More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_0252 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013889  TK90_2183  translation elongation factor Tu  83.84 
 
 
396 aa  686  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.557033  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4692  elongation factor Tu  81.01 
 
 
394 aa  642  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  2.01844e-07  unclonable  3.72179e-08 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4428  elongation factor Tu  81.27 
 
 
394 aa  637  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  3.75004e-09  hitchhiker  9.74336e-06 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3620  elongation factor Tu  81.27 
 
 
394 aa  636  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  3.72822e-05  hitchhiker  0.00440714 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4045  elongation factor Tu  81.27 
 
 
394 aa  637  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  2.76048e-05  hitchhiker  0.00334828 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0374  elongation factor Tu  81.27 
 
 
394 aa  636  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00309992  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0332  elongation factor Tu  82.58 
 
 
394 aa  648  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000132948  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0278  elongation factor Tu  81.52 
 
 
394 aa  635  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  4.12884e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3674  elongation factor Tu  81.52 
 
 
394 aa  635  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  2.19951e-08  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2803  elongation factor Tu  82.58 
 
 
394 aa  648  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  1.8967e-08  normal  0.0748006 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0335  elongation factor Tu  79.85 
 
 
397 aa  659  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  3.34885e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0319  elongation factor Tu  79.85 
 
 
397 aa  659  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  4.67982e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0247  elongation factor Tu  96.46 
 
 
396 aa  784  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  1.51927e-06  normal  0.238121 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0234  elongation factor Tu  96.46 
 
 
396 aa  784  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  4.5907e-07  normal  0.0164851 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0503  elongation factor Tu  92.66 
 
 
396 aa  723  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4704  elongation factor Tu  80.76 
 
 
394 aa  638  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  3.92421e-07  hitchhiker  3.9393e-05 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0312  elongation factor Tu  100 
 
 
396 aa  804  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  8.14669e-07  normal  0.179373 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0325  elongation factor Tu  100 
 
 
396 aa  804  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0223104  normal  0.0648127 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2855  elongation factor Tu  98.48 
 
 
396 aa  797  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0256724  normal  0.29734 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2842  elongation factor Tu  98.48 
 
 
396 aa  797  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0284377  normal  0.173199 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2114  elongation factor Tu  81.52 
 
 
396 aa  659  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  3.14964e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2101  elongation factor Tu  81.52 
 
 
396 aa  659  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.235673  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0274  elongation factor Tu  99.75 
 
 
396 aa  801  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00680281  normal  0.135864 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0261  elongation factor Tu  99.75 
 
 
396 aa  801  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000273962  normal  0.384792 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0048  elongation factor Tu  92.41 
 
 
396 aa  757  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  2.6192e-12  decreased coverage  9.37064e-25 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0035  elongation factor Tu  92.66 
 
 
396 aa  761  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  7.75684e-07  hitchhiker  1.48389e-10 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3874  elongation factor Tu  93.16 
 
 
396 aa  756  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3864  elongation factor Tu  93.16 
 
 
396 aa  756  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2203  elongation factor Tu  81.77 
 
 
396 aa  661  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  8.05833e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2191  elongation factor Tu  81.77 
 
 
396 aa  661  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0371  elongation factor Tu  79.04 
 
 
396 aa  647  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.299108 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0355  elongation factor Tu  79.04 
 
 
396 aa  647  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.967159  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0270  elongation factor Tu  81.52 
 
 
394 aa  636  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  2.76369e-08  normal  0.0281528 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4319  elongation factor Tu  80.51 
 
 
394 aa  636  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  2.3337e-07  unclonable  1.08013e-10 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1860  elongation factor Tu  81.47 
 
 
396 aa  634  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  1.59791e-08  hitchhiker  0.00222583 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1213  elongation factor Tu  82.07 
 
 
391 aa  637  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1198  elongation factor Tu  82.07 
 
 
391 aa  637  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.997412  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1948  elongation factor Tu  79.7 
 
 
395 aa  649  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1066  elongation factor Tu  82.32 
 
 
396 aa  642  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00093515  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1053  elongation factor Tu  82.32 
 
 
396 aa  642  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0848244  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3923  elongation factor Tu  80.86 
 
 
397 aa  660  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.375909  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3911  elongation factor Tu  80.86 
 
 
397 aa  660  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0156728  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3756  elongation factor Tu  81.27 
 
 
394 aa  637  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  1.75435e-06  decreased coverage  0.00120864 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0190  elongation factor Tu  81.27 
 
 
394 aa  637  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  2.35247e-06  normal  0.27842 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2549  elongation factor Tu  77.22 
 
 
391 aa  639  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.812394  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2536  elongation factor Tu  77.22 
 
 
391 aa  639  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.148431  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0051  elongation factor Tu  94.18 
 
 
396 aa  770  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  2.52436e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0039  elongation factor Tu  94.18 
 
 
396 aa  770  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  unclonable  1.35478e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2043  elongation factor Tu  81.47 
 
 
396 aa  635  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  6.75899e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4278  elongation factor Tu  76.66 
 
 
407 aa  641  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  2.89642e-06  unclonable  6.40465e-12 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0822  elongation factor Tu  81.36 
 
 
400 aa  666  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0296542  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0166  elongation factor Tu  77.64 
 
 
399 aa  636  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  4.96784e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4519  elongation factor Tu  81.01 
 
 
394 aa  635  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  3.4313e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3808  elongation factor Tu  81.27 
 
 
394 aa  636  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  1.7346e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4213  elongation factor Tu  81.27 
 
 
394 aa  637  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  7.91099e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3535  elongation factor Tu  81.27 
 
 
394 aa  636  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000296499  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1870  elongation factor Tu  79.85 
 
 
397 aa  659  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  8.16391e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1856  elongation factor Tu  79.85 
 
 
397 aa  659  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000358768  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2734  elongation factor Tu  79.8 
 
 
396 aa  653  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.102462 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2722  elongation factor Tu  79.8 
 
 
396 aa  653  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0752612  normal  0.841998 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3918  elongation factor Tu  81.52 
 
 
394 aa  635  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  7.13111e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3867  elongation factor Tu  82.58 
 
 
394 aa  648  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  6.62451e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2229  elongation factor Tu  79.55 
 
 
396 aa  651  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0152937 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1910  elongation factor Tu  79.55 
 
 
396 aa  651  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.256474 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0835  elongation factor Tu  81.36 
 
 
397 aa  666  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.010413  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3476  elongation factor Tu  96.46 
 
 
396 aa  783  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  7.12008e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3713  elongation factor Tu  81.27 
 
 
394 aa  636  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  9.94167e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2171  translation elongation factor Tu  83.84 
 
 
396 aa  686  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00686859  normal  0.373473 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0581  elongation factor Tu  92.93 
 
 
397 aa  757  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06230  elongation factor Tu  82.37 
 
 
397 aa  676  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.141067  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06090  elongation factor Tu  82.37 
 
 
397 aa  676  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.878067  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0440  elongation factor Tu  77.44 
 
 
399 aa  634  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  2.85931e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3253  elongation factor Tu  93.16 
 
 
396 aa  722  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0271  elongation factor Tu  93.16 
 
 
396 aa  722  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  4.02201e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2338  elongation factor Tu  86.11 
 
 
396 aa  696  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0567224  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2326  elongation factor Tu  86.11 
 
 
396 aa  696  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  1.51481e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1906  elongation factor Tu  79.19 
 
 
396 aa  648  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00245882  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1892  elongation factor Tu  79.19 
 
 
396 aa  648  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0457981  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2367  elongation factor Tu  81.31 
 
 
396 aa  664  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.709055  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2017  elongation factor Tu  81.31 
 
 
396 aa  664  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0325  elongation factor Tu  83.08 
 
 
396 aa  670  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.275223  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0311  elongation factor Tu  83.08 
 
 
396 aa  670  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.171868  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4917  elongation factor Tu  92.93 
 
 
397 aa  757  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.299024  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2952  elongation factor Tu  91.79 
 
 
402 aa  752  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00124181  hitchhiker  1.07296e-06 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2974  elongation factor Tu  95.45 
 
 
396 aa  773  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.741149 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0321  translation elongation factor Tu  82.58 
 
 
396 aa  674  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  7.05932e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0309  translation elongation factor Tu  82.58 
 
 
396 aa  674  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000161177  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4006  translation elongation factor Tu  81.01 
 
 
394 aa  636  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  3.5404e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0203  translation elongation factor Tu  81.01 
 
 
394 aa  636  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000670775  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3343  elongation factor Tu  82.32 
 
 
396 aa  639  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00311584 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3330  elongation factor Tu  82.32 
 
 
396 aa  639  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.91579e-16 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3827  translation elongation factor Tu  81.27 
 
 
394 aa  637  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000173466  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0198  translation elongation factor Tu  81.27 
 
 
394 aa  637  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  9.64902e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3892  elongation factor Tu  82.03 
 
 
394 aa  645  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00189739  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0319  elongation factor Tu  82.03 
 
 
394 aa  645  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  4.44857e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03809  hypothetical protein  81.27 
 
 
394 aa  637  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  2.41403e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03141  hypothetical protein  81.27 
 
 
394 aa  636  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00215275  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3738  elongation factor Tu  82.28 
 
 
394 aa  649  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00744191  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0401  elongation factor Tu  82.28 
 
 
394 aa  649  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  2.73455e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3352  elongation factor Tu  92.68 
 
 
396 aa  702  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0892301  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>