More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1355 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008390  Bamb_1355  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
301 aa  588  1e-167  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1395  LysR family transcriptional regulator  98.34 
 
 
301 aa  579  1e-164  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.465042  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  91.67 
 
 
302 aa  535  1e-151  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  91.67 
 
 
302 aa  535  1e-151  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  91.67 
 
 
302 aa  535  1e-151  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  78.11 
 
 
301 aa  461  1e-129  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  78.11 
 
 
301 aa  461  1e-129  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  78.11 
 
 
301 aa  461  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  78.11 
 
 
333 aa  462  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  78.11 
 
 
301 aa  461  1e-129  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  78.11 
 
 
301 aa  462  1e-129  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  77.1 
 
 
555 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  65.42 
 
 
304 aa  377  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  49.33 
 
 
303 aa  281  7.000000000000001e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  48.59 
 
 
314 aa  257  2e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  45.74 
 
 
298 aa  249  5e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  41.86 
 
 
306 aa  248  9e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  44.83 
 
 
298 aa  248  1e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  44.86 
 
 
298 aa  248  1e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  48.6 
 
 
302 aa  247  1e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  43.6 
 
 
309 aa  243  3.9999999999999997e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  43.6 
 
 
306 aa  242  6e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  43.75 
 
 
305 aa  241  1e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  45.33 
 
 
310 aa  229  3e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 
307 aa  229  4e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 
307 aa  229  4e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 
307 aa  229  5e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1437  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  43.1 
 
 
293 aa  228  8e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  41.86 
 
 
300 aa  226  4e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  41.86 
 
 
300 aa  226  4e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  41.86 
 
 
300 aa  226  4e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  41.86 
 
 
300 aa  226  4e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  44.98 
 
 
310 aa  226  4e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  42.19 
 
 
327 aa  226  4e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  41.86 
 
 
300 aa  226  4e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  41.53 
 
 
301 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  44.6 
 
 
304 aa  226  5.0000000000000005e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  41.86 
 
 
327 aa  225  6e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  41.86 
 
 
327 aa  225  6e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  44.6 
 
 
304 aa  225  8e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  41.53 
 
 
301 aa  225  9e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  41.53 
 
 
301 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  42.17 
 
 
313 aa  224  1e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  41.53 
 
 
301 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  41.53 
 
 
301 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  42.49 
 
 
313 aa  223  2e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 
300 aa  223  2e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  42.23 
 
 
299 aa  224  2e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  41.06 
 
 
307 aa  224  2e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  42.28 
 
 
295 aa  223  3e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 
296 aa  223  3e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 
300 aa  223  3e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  41.24 
 
 
300 aa  223  4e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 
301 aa  222  6e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 
313 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 
302 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4216  transcriptional regulator, LysR family  43.84 
 
 
337 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
301 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  41.44 
 
 
335 aa  219  3e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  41.92 
 
 
308 aa  219  3.9999999999999997e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  42.24 
 
 
313 aa  218  7e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 
298 aa  218  8.999999999999998e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6018  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 
300 aa  218  1e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0915  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  37.33 
 
 
311 aa  218  1e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000622  transcriptional regulator  39.53 
 
 
311 aa  217  2e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3187  LysR family transcriptional regulator  43.4 
 
 
307 aa  216  2.9999999999999998e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0246  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
308 aa  216  2.9999999999999998e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  38.01 
 
 
302 aa  216  4e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 
297 aa  216  4e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 
297 aa  216  5e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  43.85 
 
 
299 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  43.85 
 
 
299 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 
294 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  42.5 
 
 
313 aa  215  7e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 
298 aa  215  9e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 
300 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 
305 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 
305 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.86 
 
 
304 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 
305 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  43.21 
 
 
311 aa  214  9.999999999999999e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  43.52 
 
 
299 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 
303 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6302  LysR family transcriptional regulator  43.79 
 
 
316 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1777  LysR family transcriptional regulator  43.79 
 
 
316 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1802  LysR family transcriptional regulator  43.45 
 
 
316 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0497764  normal  0.412734 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  42.33 
 
 
324 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  38.01 
 
 
307 aa  213  2.9999999999999995e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  43.43 
 
 
399 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1234  transcriptional regulator, LysR family  38.94 
 
 
309 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.628194 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1300  transcriptional regulator, LysR family  38.94 
 
 
309 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0123787  normal  0.196397 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0254  LysR family transcriptional regulator  45.04 
 
 
296 aa  212  4.9999999999999996e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.193331  normal  0.129991 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 
294 aa  212  7e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 
294 aa  212  7e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0413  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 
341 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.179367 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 
305 aa  211  9e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06494  transcriptional regulator  38.01 
 
 
301 aa  210  2e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  43.79 
 
 
299 aa  211  2e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  41.86 
 
 
296 aa  210  3e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1860  transcriptional regulator, LysR family  43.36 
 
 
318 aa  210  3e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00131217  normal  0.14029 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>