More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_0866 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007510  Bcep18194_A4114  DNA polymerase III, epsilon subunit  91.44 
 
 
378 aa  649    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000182264  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0966  DNA polymerase III, epsilon subunit  90.13 
 
 
375 aa  678    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000153068  normal  0.250599 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0528  DNA polymerase III, epsilon subunit  90.13 
 
 
375 aa  678    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000485007  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0878  DNA polymerase III, epsilon subunit  98.93 
 
 
375 aa  744    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.628504  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0866  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 
375 aa  753    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000243712  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1006  DNA polymerase III, epsilon subunit  90.13 
 
 
375 aa  678    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000140116  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2392  DNA polymerase III, epsilon subunit  88.5 
 
 
398 aa  632  1e-180  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1595  DNA polymerase/helicase  72.56 
 
 
379 aa  528  1e-149  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000700691  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0914  DNA polymerase III, epsilon subunit  69.27 
 
 
395 aa  519  1e-146  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0677  DNA polymerase III, epsilon subunit  68.55 
 
 
392 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.566846  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3040  DNA polymerase/helicase  73.53 
 
 
381 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000476773  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3006  exonuclease DNA polymerase III subunit epsilon  73.53 
 
 
381 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00547496  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2940  exonuclease DNA polymerase III subunit epsilon  73.73 
 
 
381 aa  513  1e-144  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000000147558  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3077  DNA polymerase III, epsilon subunit  68.36 
 
 
383 aa  500  1e-140  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3922  DNA polymerase III subunit epsilon  57.51 
 
 
530 aa  328  7e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000050364  normal  0.710356 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3616  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.57 
 
 
530 aa  318  1e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00210343  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0827  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.43 
 
 
470 aa  281  2e-74  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.261841  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.64 
 
 
453 aa  279  5e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3956  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.9 
 
 
502 aa  259  7e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.323553  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1647  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.33 
 
 
466 aa  246  3e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.64 
 
 
463 aa  232  6e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.49 
 
 
462 aa  228  2e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2572  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.4 
 
 
476 aa  226  6e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378709  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1410  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.93 
 
 
481 aa  225  9e-58  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4015  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.1 
 
 
482 aa  218  2e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3451  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.47 
 
 
453 aa  170  4e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09513  probable DNA-directed DNA polymerase III (epsilon subunit)  37.13 
 
 
457 aa  169  1e-40  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1965  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.47 
 
 
459 aa  159  6e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.249813  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2656  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 
456 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.60887 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  37.2 
 
 
578 aa  152  1e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3243  hypothetical protein  37.13 
 
 
613 aa  150  5e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0119574  hitchhiker  0.000150553 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5498  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.22 
 
 
456 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.228182  decreased coverage  0.000256581 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.36 
 
 
565 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0076  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.9 
 
 
442 aa  147  2.0000000000000003e-34  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2984  hypothetical protein  38.52 
 
 
560 aa  145  1e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1680  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.39 
 
 
449 aa  145  1e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.420679  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.29 
 
 
595 aa  141  9.999999999999999e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3300  hypothetical protein  37.93 
 
 
630 aa  140  3e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.906388  normal  0.18719 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  37.02 
 
 
570 aa  140  3.9999999999999997e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3351  hypothetical protein  37.59 
 
 
630 aa  138  1e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.477195  normal  0.0699162 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3289  hypothetical protein  37.59 
 
 
630 aa  138  1e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15750  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  37.84 
 
 
616 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.270349  normal  0.534773 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2682  DNA-directed DNA polymerase  36.55 
 
 
574 aa  137  4e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649175  normal  0.224749 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2958  hypothetical protein  36.63 
 
 
617 aa  137  4e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154785  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3336  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.91 
 
 
609 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2348  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.05 
 
 
769 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.574239  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  36.18 
 
 
590 aa  134  1.9999999999999998e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  37.16 
 
 
584 aa  133  3.9999999999999996e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2686  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.45 
 
 
610 aa  132  7.999999999999999e-30  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.700207  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  36.58 
 
 
574 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12219  hypothetical protein  34.81 
 
 
645 aa  131  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1813  hypothetical protein  35.64 
 
 
603 aa  131  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0953081  normal  0.0279118 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.2 
 
 
595 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  37.37 
 
 
584 aa  128  1.0000000000000001e-28  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2071  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.41 
 
 
631 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2004  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.57 
 
 
584 aa  127  4.0000000000000003e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0489491  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.51 
 
 
715 aa  127  5e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  38 
 
 
605 aa  126  5e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0968  hypothetical protein  35.79 
 
 
566 aa  126  5e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.277294 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1265  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  34.49 
 
 
929 aa  125  8.000000000000001e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00466144  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  35.81 
 
 
578 aa  124  2e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3128  hypothetical protein  35.42 
 
 
601 aa  124  4e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3518  hypothetical protein  35.22 
 
 
585 aa  123  5e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.663453  hitchhiker  0.00905238 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3691  hypothetical protein  43.59 
 
 
720 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3247  hypothetical protein  35.31 
 
 
601 aa  117  3.9999999999999997e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0320196  normal  0.0964172 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14220  hypothetical protein  35.05 
 
 
551 aa  115  1.0000000000000001e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1598  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  35.1 
 
 
934 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00523268  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3747  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  35.1 
 
 
934 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.739451  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5151  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.88 
 
 
174 aa  114  3e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.822  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  40.24 
 
 
1442 aa  114  3e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5255  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.54 
 
 
180 aa  112  8.000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000603191  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1452  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  35.77 
 
 
934 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1425  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  35.77 
 
 
934 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.446116  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1565  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  35.77 
 
 
934 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.554006  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1424  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  34.69 
 
 
934 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1636  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  34.69 
 
 
934 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00174148 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1671  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  35.27 
 
 
934 aa  110  5e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.697043  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1709  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  35.27 
 
 
934 aa  110  5e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000649538  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1467  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  35.37 
 
 
934 aa  108  1e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.533097  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3286  hypothetical protein  33.89 
 
 
607 aa  107  3e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.94891 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4061  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.05 
 
 
204 aa  107  4e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.698686  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3773  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.82 
 
 
204 aa  107  5e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.2447  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2024  Rad3-related DNA helicase  41.22 
 
 
791 aa  106  6e-22  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.323186  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  40 
 
 
203 aa  105  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4120  DNA-directed DNA polymerase  40.62 
 
 
203 aa  105  1e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242284  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  36.09 
 
 
1433 aa  105  1e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4556  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.78 
 
 
659 aa  104  3e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1011  DNA polymerase III, alpha subunit  36.31 
 
 
1447 aa  103  4e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.939055  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  37.16 
 
 
921 aa  103  4e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0024  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.67 
 
 
210 aa  103  5e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13734 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1501  DNA-directed DNA polymerase  35.67 
 
 
267 aa  103  5e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.0237591 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1543  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  34.69 
 
 
897 aa  103  5e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.959984  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1514  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  34.69 
 
 
897 aa  103  5e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.103927  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1025  DNA polymerase III, epsilon subunit/ATP-dependent helicase DinG  37.41 
 
 
902 aa  102  8e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  38.75 
 
 
1397 aa  102  1e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.88 
 
 
921 aa  101  2e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0598  DNA polymerase III, alpha subunit  35.33 
 
 
1365 aa  101  2e-20  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  37.34 
 
 
1407 aa  100  3e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1384  Rad3-related DNA helicase  33.91 
 
 
797 aa  100  6e-20  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1467  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.93 
 
 
475 aa  99.8  8e-20  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.230111  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>