More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1384 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 
310 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  98.39 
 
 
310 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  95.16 
 
 
322 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  94.17 
 
 
310 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  93.53 
 
 
310 aa  555  1e-157  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  93.53 
 
 
310 aa  555  1e-157  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  92.88 
 
 
310 aa  550  1e-155  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  82.79 
 
 
311 aa  499  1e-140  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  85.67 
 
 
311 aa  494  1e-139  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  85.67 
 
 
321 aa  495  1e-139  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  85.02 
 
 
311 aa  494  1e-139  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  85.67 
 
 
321 aa  495  1e-139  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  82.68 
 
 
311 aa  495  1e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  86 
 
 
302 aa  484  1e-136  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  86.33 
 
 
302 aa  486  1e-136  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  86.33 
 
 
302 aa  486  1e-136  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  80.07 
 
 
309 aa  484  1e-136  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  86.33 
 
 
302 aa  486  1e-136  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  67.74 
 
 
314 aa  387  1e-106  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  67.73 
 
 
315 aa  387  1e-106  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  67.3 
 
 
314 aa  385  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  67.41 
 
 
318 aa  374  1e-102  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  67.09 
 
 
318 aa  371  1e-102  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  61.33 
 
 
328 aa  320  3e-86  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  56.57 
 
 
299 aa  307  2.0000000000000002e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  54.67 
 
 
305 aa  302  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  55 
 
 
305 aa  302  5.000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3381  tRNA pseudouridine synthase B  58.79 
 
 
332 aa  301  1e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.092575  normal  0.759632 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  53.47 
 
 
304 aa  301  1e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  55.45 
 
 
305 aa  299  3e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  53.47 
 
 
304 aa  299  3e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  53.42 
 
 
306 aa  299  4e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2992  tRNA pseudouridine synthase B  58.44 
 
 
321 aa  299  5e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10878  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1091  tRNA pseudouridine synthase B  52.96 
 
 
303 aa  299  5e-80  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0150332  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1703  tRNA pseudouridine synthase B  54.72 
 
 
339 aa  298  7e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000149412 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  54.33 
 
 
305 aa  298  8e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1249  tRNA pseudouridine synthase B  58.31 
 
 
333 aa  296  2e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0328015  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2136  tRNA pseudouridine synthase B  56.25 
 
 
338 aa  296  2e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0388744  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  54 
 
 
305 aa  295  1e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  54 
 
 
305 aa  294  1e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  56.04 
 
 
298 aa  294  1e-78  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1225  tRNA pseudouridine synthase B  52.63 
 
 
302 aa  293  3e-78  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.886706  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2009  tRNA pseudouridine synthase B  53.67 
 
 
347 aa  291  1e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.845229  normal  0.607065 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2428  tRNA pseudouridine synthase B  53.35 
 
 
337 aa  289  5.0000000000000004e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36134  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1919  pseudouridylate synthase  55.26 
 
 
345 aa  288  9e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0760202 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  53 
 
 
305 aa  288  1e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2559  tRNA pseudouridine synthase B  58.63 
 
 
333 aa  284  1.0000000000000001e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0116383 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  53.2 
 
 
307 aa  283  2.0000000000000002e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1862  tRNA pseudouridine synthase B  50.33 
 
 
313 aa  281  1e-74  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.552372  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2750  tRNA pseudouridine synthase B  54.18 
 
 
318 aa  273  3e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2747  tRNA pseudouridine synthase B  54.19 
 
 
331 aa  268  8e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0741734  normal  0.187539 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3387  tRNA pseudouridine synthase B  44.73 
 
 
321 aa  267  2e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00448784 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  50.33 
 
 
302 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0600  tRNA pseudouridine synthase B  45.78 
 
 
318 aa  266  4e-70  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1697  tRNA pseudouridine synthase B  47.88 
 
 
317 aa  265  7e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  47.3 
 
 
324 aa  263  3e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  56.32 
 
 
307 aa  263  3e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  47.3 
 
 
324 aa  263  3e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  47.3 
 
 
324 aa  263  3e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1029  tRNA pseudouridine synthase B  48.34 
 
 
308 aa  261  1e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0136597  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3559  tRNA pseudouridine synthase B  44.92 
 
 
317 aa  260  2e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000961174 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0823  tRNA pseudouridine synthase B  46.41 
 
 
308 aa  259  3e-68  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.939729  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0963  tRNA pseudouridine synthase B  45.31 
 
 
315 aa  259  4e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0397132  normal  0.0378785 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3058  tRNA pseudouridine synthase B  44.92 
 
 
315 aa  258  8e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.538597  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2825  tRNA pseudouridine synthase B  46.77 
 
 
315 aa  258  9e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.791691  hitchhiker  0.00423146 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0992  tRNA pseudouridine synthase B  45.37 
 
 
317 aa  258  9e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.358844  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2832  tRNA pseudouridine synthase B  45.69 
 
 
318 aa  258  1e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.478015  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01762  tRNA pseudouridine synthase B  46.31 
 
 
323 aa  258  1e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0258018  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0176  tRNA pseudouridine synthase B  47.54 
 
 
312 aa  257  2e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.721931  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  52.79 
 
 
308 aa  256  2e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3463  tRNA pseudouridine synthase B  47.59 
 
 
318 aa  256  3e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1093  tRNA pseudouridine synthase B  45.57 
 
 
317 aa  256  3e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0247742 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03394  tRNA pseudouridine synthase B  46.91 
 
 
314 aa  256  4e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0819  tRNA pseudouridine synthase B  44.88 
 
 
310 aa  255  6e-67  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0113178 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1130  tRNA pseudouridine synthase B  45.43 
 
 
321 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0346458  unclonable  0.00000000000626709 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1028  tRNA pseudouridine synthase B  45.31 
 
 
317 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000142961 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3344  tRNA pseudouridine synthase B  46.79 
 
 
318 aa  254  1.0000000000000001e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  48.51 
 
 
307 aa  253  2.0000000000000002e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2205  tRNA pseudouridine synthase B  45.83 
 
 
318 aa  253  3e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.344514  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3415  tRNA pseudouridine synthase B  45.11 
 
 
321 aa  253  3e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.630967  hitchhiker  0.000684703 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3278  tRNA pseudouridine synthase B  45.11 
 
 
321 aa  253  3e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.922634  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002611  tRNA pseudouridine synthase B  46.41 
 
 
317 aa  253  4.0000000000000004e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3237  tRNA pseudouridine synthase B  44.76 
 
 
321 aa  252  5.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  46.52 
 
 
314 aa  252  6e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1009  tRNA pseudouridine synthase B  44.55 
 
 
317 aa  251  8.000000000000001e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  46.41 
 
 
313 aa  251  1e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1032  tRNA pseudouridine synthase B  45.31 
 
 
317 aa  251  1e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.358719  hitchhiker  0.0000301922 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0565  tRNA pseudouridine synthase B  45.95 
 
 
309 aa  250  2e-65  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3605  tRNA pseudouridine synthase B  45.25 
 
 
314 aa  250  2e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1598  tRNA pseudouridine synthase B  45.95 
 
 
309 aa  249  5e-65  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00177839  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  48.21 
 
 
308 aa  248  7e-65  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03033  tRNA pseudouridine synthase B  44.94 
 
 
314 aa  247  1e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.975802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0539  tRNA pseudouridine synthase B  44.94 
 
 
314 aa  247  1e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0532  tRNA pseudouridine synthase B  44.94 
 
 
314 aa  247  1e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000405191 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02984  hypothetical protein  44.94 
 
 
314 aa  247  1e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0587  tRNA pseudouridine synthase B  45.51 
 
 
314 aa  247  1e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1125  tRNA pseudouridine synthase B  46.46 
 
 
303 aa  248  1e-64  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3358  tRNA pseudouridine synthase B  44.94 
 
 
314 aa  247  1e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.928747  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3462  tRNA pseudouridine synthase B  44.94 
 
 
314 aa  247  1e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.266438 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0810  tRNA pseudouridine synthase B  45.66 
 
 
314 aa  247  2e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.384443  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>