More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_0423 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_0423  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0449  LysR family transcriptional regulator  98.36 
 
 		 305 aa  596  1e-169  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.038969  normal  0.109175 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  94.1 
 
 		 305 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  94.1 
 
 		 305 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  94.1 
 
 		 305 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  93.77 
 
 		 305 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  90.79 
 
 		 305 aa  554  1e-157  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  70.75 
 
 		 314 aa  420  1e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.41 
 
 		 303 aa  228  1e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.41 
 
 		 303 aa  228  1e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.41 
 
 		 303 aa  228  1e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.41 
 
 		 303 aa  228  1e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.75 
 
 		 303 aa  226  3e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.48 
 
 		 303 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.06 
 
 		 303 aa  225  7e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.06 
 
 		 303 aa  225  8e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.06 
 
 		 303 aa  225  8e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.09 
 
 		 303 aa  224  1e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.71 
 
 		 303 aa  223  3e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.45 
 
 		 303 aa  223  3e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  42.32 
 
 		 305 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  42.32 
 
 		 305 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.32 
 
 		 305 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.32 
 
 		 305 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.32 
 
 		 305 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.66 
 
 		 303 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  42.32 
 
 		 305 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.32 
 
 		 305 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.32 
 
 		 305 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.32 
 
 		 305 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.41 
 
 		 304 aa  219  3e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.4 
 
 		 303 aa  219  5e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.98 
 
 		 305 aa  218  7e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.98 
 
 		 305 aa  218  7e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.98 
 
 		 305 aa  218  7e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.98 
 
 		 305 aa  218  7e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.98 
 
 		 305 aa  218  7e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.98 
 
 		 305 aa  217  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.72 
 
 		 303 aa  217  2e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.98 
 
 		 305 aa  217  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.72 
 
 		 303 aa  217  2e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.98 
 
 		 305 aa  217  2e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 317 aa  216  2.9999999999999998e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 318 aa  216  5e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.99 
 
 		 322 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  42.43 
 
 		 323 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5146  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 297 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.981039 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.3 
 
 		 305 aa  213  3.9999999999999995e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4195  transcriptional regulator  44.52 
 
 		 296 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.140218  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.98 
 
 		 308 aa  211  9e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.98 
 
 		 308 aa  211  1e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1385  LysR family transcriptional regulator  40.46 
 
 		 311 aa  210  2e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.765137  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.32 
 
 		 307 aa  210  2e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6156  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 308 aa  210  2e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.32 
 
 		 307 aa  209  3e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.92 
 
 		 334 aa  208  9e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.7 
 
 		 321 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.7 
 
 		 321 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.7 
 
 		 321 aa  207  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.96 
 
 		 322 aa  207  2e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.7 
 
 		 321 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3624  transcriptional regulator, LysR family  43.4 
 
 		 295 aa  207  2e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.7 
 
 		 321 aa  207  2e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.7 
 
 		 321 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.7 
 
 		 321 aa  207  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 308 aa  206  3e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 		 309 aa  206  3e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.66 
 
 		 309 aa  206  5e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  45.02 
 
 		 320 aa  205  6e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.73 
 
 		 306 aa  205  8e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.04 
 
 		 306 aa  205  9e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.89 
 
 		 300 aa  204  1e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  42.16 
 
 		 295 aa  204  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0246  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 298 aa  204  2e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  44.18 
 
 		 317 aa  203  3e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5525  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 306 aa  203  3e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.70643  normal  0.485988 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.2 
 
 		 303 aa  202  4e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  39.38 
 
 		 306 aa  202  5e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.12 
 
 		 314 aa  202  6e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1219  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 304 aa  202  8e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2855  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 304 aa  202  8e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.61 
 
 		 348 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.04 
 
 		 302 aa  200  1.9999999999999998e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2979  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 309 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.05 
 
 		 310 aa  199  3.9999999999999996e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49110  transcriptional regulator  40.34 
 
 		 296 aa  199  7e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000474321 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0325  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.9 
 
 		 320 aa  198  9e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00893  transcription regulator protein  39.39 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0257134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3540  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 310 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.24 
 
 		 329 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0387  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 304 aa  196  3e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3327  transcriptional regulator, LysR family  41.58 
 
 		 303 aa  196  3e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.24 
 
 		 329 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1578  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 304 aa  196  3e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.24 
 
 		 329 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0432  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 304 aa  196  3e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.687698  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2113  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 296 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1764  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 304 aa  196  3e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2650  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 310 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3319  LysR family transcriptional regulator  44.17 
 
 		 296 aa  195  6e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.159195  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>