More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1503 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008390  Bamb_1503  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 
316 aa  635    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.137642  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  99.37 
 
 
316 aa  628  1e-179  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.39428  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4745  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  97.47 
 
 
316 aa  590  1e-167  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.193376  normal  0.645584 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1583  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  96.84 
 
 
316 aa  585  1e-166  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0401008  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1126  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  96.84 
 
 
316 aa  585  1e-166  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.217978  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1606  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  96.84 
 
 
316 aa  585  1e-166  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.099451  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1631  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  95.89 
 
 
316 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.817449  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2475  binding protein component precursor of ABC ribose transporter  93.13 
 
 
320 aa  549  1e-155  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2019  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  92.1 
 
 
320 aa  544  1e-154  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.395211  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1853  putative ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  92.1 
 
 
320 aa  544  1e-154  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1866  putative ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  92.1 
 
 
376 aa  544  1e-154  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1997  ABC ribose transporter, periplasmic ligand binding protein  84.69 
 
 
320 aa  535  1e-151  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.192656  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1237  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  84.28 
 
 
318 aa  534  1e-151  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0190495  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2263  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  85.62 
 
 
320 aa  531  1e-150  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0573  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  79.23 
 
 
321 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4157  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  82 
 
 
321 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.645067 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2367  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  74.53 
 
 
319 aa  474  1e-133  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.107926  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3346  ribose ABC transporter periplasmic binding protein  72.24 
 
 
337 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.694286  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39350  binding protein component precursor of ABC ribose transporter  72.87 
 
 
319 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.743894 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2151  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  73.9 
 
 
319 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.144836  normal  0.707296 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1919  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  72.01 
 
 
318 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.186495  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1956  monosaccharide-transporting ATPase  71.92 
 
 
318 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0141518 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0882  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  70.7 
 
 
319 aa  444  1e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.577745  normal  0.335079 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0947  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  70.38 
 
 
319 aa  442  1e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.103002  normal  0.0230828 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2454  monosaccharide-transporting ATPase  68.77 
 
 
319 aa  430  1e-119  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1017  sugar-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  66.88 
 
 
319 aa  431  1e-119  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.353153  normal  0.189775 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3492  monosaccharide-transporting ATPase  68.77 
 
 
319 aa  428  1e-119  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.324039 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3236  monosaccharide-transporting ATPase  68.77 
 
 
319 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.271334  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4636  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  68.59 
 
 
318 aa  398  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2133  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  63.58 
 
 
320 aa  398  9.999999999999999e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4196  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  70.16 
 
 
318 aa  394  1e-109  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4132  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  57.39 
 
 
329 aa  349  3e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0558  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  54.9 
 
 
331 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2204  monosaccharide-transporting ATPase  44.65 
 
 
335 aa  269  4e-71  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00482964  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2807  monosaccharide-transporting ATPase  43.55 
 
 
326 aa  263  2e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4334  Monosaccharide-transporting ATPase  43.49 
 
 
327 aa  256  4e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.731249 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4597  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  42.86 
 
 
328 aa  251  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0491755 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3087  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  42.21 
 
 
343 aa  235  8e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.154884  normal  0.401469 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0767  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  37.63 
 
 
312 aa  180  2e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000173406  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1110  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  39.46 
 
 
334 aa  165  1.0000000000000001e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.963711  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3044  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.53 
 
 
330 aa  136  4e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0273  RbsB protein  29.8 
 
 
364 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0039  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.48 
 
 
320 aa  128  2.0000000000000002e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2906  Monosaccharide-transporting ATPase  31.16 
 
 
308 aa  127  3e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0655902 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4525  D-ribose transporter subunit RbsB  32.66 
 
 
295 aa  126  6e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00203677  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.58 
 
 
316 aa  125  8.000000000000001e-28  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4235  D-ribose transporter subunit RbsB  32.66 
 
 
295 aa  125  8.000000000000001e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000930744  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3001  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.56 
 
 
343 aa  125  9e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03637  D-ribose transporter subunit  31.99 
 
 
296 aa  124  2e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00458293  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5187  D-ribose transporter subunit RbsB  31.99 
 
 
296 aa  124  2e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4243  D-ribose transporter subunit RbsB  31.99 
 
 
296 aa  124  2e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00260164 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4267  D-ribose transporter subunit RbsB  31.99 
 
 
294 aa  124  2e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00505283  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4119  D-ribose transporter subunit RbsB  31.99 
 
 
296 aa  124  2e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.161287 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2026  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.7 
 
 
320 aa  124  2e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3967  D-ribose transporter subunit RbsB  31.99 
 
 
294 aa  124  2e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.56483  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03582  hypothetical protein  31.99 
 
 
296 aa  124  2e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00518541  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03960  D-allose transporter subunit  33.46 
 
 
311 aa  123  3e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3903  Monosaccharide-transporting ATPase  33.46 
 
 
311 aa  124  3e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3938  D-allose transporter subunit  33.46 
 
 
311 aa  123  3e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03920  hypothetical protein  33.46 
 
 
311 aa  123  3e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4554  D-allose transporter subunit  33.46 
 
 
313 aa  124  3e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4898  D-ribose transporter subunit RbsB  30.72 
 
 
296 aa  124  3e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00612951  hitchhiker  0.000000869292 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4217  D-ribose transporter subunit RbsB  31.99 
 
 
296 aa  123  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  normal  0.765182 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4111  D-ribose transporter subunit RbsB  31.99 
 
 
296 aa  123  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.817672  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4096  D-ribose transporter subunit RbsB  31.99 
 
 
296 aa  123  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4167  D-ribose transporter subunit RbsB  31.99 
 
 
296 aa  123  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4216  Monosaccharide-transporting ATPase  31.99 
 
 
296 aa  123  5e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4113  D-ribose transporter subunit RbsB  31.46 
 
 
296 aa  122  9e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.114782  normal  0.0406773 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4276  D-ribose transporter subunit RbsB  31.65 
 
 
296 aa  121  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3975  D-ribose transporter subunit RbsB  30.77 
 
 
296 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0740173  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.73 
 
 
315 aa  117  3e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  31.58 
 
 
295 aa  117  3e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7364  ABC transporter substrate binding protein  28.98 
 
 
316 aa  116  3.9999999999999997e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.180283  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4172  D-ribose transporter subunit RbsB  30.3 
 
 
296 aa  116  5e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000287299  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  31.15 
 
 
307 aa  116  5e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3328  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.08 
 
 
311 aa  114  3e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4136  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.28 
 
 
322 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  29.72 
 
 
289 aa  113  4.0000000000000004e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06143  D-ribose transporter subunit RbsB  28.25 
 
 
292 aa  113  5e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0008  D-ribose transporter subunit RbsB  28.62 
 
 
294 aa  112  7.000000000000001e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3164  Monosaccharide-transporting ATPase  32.64 
 
 
310 aa  112  9e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000339  ribose ABC transport system ribose-binding protein RbsB  28.57 
 
 
292 aa  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3621  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.27 
 
 
329 aa  110  4.0000000000000004e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4581  Monosaccharide-transporting ATPase  29.81 
 
 
334 aa  109  5e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.0000000000318793  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.18 
 
 
311 aa  109  7.000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5133  ABC transporter substrate binding protein (ribose)  29.07 
 
 
313 aa  108  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.533317  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0343  D-ribose transporter subunit RbsB  28.82 
 
 
292 aa  107  2e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2124  Monosaccharide-transporting ATPase  30.66 
 
 
316 aa  108  2e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2685  Monosaccharide-transporting ATPase  26.6 
 
 
306 aa  107  3e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.450778  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8257  periplasmic ribose-binding protein  32.07 
 
 
353 aa  105  9e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.01712 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3338  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.76 
 
 
312 aa  104  2e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.45 
 
 
321 aa  103  3e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3592  monosaccharide-transporting ATPase  29.51 
 
 
342 aa  102  6e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.986121 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2882  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.65 
 
 
354 aa  103  6e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.79248 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2902  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.16 
 
 
349 aa  102  6e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1369  D-ribose transporter subunit RbsB  29.62 
 
 
292 aa  102  7e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.470278  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2801  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.48 
 
 
310 aa  102  7e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0517  D-ribose transporter subunit RbsB  28.85 
 
 
299 aa  101  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0247  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.86 
 
 
348 aa  100  3e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.626925  normal  0.777752 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09540  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.62 
 
 
320 aa  100  3e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0566218  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>