More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1507 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_1507  ribokinase  100 
 
 		 308 aa  589  1e-167  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1526  ribokinase  98.7 
 
 		 308 aa  580  1e-164  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.395922  normal  0.909431 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4749  ribokinase  91.86 
 
 		 309 aa  540  1e-153  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1587  ribokinase  91.56 
 
 		 311 aa  519  1e-146  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.338475  normal  0.646425 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1130  ribokinase  91.88 
 
 		 311 aa  520  1e-146  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1610  ribokinase  91.88 
 
 		 311 aa  520  1e-146  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.231434  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1627  ribokinase  89.38 
 
 		 310 aa  456  1e-127  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2471  ribokinase  80.97 
 
 		 297 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1233  ribokinase  75.59 
 
 		 309 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.567948  normal  0.0906963 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1871  ribokinase  82 
 
 		 324 aa  397  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.215166  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1858  ribokinase  81.67 
 
 		 324 aa  394  1e-109  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4160  ribokinase  64.26 
 
 		 310 aa  388  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0576  putative ribokinase  63.28 
 
 		 312 aa  380  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.588326 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2023  ribokinase  81.31 
 
 		 297 aa  376  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2155  carbohydrate kinase, PfkB  61.74 
 
 		 306 aa  345  5e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00604172  normal  0.881399 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1960  ribokinase  62.54 
 
 		 302 aa  343  1e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0122509  normal  0.0586965 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3342  ribokinase  60.61 
 
 		 308 aa  329  4e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.133779  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39280  ribokinase  59.06 
 
 		 308 aa  322  6e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145597  normal  0.325767 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1923  ribokinase  61.74 
 
 		 305 aa  319  3e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.254632  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2458  ribokinase  59.73 
 
 		 302 aa  318  7e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  59.73 
 
 		 302 aa  318  9e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3488  ribokinase  58.72 
 
 		 302 aa  317  2e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232463  normal  0.188896 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2371  ribokinase  62.75 
 
 		 306 aa  315  5e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0559074  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0943  ribokinase  59.47 
 
 		 321 aa  301  7.000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.826251  normal  0.172047 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1013  putative ribokinase protein  56.72 
 
 		 315 aa  295  5e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.340196  normal  0.195927 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0878  ribokinase  56.67 
 
 		 321 aa  290  3e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0605401  normal  0.165576 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1343  ribokinase  53.02 
 
 		 309 aa  256  4e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1383  ribokinase  53.02 
 
 		 309 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4640  ribokinase  50 
 
 		 305 aa  251  8.000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.162899  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7623  ribokinase  54.85 
 
 		 308 aa  246  4e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.921063  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3765  ribokinase  55.56 
 
 		 304 aa  242  7e-63  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0637373 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4591  ribokinase  51.9 
 
 		 295 aa  241  7.999999999999999e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0225  ribokinase  46.41 
 
 		 317 aa  240  2e-62  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5761  ribokinase  55.03 
 
 		 308 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6126  ribokinase  55.03 
 
 		 308 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.425434 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6608  ribokinase  54.7 
 
 		 308 aa  238  8e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.487327  normal  0.393887 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4200  ribokinase  51.51 
 
 		 326 aa  237  2e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1603  ribokinase  39.6 
 
 		 310 aa  236  5.0000000000000005e-61  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000677641  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0518  ribokinase  45.97 
 
 		 307 aa  236  5.0000000000000005e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1884  ribokinase  39.6 
 
 		 310 aa  234  2.0000000000000002e-60  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0118065  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3225  ribokinase  40.47 
 
 		 311 aa  233  3e-60  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.195342  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4209  ribokinase  46.49 
 
 		 308 aa  233  3e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.847437  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0008  ribokinase  46.49 
 
 		 308 aa  233  4.0000000000000004e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0252287  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0008  ribokinase  46.49 
 
 		 308 aa  233  4.0000000000000004e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000914124  normal  0.985734 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  44.9 
 
 		 308 aa  232  5e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1612  ribokinase family sugar kinase  40.33 
 
 		 340 aa  231  9e-60  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0874983  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1368  ribokinase  45.82 
 
 		 305 aa  231  1e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.176905  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1285  ribokinase  42.67 
 
 		 307 aa  230  2e-59  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000150833  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3280  ribokinase  52.01 
 
 		 305 aa  229  6e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3974  ribokinase  44.67 
 
 		 308 aa  224  1e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00187599  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2526  ribokinase  43.1 
 
 		 301 aa  224  2e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2909  ribokinase  50.51 
 
 		 302 aa  223  3e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0179509 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0007  ribokinase  44.82 
 
 		 306 aa  223  4e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.328015  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4171  ribokinase  45.67 
 
 		 310 aa  220  3e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000241058  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1312  ribokinase  45.85 
 
 		 299 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0162  ribokinase  39.26 
 
 		 309 aa  218  8.999999999999998e-56  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4897  ribokinase  44.23 
 
 		 318 aa  218  1e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00647815  hitchhiker  0.000000886041 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2100  ribokinase  40.92 
 
 		 307 aa  217  2e-55  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  42.95 
 
 		 299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4097  ribokinase  46.67 
 
 		 309 aa  216  5e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3477  ribokinase  44.85 
 
 		 303 aa  216  5e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4277  ribokinase  46.67 
 
 		 309 aa  216  5.9999999999999996e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.136431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4218  ribokinase  46.67 
 
 		 309 aa  216  5.9999999999999996e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.980767 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4168  ribokinase  46.67 
 
 		 309 aa  216  5.9999999999999996e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06142  ribokinase  43.48 
 
 		 305 aa  214  9.999999999999999e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000338  ribokinase  43.81 
 
 		 305 aa  214  9.999999999999999e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4112  ribokinase  46.33 
 
 		 309 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4234  ribokinase  44.48 
 
 		 308 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000102528  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2837  ribokinase  45.7 
 
 		 302 aa  212  4.9999999999999996e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4112  ribokinase  46.08 
 
 		 314 aa  212  7e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.137764  normal  0.0163752 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04580  Ribokinase  38.08 
 
 		 306 aa  212  7.999999999999999e-54  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0556  ribokinase family sugar kinase  35.81 
 
 		 308 aa  211  1e-53  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.987541  hitchhiker  0.0000000000000234776 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03638  ribokinase  45.18 
 
 		 309 aa  210  2e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00223583  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3968  ribokinase  45.18 
 
 		 309 aa  210  2e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112559  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5188  ribokinase  45.18 
 
 		 314 aa  210  2e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.034479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4120  ribokinase  45.18 
 
 		 314 aa  211  2e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.444588  normal  0.199768 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4167  ribokinase  45.18 
 
 		 309 aa  210  2e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.895072  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4242  ribokinase  45.18 
 
 		 309 aa  210  2e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00710658 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4268  ribokinase  45.18 
 
 		 309 aa  210  2e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00050994  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03583  hypothetical protein  45.18 
 
 		 309 aa  210  2e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00147711  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3307  ribokinase  43.85 
 
 		 303 aa  210  3e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0646  ribokinase  43.85 
 
 		 303 aa  210  3e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.497411 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0354  ribokinase  46.15 
 
 		 308 aa  209  5e-53  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4524  ribokinase  44.15 
 
 		 308 aa  209  6e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00216955  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4215  ribokinase  44.85 
 
 		 309 aa  208  1e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0259  ribokinase  39.87 
 
 		 304 aa  207  1e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0253  ribokinase  39.87 
 
 		 304 aa  207  1e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0404  ribokinase  40.07 
 
 		 307 aa  207  1e-52  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000422627  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2297  ribokinase  42.67 
 
 		 309 aa  207  2e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0434925  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0691  ribokinase family sugar kinase  42.52 
 
 		 303 aa  206  4e-52  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00280887  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1980  ribokinase  44.33 
 
 		 302 aa  205  8e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2120  PfkB domain protein  37.37 
 
 		 290 aa  205  1e-51  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3631  ribokinase  39.6 
 
 		 304 aa  204  1e-51  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3350  hypothetical protein  44.3 
 
 		 315 aa  204  2e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.373497 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0865  ribokinase  38.7 
 
 		 305 aa  201  9e-51  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.657252 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2689  ribokinase  37.39 
 
 		 345 aa  201  9e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4074  ribokinase  38.05 
 
 		 306 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.532803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4124  ribokinase  38.05 
 
 		 306 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4003  ribokinase  38.05 
 
 		 306 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4019  ribokinase  38.05 
 
 		 306 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>