More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1639 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008390  Bamb_1639  amino acid permease-associated region  100 
 
 
446 aa  882  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00236467  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3995  amino acid permease-associated region  95.52 
 
 
446 aa  798  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.140691  normal  0.543798 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3528  amino acid permease-associated region  95.74 
 
 
446 aa  800  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.802107 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4371  amino acid permease-associated region  95.52 
 
 
446 aa  798  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.670873  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2802  amino acid permease family protein  60.23 
 
 
443 aa  535  1e-151  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35860  amino acid permease  59.49 
 
 
434 aa  526  1e-148  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  3.32281e-08  decreased coverage  9.32686e-20 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2080  amino acid permease-associated region  53.97 
 
 
447 aa  488  1e-137  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.88578  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7480  amino acid permease-associated region  59.23 
 
 
454 aa  489  1e-137  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4556  amino acid permease-associated region  57.01 
 
 
441 aa  478  1e-133  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1544  putative amino acid permease  57.8 
 
 
440 aa  462  1e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.743395  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17740  amino acid ABC transporter permease  56.75 
 
 
440 aa  454  1e-126  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2587  amino acid permease-associated region  56.09 
 
 
440 aa  450  1e-125  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.250393 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0060  amino acid permease-associated region  53.47 
 
 
440 aa  424  1e-117  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2029  amino acid permease family protein  49.19 
 
 
442 aa  409  1e-113  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3246  putative amino acid permease  46.15 
 
 
456 aa  402  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38130  putative amino acid permease  45.91 
 
 
456 aa  399  1e-110  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00291045 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1271  amino acid permease-associated region  43.68 
 
 
449 aa  386  1e-106  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.633139  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2069  amino acid permease-associated region  42.73 
 
 
456 aa  382  1e-105  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1760  amino acid permease-associated region  43.86 
 
 
456 aa  379  1e-104  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2033  amino acid permease-associated region  43.27 
 
 
459 aa  380  1e-104  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1550  amino acid permease-associated region  44.16 
 
 
462 aa  379  1e-104  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.29371  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3983  amino acid permease-associated region  43.76 
 
 
450 aa  375  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1826  amino acid permease  43.09 
 
 
461 aa  377  1e-103  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0234215 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2329  amino acid permease-associated region  43.09 
 
 
461 aa  377  1e-103  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01273  putrescine importer  42.63 
 
 
461 aa  375  1e-103  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1411  amino acid permease  42.63 
 
 
461 aa  375  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01284  hypothetical protein  42.63 
 
 
461 aa  375  1e-103  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1938  amino acid permease  42.86 
 
 
461 aa  376  1e-103  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.173953 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4189  amino acid permease-associated region  43.91 
 
 
450 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.121323  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1505  amino acid permease  42.63 
 
 
461 aa  375  1e-102  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2350  amino acid permease-associated region  42.86 
 
 
461 aa  373  1e-102  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1229  amino acid ABC transporter permease  43.54 
 
 
450 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.674288 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1258  amino acid permease-associated region  43.54 
 
 
450 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.101609  normal  0.957729 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3215  amino acid permease-associated region  42.24 
 
 
455 aa  370  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.52961  normal  0.0246251 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1532  amino acid permease  42.86 
 
 
461 aa  370  1e-101  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2517  amino acid permease-associated region  41.44 
 
 
463 aa  358  9e-98  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0624875  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2421  amino acid permease family protein  41.44 
 
 
463 aa  358  1e-97  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4081  amino acid permease  42.33 
 
 
443 aa  357  3e-97  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3082  amino acid permease  41.22 
 
 
463 aa  355  6e-97  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3634  amino acid permease-associated region  42.33 
 
 
443 aa  355  8e-97  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2628  amino acid permease-associated region  41.29 
 
 
453 aa  355  1e-96  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0615557  normal  0.778378 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0492  amino acid permease-associated region  42.33 
 
 
443 aa  354  2e-96  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0587  amino acid permease-associated region  42.79 
 
 
443 aa  353  2e-96  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3809  amino acid permease-associated region  42.69 
 
 
443 aa  353  3e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3458  amino acid permease-associated region  42.2 
 
 
443 aa  353  4e-96  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0530  amino acid permease-associated region  43.12 
 
 
443 aa  351  1e-95  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0535  amino acid permease-associated region  42.69 
 
 
443 aa  351  1e-95  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2212  amino acid permease-associated region  40.77 
 
 
453 aa  351  2e-95  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7548  amino acid transporter  44.22 
 
 
463 aa  348  1e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.219639 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0509  amino acid permease-associated region  42.47 
 
 
443 aa  348  1e-94  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0357  amino acid permease-associated region  42.09 
 
 
449 aa  345  9e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.183416  normal  0.510995 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5732  amino acid permease-associated region  41.93 
 
 
462 aa  345  9e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6096  amino acid permease-associated region  41.93 
 
 
462 aa  345  9e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6579  amino acid permease-associated region  41.93 
 
 
462 aa  343  4e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0989749  decreased coverage  0.00384925 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2314  amino acid permease-associated region  39.64 
 
 
453 aa  341  2e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1218  amino acid permease  39.64 
 
 
452 aa  335  8e-91  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2152  amino acid permease  39.64 
 
 
452 aa  335  8e-91  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01903  hypothetical protein  39.64 
 
 
452 aa  335  8e-91  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2305  amino acid permease  39.64 
 
 
452 aa  335  8e-91  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2947  amino acid permease  39.64 
 
 
452 aa  335  8e-91  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.685998  hitchhiker  1.77755e-10 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1045  amino acid permease  39.64 
 
 
452 aa  335  8e-91  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0835245 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1643  amino acid permease-associated region  39.64 
 
 
452 aa  335  8e-91  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.121061  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01917  predicted amino-acid transporter  39.64 
 
 
452 aa  335  8e-91  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1626  amino acid permease-associated region  39.64 
 
 
452 aa  335  8e-91  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.287278 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2246  amino acid permease  39.64 
 
 
452 aa  335  9e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.282071 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2295  amino acid permease  39.64 
 
 
452 aa  335  9e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0751676 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2405  amino acid permease  39.64 
 
 
452 aa  335  9e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0506799 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2293  amino acid permease  39.64 
 
 
452 aa  335  9e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.05629 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2192  amino acid permease  39.64 
 
 
452 aa  335  9e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.298897  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5856  amino acid permease-associated region  43.51 
 
 
463 aa  330  3e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4749  amino acid permease-associated region  41.22 
 
 
457 aa  329  6e-89  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4455  amino acid permease-associated region  41.22 
 
 
457 aa  329  6e-89  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.103538  normal  0.0381095 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6094  amino acid permease-associated region  43.58 
 
 
463 aa  329  6e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679218  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4368  amino acid permease-associated region  41.22 
 
 
457 aa  329  6e-89  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0415  putative transporter  42.16 
 
 
464 aa  327  3e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.824759  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04210  putative transporter  42.38 
 
 
464 aa  325  1e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6016  amino acid permease-associated region  41.32 
 
 
463 aa  322  1e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.838168  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3252  amino acid permease-associated region  41 
 
 
464 aa  307  2e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.719385  normal  0.223004 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2573  amino acid permease-associated region  40.27 
 
 
457 aa  302  8e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3130  amino acid permease-associated region  39.95 
 
 
460 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2586  amino acid ABC transporter permease  40.32 
 
 
470 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.163018  normal  0.86735 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0413  amino acid permease-associated region  35.59 
 
 
454 aa  270  5e-71  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72710  putative transporter  36.88 
 
 
449 aa  265  1e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6311  putative transporter  35.81 
 
 
449 aa  261  3e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2164  amino acid permease-associated region  32.52 
 
 
455 aa  260  4e-68  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2055  amino acid permease-associated region  35.52 
 
 
449 aa  249  8e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3016  amino acid transporter  33.26 
 
 
462 aa  239  7e-62  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0154714 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0116  amino acid transporter  32.72 
 
 
443 aa  238  2e-61  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0187  amino acid permease-associated region  32.95 
 
 
466 aa  229  7e-59  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.20058  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23470  amino acid transporter  32.38 
 
 
465 aa  219  8e-56  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00108461  hitchhiker  9.06997e-06 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2324  putative transporter  33.33 
 
 
468 aa  208  1e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1476  amino acid transporter  31.63 
 
 
447 aa  207  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.202307  normal  0.161402 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1513  amino acid transporter  31.63 
 
 
447 aa  207  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.490527  hitchhiker  1.24915e-08 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1792  amino acid transporter  31.63 
 
 
447 aa  206  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000593149  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1492  amino acid transporter  31.4 
 
 
447 aa  203  5e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.488484  hitchhiker  1.68224e-14 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6959  amino acid permease-associated region  31.24 
 
 
473 aa  202  8e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.576881  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1963  amino acid transporter  31.16 
 
 
447 aa  202  1e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.041678  hitchhiker  7.65672e-09 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6300  amino acid permease-associated region  31.22 
 
 
473 aa  200  4e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.819384 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1529  amino acid permease-associated region  31.22 
 
 
473 aa  200  4e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.327796  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02208  amino acid transporter  34.02 
 
 
460 aa  194  2e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.411846  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>