More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_0080 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_3909  Extracellular ligand-binding receptor  78.91 
 
 		 386 aa  636    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0106  extracellular ligand-binding receptor  97.66 
 
 		 385 aa  774    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2940  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  82.08 
 
 		 385 aa  665    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0090  extracellular ligand-binding receptor  98.96 
 
 		 385 aa  781    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.230544 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0194  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  82.34 
 
 		 473 aa  669    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.63329  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3043  extracellular ligand-binding receptor  80.21 
 
 		 386 aa  651    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.865554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3271  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  96.88 
 
 		 385 aa  770    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.262349 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2999  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  82.08 
 
 		 473 aa  665    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1603  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  82.08 
 
 		 385 aa  665    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3324  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  83.12 
 
 		 385 aa  673    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3986  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  82.34 
 
 		 473 aa  668    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0089  extracellular ligand-binding receptor  96.1 
 
 		 385 aa  733    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4060  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  82.34 
 
 		 473 aa  669    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.377113  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3371  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  82.08 
 
 		 473 aa  665    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2966  extracellular ligand-binding receptor  97.66 
 
 		 385 aa  774    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.106673  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0080  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 385 aa  787    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.217295  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0089  extracellular ligand-binding receptor  97.66 
 
 		 385 aa  774    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332723  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0024  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  78.8 
 
 		 386 aa  629  1e-179  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3910  Extracellular ligand-binding receptor  72.85 
 
 		 388 aa  581  1.0000000000000001e-165  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0868538  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  71.28 
 
 		 388 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3513  extracellular ligand-binding receptor  74.24 
 
 		 382 aa  566  1e-160  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0776121 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3364  extracellular ligand-binding receptor  72.78 
 
 		 383 aa  563  1.0000000000000001e-159  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3525  Extracellular ligand-binding receptor  73.06 
 
 		 382 aa  555  1e-157  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00627098 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3199  Extracellular ligand-binding receptor  73.06 
 
 		 382 aa  556  1e-157  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3329  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  68.67 
 
 		 382 aa  547  1e-154  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.279448  normal  0.702706 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2401  extracellular ligand-binding receptor  64.04 
 
 		 385 aa  510  1e-143  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.682902 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2943  Extracellular ligand-binding receptor  63.41 
 
 		 382 aa  501  1e-141  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.35469  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0572  extracellular ligand-binding receptor  64.17 
 
 		 383 aa  499  1e-140  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.199084  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1230  Extracellular ligand-binding receptor  66.76 
 
 		 382 aa  495  1e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520921  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4096  extracellular ligand-binding receptor  63.59 
 
 		 379 aa  484  1e-136  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3951  extracellular ligand-binding receptor  64.72 
 
 		 385 aa  475  1e-133  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.757866  normal  0.707301 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0483  Extracellular ligand-binding receptor  59.95 
 
 		 411 aa  471  1e-132  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0914571 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4234  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  61.6 
 
 		 410 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.408833 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0197  extracellular ligand-binding receptor  60.7 
 
 		 397 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2411  extracellular ligand-binding receptor  61.73 
 
 		 381 aa  463  1e-129  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4097  extracellular ligand-binding receptor  56.91 
 
 		 379 aa  453  1.0000000000000001e-126  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1517  Extracellular ligand-binding receptor  61.17 
 
 		 382 aa  451  1e-125  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.702531  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5327  Extracellular ligand-binding receptor  60.28 
 
 		 385 aa  442  1e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0524  extracellular ligand-binding receptor  56.3 
 
 		 382 aa  430  1e-119  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0158  Extracellular ligand-binding receptor  57.07 
 
 		 387 aa  427  1e-118  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2820  extracellular ligand-binding receptor  56.28 
 
 		 389 aa  426  1e-118  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0165  Extracellular ligand-binding receptor  56.81 
 
 		 387 aa  424  1e-117  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2428  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  55.06 
 
 		 389 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2700  extracellular ligand-binding receptor  55.08 
 
 		 390 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.322471  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2232  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  55.06 
 
 		 389 aa  412  1e-114  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2692  putative amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  54.21 
 
 		 389 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.407877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2237  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  52.96 
 
 		 395 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.937762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2494  Extracellular ligand-binding receptor  51.43 
 
 		 379 aa  389  1e-107  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.564109  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0968  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  50.8 
 
 		 389 aa  389  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3666  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  52.11 
 
 		 389 aa  390  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.279436  normal  0.958773 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2316  Extracellular ligand-binding receptor  53.18 
 
 		 397 aa  388  1e-106  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1328  Extracellular ligand-binding receptor  54.05 
 
 		 397 aa  380  1e-104  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.125298  normal  0.0640101 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1003  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  49.21 
 
 		 382 aa  380  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.437001  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0502  Extracellular ligand-binding receptor  51.94 
 
 		 377 aa  375  1e-103  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.836386 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3241  extracellular ligand-binding receptor  51.55 
 
 		 381 aa  376  1e-103  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000702514  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4630  extracellular ligand-binding receptor  47.17 
 
 		 383 aa  376  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.511173  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0779  extracellular ligand-binding receptor  47.71 
 
 		 383 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0441144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0515  Extracellular ligand-binding receptor  51.52 
 
 		 377 aa  375  1e-103  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.815299  normal  0.447794 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5808  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  53.42 
 
 		 385 aa  366  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0834641 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0817  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  53.15 
 
 		 385 aa  363  2e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2526  extracellular ligand-binding receptor  52.19 
 
 		 385 aa  362  7.0000000000000005e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.779936  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1822  extracellular ligand-binding receptor  48.08 
 
 		 381 aa  357  2.9999999999999997e-97  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.56038  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2394  extracellular ligand-binding receptor  52.68 
 
 		 385 aa  355  7.999999999999999e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0991  extracellular ligand-binding receptor  44.79 
 
 		 380 aa  355  1e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0800  extracellular ligand-binding receptor  45.43 
 
 		 377 aa  353  2.9999999999999997e-96  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.552204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2482  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  52.11 
 
 		 391 aa  352  5e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1866  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  52.11 
 
 		 394 aa  352  5e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2477  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  52.11 
 
 		 394 aa  352  5e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.212643  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6271  putative amino-acid ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  46.7 
 
 		 381 aa  348  1e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3892  extracellular ligand-binding receptor  47.27 
 
 		 381 aa  347  2e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0269  extracellular ligand-binding receptor  45.73 
 
 		 377 aa  344  2e-93  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.556277  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1889  extracellular ligand-binding receptor  43.43 
 
 		 385 aa  334  1e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.808445  normal  0.559234 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1991  Extracellular ligand-binding receptor  44.77 
 
 		 385 aa  323  4e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179885  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3575  extracellular ligand-binding receptor  44.93 
 
 		 385 aa  318  9e-86  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.807298  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0904  extracellular ligand-binding receptor  44.88 
 
 		 377 aa  315  7e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00289706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7089  putative branched-chain amino acid transport protein  44.03 
 
 		 381 aa  315  7e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499249  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1504  Extracellular ligand-binding receptor  44.59 
 
 		 387 aa  311  1e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.235771  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1500  Extracellular ligand-binding receptor  46.54 
 
 		 388 aa  310  2e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.145866  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1501  Extracellular ligand-binding receptor  47.22 
 
 		 381 aa  309  6.999999999999999e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.225006  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0900  extracellular ligand-binding receptor  42.36 
 
 		 379 aa  307  2.0000000000000002e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  9.53304e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0692  extracellular ligand-binding receptor  43.39 
 
 		 379 aa  303  3.0000000000000004e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2668  extracellular ligand-binding receptor  43.63 
 
 		 388 aa  299  4e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.965129  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2672  extracellular ligand-binding receptor  44.82 
 
 		 384 aa  295  7e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.211064  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3250  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  43.05 
 
 		 378 aa  290  3e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.202781  normal  0.281786 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3257  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  39.9 
 
 		 384 aa  289  6e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  40.33 
 
 		 392 aa  258  9e-68  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  36.73 
 
 		 389 aa  245  6.999999999999999e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  36.98 
 
 		 379 aa  233  3e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  35.99 
 
 		 378 aa  233  4.0000000000000004e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  34.7 
 
 		 394 aa  230  3e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  34.78 
 
 		 394 aa  229  5e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  36.8 
 
 		 385 aa  229  7e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  37.92 
 
 		 382 aa  224  2e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  34.76 
 
 		 379 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  33.51 
 
 		 379 aa  215  9e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1520  extracellular ligand-binding receptor  34.87 
 
 		 381 aa  215  9e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.657552  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  36.64 
 
 		 379 aa  214  9.999999999999999e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  35.03 
 
 		 380 aa  215  9.999999999999999e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  34.36 
 
 		 379 aa  208  1e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  35.18 
 
 		 379 aa  207  3e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>