  52.5 
 
 
150 aa  129  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.249654  decreased coverage  0.00938968 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0016  carboxymuconolactone decarboxylase  51.97 
 
 
261 aa  127  6e-29  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2098  carboxymuconolactone decarboxylase  50 
 
 
295 aa  127  6e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.327283  normal  0.0268513 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0521  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  48.74 
 
 
127 aa  119  9.999999999999999e-27  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.66457 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2239  gamma-carboxymuconolactone decarboxylase  48.67 
 
 
122 aa  115  1.9999999999999998e-25  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4060  Carboxymuconolactone decarboxylase  46.67 
 
 
136 aa  114  5e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.735994  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1188  carboxymuconolactone decarboxylase  44 
 
 
128 aa  95.9  2e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.373506  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2504  4-carboxymuconolactone decarboxylase  39.02 
 
 
129 aa  89.7  1e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3215  carboxymuconolactone decarboxylase  40 
 
 
124 aa  87.8  5e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2296  4-carboxymuconolactone decarboxylase  41.94 
 
 
123 aa  87.8  5e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0265397  normal  0.659303 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0952  Carboxymuconolactone decarboxylase  39.67 
 
 
127 aa  87  8e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6219  carboxymuconolactone decarboxylase  40.19 
 
 
363 aa  85.5  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3042  Alpha/beta hydrolase  35.94 
 
 
380 aa  85.1  3e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.440112  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0768  4-carboxymuconolactone decarboxylase  37.29 
 
 
250 aa  84.7  4e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.000000904176 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2568  carboxymuconolactone decarboxylase  41.76 
 
 
132 aa  84.3  5e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.136392 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4016  3-oxoadipate enol-lactonase  39.2 
 
 
392 aa  84  6e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00993372  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7932  4-carboxymuconolactone decarboxylase  41.59 
 
 
132 aa  82.8  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.238463  normal  0.729855 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5022  4-carboxymuconolactone decarboxylase / 3-oxoadipate enol-lactonase  38.21 
 
 
396 aa  81.6  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.391243  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5081  Carboxymuconolactone decarboxylase  41.53 
 
 
122 aa  80.9  0.000000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0563  4-carboxymuconolactone decarboxylase  35.11 
 
 
393 aa  80.5  0.000000000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.260619  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02850  gamma-carboxymuconolactone decarboxylase  39.82 
 
 
133 aa  80.1  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00181902 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2249  putative 4-carboxymuconolactone decarboxylase protein  37.7 
 
 
131 aa  80.1  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0833929  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2974  4-carboxymuconolactone decarboxylase  36.89 
 
 
125 aa  79.3  0.00000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0318  gamma-carboxymuconolactone decarboxylase  38.94 
 
 
133 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.623335  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38170  4-carboxymuconolactone decarboxylase  38.94 
 
 
130 aa  79  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.230767  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2126  carboxymuconolactone decarboxylase  38.05 
 
 
132 aa  78.6  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.191574  normal  0.330128 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3257  carboxymuconolactone decarboxylase  38.4 
 
 
148 aa  79  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.146193  normal  0.0594926 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2661  carboxymuconolactone decarboxylase  42.37 
 
 
125 aa  79  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4478  4-carboxymuconolactone decarboxylase  52.5 
 
 
127 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2322  4-carboxymuconolactone decarboxylase  39.32 
 
 
129 aa  78.6  0.00000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.254356  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2734  4-carboxymuconolactone decarboxylase  36.07 
 
 
127 aa  78.2  0.00000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.888805  hitchhiker  0.0000628107 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1011  4-carboxymuconolactone decarboxylase  37.4 
 
 
402 aa  77.8  0.00000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.101506  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1204  3-oxoadipate enol-lactone hydrolase/4-carboxymuconolactone decarboxylase  35.2 
 
 
128 aa  77.4  0.00000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2342  4-carboxymuconolactone decarboxylase  37.17 
 
 
132 aa  77.4  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4169  carboxymuconolactone decarboxylase  47.31 
 
 
127 aa  77.4  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.944589  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1557  4-carboxymuconolactone decarboxylase  35.2 
 
 
128 aa  77.4  0.00000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0050  4-carboxymuconolactone decarboxylase  36 
 
 
128 aa  77.4  0.00000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1487  3-oxoadipate enol-lactone hydrolase/4-carboxymuconolactone decarboxylase  35.2 
 
 
128 aa  77.4  0.00000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5940  4-carboxymuconolactone decarboxylase  36.07 
 
 
134 aa  77.4  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.1646 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0058  4-carboxymuconolactone decarboxylase  35.2 
 
 
128 aa  77.4  0.00000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.161595  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0060  4-carboxymuconolactone decarboxylase  35.2 
 
 
128 aa  77.4  0.00000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.34038  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2061  4-carboxymuconolactone decarboxylase  36.07 
 
 
132 aa  77  0.00000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0934  carboxymuconolactone decarboxylase  47.31 
 
 
124 aa  77  0.00000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5750  4-carboxymuconolactone decarboxylase  33.86 
 
 
129 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0988817 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0527  4-carboxymuconolactone decarboxylase  32.82 
 
 
393 aa  76.3  0.0000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.556905  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3125  carboxymuconolactone decarboxylase  33.86 
 
 
129 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2396  Carboxymuconolactone decarboxylase  46.75 
 
 
130 aa  76.3  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.938127  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5109  4-carboxymuconolactone decarboxylase  33.86 
 
 
129 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1679  4-carboxymuconolactone decarboxylase  32.82 
 
 
393 aa  75.5  0.0000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.412767  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0071  4-carboxymuconolactone decarboxylase  34.4 
 
 
128 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.499909  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0832  4-carboxymuconolactone decarboxylase  50 
 
 
126 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.190386  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0830  carboxymuconolactone decarboxylase  41.3 
 
 
126 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0939  carboxymuconolactone decarboxylase  41.3 
 
 
126 aa  75.5  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.947177  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1701  4-carboxymuconolactone decarboxylase  32.82 
 
 
393 aa  75.5  0.0000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0186237  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1021  4-carboxymuconolactone decarboxylase  38.94 
 
 
132 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0594936 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2361  hypothetical protein  52.75 
 
 
127 aa  75.5  0.0000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.850012 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1729  4-carboxymuconolactone decarboxylase  32.82 
 
 
393 aa  75.5  0.0000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5100  hypothetical protein  38.33 
 
 
128 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.696619  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>