More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_0223 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007510  Bcep18194_A3403  HlyD family secretion protein  92.02 
 
 		 401 aa  684    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00376035  normal  0.420161 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0231  RND family efflux transporter MFP subunit  99.5 
 
 		 401 aa  785    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000683509 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0207  RND family efflux transporter MFP subunit  88.78 
 
 		 400 aa  660    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000100142 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0285  RND family efflux transporter MFP subunit  92.77 
 
 		 401 aa  694    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.140483  hitchhiker  0.000000766037 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2802  secretion protein HlyD  92.77 
 
 		 401 aa  683    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0223  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 401 aa  787    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0304  RND family efflux transporter MFP subunit  92.77 
 
 		 401 aa  683    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0944915  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1791  secretion protein HlyD  69.4 
 
 		 402 aa  548  1e-155  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3712  RND family efflux transporter MFP subunit  70.82 
 
 		 450 aa  529  1e-149  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.40893 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5856  secretion protein HlyD  70.57 
 
 		 425 aa  522  1e-147  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.249167  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2213  secretion protein HlyD  49.88 
 
 		 407 aa  355  6.999999999999999e-97  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2408  secretion protein HlyD  51.11 
 
 		 404 aa  349  4e-95  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000198894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1456  RND family efflux transporter MFP subunit  47.91 
 
 		 405 aa  338  9.999999999999999e-92  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1983  RND family efflux transporter MFP subunit  48.16 
 
 		 416 aa  336  5.999999999999999e-91  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3265  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.02 
 
 		 404 aa  333  2e-90  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1161  RND family efflux transporter MFP subunit  53.35 
 
 		 404 aa  329  5.0000000000000004e-89  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0203325  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0986  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.91 
 
 		 405 aa  318  9e-86  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.831389 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2520  RND family efflux transporter MFP subunit  42.57 
 
 		 406 aa  272  7e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0631  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.13 
 
 		 432 aa  253  3e-66  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.137352 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1515  RND family efflux transporter MFP subunit  40.24 
 
 		 405 aa  208  2e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1621  secretion protein HlyD  35.49 
 
 		 407 aa  203  4e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03344  acriflavin resistance protein  33.66 
 
 		 417 aa  185  1.0000000000000001e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0254  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.98 
 
 		 417 aa  174  1.9999999999999998e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.513446 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1756  acriflavin resistance protein  35.63 
 
 		 363 aa  157  3e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0637221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0820  secretion protein HlyD family protein  38.11 
 
 		 342 aa  155  1e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.495738  hitchhiker  0.000581546 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2020  secretion protein HlyD family protein  29.81 
 
 		 357 aa  126  6e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.519564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  28.06 
 
 		 376 aa  125  2e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.55 
 
 		 377 aa  124  3e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2552  secretion protein HlyD  27.25 
 
 		 451 aa  123  6e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.603084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2074  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.18 
 
 		 353 aa  117  3e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.104068  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08701  membrane fusion protein  30.21 
 
 		 392 aa  114  2.0000000000000002e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1101  RND family efflux transporter MFP subunit  30.1 
 
 		 414 aa  114  3e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.402678  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0321  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.38 
 
 		 386 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.79 
 
 		 380 aa  111  2.0000000000000002e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2370  secretion protein HlyD  31.29 
 
 		 405 aa  109  8.000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000467489 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  29.6 
 
 		 370 aa  108  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2583  secretion protein HlyD family protein  31.45 
 
 		 437 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.860708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3595  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.95 
 
 		 404 aa  108  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0852698  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3233  RND family efflux transporter MFP subunit  28.49 
 
 		 405 aa  107  4e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000196171  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.09 
 
 		 432 aa  106  9e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0659148 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1596  secretion protein HlyD family protein  29.28 
 
 		 420 aa  105  1e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0836964  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12131  membrane fusion protein  27.84 
 
 		 356 aa  104  3e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.502636 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1339  RND family efflux transporter MFP subunit  27.93 
 
 		 384 aa  103  4e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0963  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.67 
 
 		 451 aa  102  9e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0174638  normal  0.124893 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0266  acriflavin resistance protein  41.35 
 
 		 212 aa  102  1e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1436  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.79 
 
 		 393 aa  102  1e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0431  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.47 
 
 		 368 aa  102  1e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0558  secretion protein HlyD  27.53 
 
 		 360 aa  101  2e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.177986  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15871  membrane fusion protein  26.46 
 
 		 357 aa  102  2e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3168  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.64 
 
 		 430 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.479459  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.99 
 
 		 432 aa  101  3e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0225  RND family efflux transporter MFP subunit  29.9 
 
 		 461 aa  100  5e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.540049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  29.52 
 
 		 400 aa  100  5e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2777  RND family efflux transporter MFP subunit  29.74 
 
 		 489 aa  100  7e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000975793  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0782  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.69 
 
 		 428 aa  99  1e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00204407  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0747  secretion protein HlyD  25.85 
 
 		 357 aa  99  1e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.554021  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3604  secretion protein HlyD  28.02 
 
 		 422 aa  99.4  1e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.105186  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4389  RND family efflux transporter MFP subunit  29.19 
 
 		 387 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0818366 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6521  RND family efflux transporter MFP subunit  26.98 
 
 		 410 aa  98.6  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.745567  normal  0.0817001 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  26.71 
 
 		 368 aa  97.8  3e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4166  RND family efflux transporter MFP subunit  27.03 
 
 		 427 aa  97.4  3e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4438  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.94 
 
 		 363 aa  97.4  4e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  27.66 
 
 		 373 aa  97.4  4e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3965  RND family efflux transporter MFP subunit  32.68 
 
 		 362 aa  96.7  6e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000185194 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5104  RND family efflux transporter MFP subunit  31.34 
 
 		 427 aa  96.3  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  26.11 
 
 		 367 aa  96.3  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2972  secretion protein HlyD  32.57 
 
 		 429 aa  95.9  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0098  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.73 
 
 		 432 aa  95.9  1e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3038  secretion protein HlyD  27.27 
 
 		 403 aa  94.7  2e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000167095  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0644  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.31 
 
 		 425 aa  94.7  3e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0200148  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0463  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.52 
 
 		 414 aa  94.4  3e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2071  RND efflux system membrane fusion protein  26.3 
 
 		 407 aa  94.4  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.226746  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.95 
 
 		 453 aa  94.4  4e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2456  hypothetical protein  29.82 
 
 		 431 aa  94  4e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3424  secretion protein HlyD  29.76 
 
 		 412 aa  94  5e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0838  RND family efflux transporter MFP subunit  28.61 
 
 		 387 aa  94  5e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2261  secretion protein HlyD family protein  29.56 
 
 		 408 aa  93.6  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0232169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.62 
 
 		 360 aa  93.6  5e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.89 
 
 		 376 aa  93.6  6e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0768  acriflavin resistance periplasmic protein  25.08 
 
 		 348 aa  93.6  6e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.69171  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0767  RND family efflux transporter MFP subunit  25.7 
 
 		 372 aa  93.2  6e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00075698  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1671  HlyD family secretion protein  28.91 
 
 		 408 aa  93.2  7e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2284  secretion protein HlyD  27.27 
 
 		 403 aa  93.2  7e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.831641  normal  0.154042 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4033  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.36 
 
 		 396 aa  92.8  9e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.41 
 
 		 361 aa  92  1e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2202  RND family efflux transporter MFP subunit  26.21 
 
 		 407 aa  92.8  1e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000105  membrane-fusion protein  28.71 
 
 		 351 aa  92.4  1e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.860226  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1502  secretion protein HlyD  27.51 
 
 		 478 aa  92.4  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.184777  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.17 
 
 		 438 aa  92  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.444201  normal  0.22934 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6327  RND family efflux transporter MFP subunit  27.51 
 
 		 478 aa  92.4  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0452278  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1044  RND family efflux transporter MFP subunit  29.79 
 
 		 365 aa  91.7  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3461  secretion protein HlyD  28.81 
 
 		 384 aa  92  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1206  multidrug efflux system subunit MdtA  27.48 
 
 		 419 aa  92  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0570202  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1201  RND family efflux transporter MFP subunit  29.79 
 
 		 365 aa  91.7  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0341767  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3476  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.85 
 
 		 382 aa  91.7  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1334  secretion protein HlyD  27.17 
 
 		 410 aa  91.7  2e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3605  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.19 
 
 		 429 aa  92  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.3 
 
 		 438 aa  92  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.544766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0383  RND family efflux transporter MFP subunit  29.79 
 
 		 365 aa  91.7  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.79 
 
 		 455 aa  92  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.755082  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>