More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_0887 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_0887  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 258 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0899  GntR family transcriptional regulator  99.12 
 
 		 226 aa  441  1e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.742389  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0544  GntR family transcriptional regulator  88.5 
 
 		 226 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.314121  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1023  GntR family transcriptional regulator  88.5 
 
 		 226 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0982  GntR family transcriptional regulator  88.5 
 
 		 226 aa  355  2.9999999999999997e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0526617 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4135  GntR family transcriptional regulator  87.61 
 
 		 226 aa  348  6e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2372  GntR family transcriptional regulator  87.17 
 
 		 226 aa  327  9e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.126259  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3038  transcriptional regulator, GntR family  60.62 
 
 		 226 aa  276  3e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.340421  normal  0.0334024 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0500  transcriptional regulator, GntR family  47.34 
 
 		 240 aa  196  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.162166  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0513  transcriptional regulator, GntR family  47.34 
 
 		 238 aa  196  3e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332909  normal  0.319587 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1929  GntR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 249 aa  196  3e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5037  GntR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 216 aa  182  7e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.641243  hitchhiker  0.00313463 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5344  transcriptional regulator, GntR family  47.85 
 
 		 216 aa  168  7e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.227261  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 227 aa  167  2e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0625  transcriptional regulator, GntR family  41.43 
 
 		 223 aa  154  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.699085  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3906  GntR family transcriptional regulator  41.26 
 
 		 244 aa  152  7e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.756884  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3450  transcriptional regulator, GntR family  39.91 
 
 		 231 aa  152  8e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.101357  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 225 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1795  GntR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 231 aa  116  3e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1728  GntR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 231 aa  116  3e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.414703  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3327  GntR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 250 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.545906  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  30.92 
 
 		 228 aa  112  4.0000000000000004e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1109  GntR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 215 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8055  transcriptional regulator, GntR family  34.01 
 
 		 250 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2118  GntR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 233 aa  110  3e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.654279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 230 aa  109  5e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0786  GntR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 253 aa  108  8.000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.000452632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3756  GntR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 243 aa  106  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.435924  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  31.12 
 
 		 226 aa  104  1e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3761  GntR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 247 aa  105  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3029  GntR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 233 aa  104  2e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2899  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 241 aa  104  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.527875  normal  0.0122308 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 235 aa  103  2e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3658  GntR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 245 aa  103  4e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 229 aa  102  8e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  35.05 
 
 		 237 aa  101  1e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0479  transcriptional regulator, GntR family  34.43 
 
 		 265 aa  100  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  32.51 
 
 		 233 aa  99.4  5e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0795  GntR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 232 aa  98.6  9e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5572  GntR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 244 aa  97.4  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3844  GntR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 260 aa  97.1  3e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0591762 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6102  transcriptional regulator GntR family  29.28 
 
 		 229 aa  96.7  3e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 231 aa  96.3  5e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1711  GntR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 255 aa  95.5  7e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.950871  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 232 aa  95.1  9e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 235 aa  94.7  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  26.09 
 
 		 231 aa  95.1  1e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  29.38 
 
 		 231 aa  94.4  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8046  transcriptional regulator, GntR family  30.48 
 
 		 224 aa  94.4  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.529008  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0046  regulatory protein GntR, HTH  32.28 
 
 		 247 aa  94  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5826  GntR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 254 aa  93.6  3e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000644703 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 230 aa  93.2  4e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 240 aa  92.8  5e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 235 aa  92.4  7e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3723  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 216 aa  92.4  7e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.504621 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5269  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 235 aa  92  8e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.590842  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3249  GntR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 215 aa  92  9e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 230 aa  92  9e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 234 aa  91.7  1e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 229 aa  91.7  1e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3224  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 254 aa  91.3  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3321  GntR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 230 aa  91.3  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.216307  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4266  transcriptional regulator, GntR family  32.45 
 
 		 239 aa  90.9  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 228 aa  90.5  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0106  transcriptional regulator, GntR family  32.84 
 
 		 225 aa  90.1  3e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0518218  normal  0.0388223 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2350  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 242 aa  90.1  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2587  transcriptional regulator, GntR family  29.85 
 
 		 225 aa  90.5  3e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0496  transcriptional regulator, GntR family  32.62 
 
 		 218 aa  90.1  3e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.50739  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  33.71 
 
 		 225 aa  90.5  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  31.8 
 
 		 223 aa  90.1  3e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3731  GntR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 229 aa  89.7  4e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2016  GntR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 230 aa  89.7  4e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0125173 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  31.1 
 
 		 239 aa  89.7  4e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5741  GntR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 228 aa  89.4  5e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0911809  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2360  GntR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 247 aa  89.4  5e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.68775 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 229 aa  88.6  8e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2107  GntR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 244 aa  88.6  9e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0604546  normal  0.665186 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1861  GntR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 264 aa  88.6  9e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1021  GntR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 231 aa  88.6  9e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.698861  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3619  GntR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 239 aa  88.2  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00335274  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  27.54 
 
 		 229 aa  87.8  1e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4198  GntR domain protein  31.28 
 
 		 212 aa  88.2  1e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.241008  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2242  GntR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 229 aa  87.8  1e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.638324  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  27.54 
 
 		 229 aa  88.2  1e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1449  transcriptional regulator, GntR family  33.16 
 
 		 220 aa  87.4  2e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1831  transcriptional regulator, GntR family  27.88 
 
 		 239 aa  87  2e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.185738  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0568  GntR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 396 aa  87.4  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4656  transcriptional regulator, GntR family  30.81 
 
 		 237 aa  87.4  2e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.741615 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  35.33 
 
 		 223 aa  86.7  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0723  GntR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 243 aa  87  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.214964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0891  GntR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 231 aa  86.7  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.881973  normal  0.345535 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3159  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 223 aa  86.3  4e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 227 aa  86.3  4e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3706  GntR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 223 aa  86.3  4e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2211  transcriptional regulator, GntR family  32.56 
 
 		 222 aa  86.3  5e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0153172  decreased coverage  0.00038585 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3629  GntR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 246 aa  86.3  5e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4416  GntR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 217 aa  86.3  5e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3094  transcriptional regulator, GntR family  30.56 
 
 		 233 aa  86.3  5e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00936803  normal  0.247599 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5067  GntR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 226 aa  85.9  6e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.722709 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1896  transcriptional regulator, GntR family  32.69 
 
 		 204 aa  85.9  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.280079  normal  0.637354 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>