135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_0053 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_0053  lytic transglycosylase, catalytic  100 
 
 		 159 aa  333  5e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0063  lytic transglycosylase catalytic  97.99 
 
 		 149 aa  308  2e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0082  lytic transglycosylase catalytic  95.17 
 
 		 161 aa  291  2e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0007  lytic transglycosylase, catalytic  94.48 
 
 		 164 aa  290  7e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.37161  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0063  lytic transglycosylase, catalytic  94.48 
 
 		 164 aa  290  7e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3245  lytic transglycosylase  91.95 
 
 		 149 aa  287  3e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.432237 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0064  lytic transglycosylase catalytic  90.54 
 
 		 148 aa  284  4e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0219  HpaH precursor  81.51 
 
 		 161 aa  263  1e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0006  putative invasion protein  81.51 
 
 		 161 aa  263  1e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0006  putative invasion protein  81.51 
 
 		 161 aa  263  1e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.435281  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3519  putative ipgF protein  83.45 
 
 		 216 aa  254  3e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2787  ipgF protein, putative  83.94 
 
 		 152 aa  253  9e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.062319  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1891  putative ipgF protein  83.94 
 
 		 152 aa  253  9e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.65052  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2661  putative ipgF protein  83.94 
 
 		 152 aa  253  9e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0006  BapC protein  83.21 
 
 		 149 aa  249  1e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3935  Lytic transglycosylase catalytic  73.29 
 
 		 148 aa  234  3e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4502  hypothetical protein  77.54 
 
 		 148 aa  232  2.0000000000000002e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.362894 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3069  lytic transglycosylase catalytic  80 
 
 		 147 aa  231  3e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0145622 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5666  lytic transglycosylase catalytic  62.5 
 
 		 155 aa  168  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.326026  hitchhiker  0.0069947 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5883  lytic transglycosylase, catalytic  62.81 
 
 		 155 aa  167  6e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.161206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3673  lytic transglycosylase catalytic  58.33 
 
 		 164 aa  163  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.25232 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2896  hypothetical protein  50.32 
 
 		 170 aa  161  3e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4766  Lytic transglycosylase catalytic  57.02 
 
 		 161 aa  160  7e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2361  lytic transglycosylase, catalytic  58.68 
 
 		 155 aa  157  4e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0782158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5894  lytic transglycosylase catalytic  55.64 
 
 		 161 aa  157  5e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.431421  normal  0.0993718 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3138  Lytic transglycosylase catalytic  56.56 
 
 		 157 aa  154  6e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.82617  normal  0.443685 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2772  Lytic transglycosylase catalytic  54.76 
 
 		 157 aa  153  8e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.806121 
 
 
-
 
NC_003296  RS05356  putative lipoprotein  58.82 
 
 		 232 aa  152  2e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.592846  normal  0.453874 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03391  Hpa2  66 
 
 		 108 aa  142  2e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1355  lytic transglycosylase, catalytic  47.22 
 
 		 408 aa  135  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0669029  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1337  lytic transglycosylase catalytic  47.22 
 
 		 408 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545884  normal  0.0328335 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0873  lytic transglycosylase, catalytic  47.22 
 
 		 599 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4498  lytic transglycosylase, catalytic  50 
 
 		 404 aa  131  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5033  Lytic transglycosylase catalytic  53.51 
 
 		 145 aa  130  5e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5439  Lytic transglycosylase catalytic  52.63 
 
 		 145 aa  129  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6296  lytic transglycosylase, catalytic  47.66 
 
 		 140 aa  129  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0565  BapC protein  50.39 
 
 		 187 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.146526  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0847  BapC protein  50.39 
 
 		 182 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5196  Lytic transglycosylase catalytic  50.41 
 
 		 158 aa  127  9.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1531  Lytic transglycosylase catalytic  50.41 
 
 		 158 aa  127  9.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1239  lytic transglycosylase, catalytic  49.22 
 
 		 404 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5550  lytic transglycosylase catalytic  50 
 
 		 141 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0239978 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7409  Lytic transglycosylase catalytic  53.51 
 
 		 226 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1524  BapC protein  50.82 
 
 		 187 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.177877  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2079  BapC protein  50.82 
 
 		 187 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.22209  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2068  BapC protein  50.82 
 
 		 187 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0527025  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0760  BapC protein  50.82 
 
 		 187 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.832936  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1265  lytic transglycosylase catalytic  49.22 
 
 		 407 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.254605 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6566  lytic transglycosylase catalytic  48.82 
 
 		 140 aa  124  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2156  BapC protein  50 
 
 		 187 aa  124  5e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0379  invasion protein  52.59 
 
 		 146 aa  124  6e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.135493  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1938  lytic transglycosylase catalytic  49.14 
 
 		 438 aa  120  8e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0154763 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2121  transglycosylase SLT domain-containing protein  44.85 
 
 		 168 aa  119  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0195  lytic transglycosylase catalytic protein  48.85 
 
 		 239 aa  119  1.9999999999999998e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5422  Lytic transglycosylase catalytic  47.2 
 
 		 183 aa  119  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.984316  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5017  Lytic transglycosylase catalytic  46.4 
 
 		 183 aa  117  6e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.260237  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0177  Lytic transglycosylase catalytic  48.09 
 
 		 239 aa  117  7e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000012846 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5233  lytic transglycosylase, catalytic  49.59 
 
 		 203 aa  116  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00145184  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5437  lytic transglycosylase, catalytic  48.11 
 
 		 179 aa  113  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.43825  normal  0.56373 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4488  lytic transglycosylase, catalytic  47.17 
 
 		 248 aa  110  7.000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4243  lytic transglycosylase, catalytic  47.86 
 
 		 178 aa  110  1.0000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.547585  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0248  Lytic transglycosylase catalytic  47.5 
 
 		 168 aa  106  1e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2099  lytic transglycosylase, catalytic  47.86 
 
 		 210 aa  105  2e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.462435  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0193  lytic transglycosylase, catalytic  43.07 
 
 		 168 aa  105  3e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4187  lytic transglycosylase, catalytic  41.91 
 
 		 166 aa  103  7e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.000629  decreased coverage  0.0000117899 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1098  Lytic transglycosylase catalytic  44.2 
 
 		 213 aa  103  8e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.891571  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0964  Lytic transglycosylase catalytic  47.83 
 
 		 153 aa  102  2e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_23  transglycosylase PilT  41.98 
 
 		 145 aa  100  6e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.846222  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3796  lytic transglycosylase, catalytic  47.11 
 
 		 179 aa  100  9e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.823369  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5072  transglycosylase SLT domain protein  42.5 
 
 		 152 aa  96.3  2e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.110513 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1431  lytic transglycosylase, catalytic  40.29 
 
 		 170 aa  92.8  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0043  lytic transglycosylase  45 
 
 		 215 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2999  invasion protein IagB  40.16 
 
 		 160 aa  92  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000303944  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3066  invasion protein IagB  40.16 
 
 		 160 aa  92  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.490533 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3082  cell invasion protein  40.16 
 
 		 160 aa  92  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000116628 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3187  cell invasion protein  40.16 
 
 		 160 aa  92  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.927975 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3030  invasion protein IagB  40.16 
 
 		 160 aa  91.7  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0325324 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2644  lytic transglycosylase, catalytic  40.31 
 
 		 182 aa  89  3e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1544  lytic transglycosylase, catalytic  39.37 
 
 		 175 aa  86.3  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0439375  normal  0.269164 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2311  lytic transglycosylase, catalytic  42.86 
 
 		 183 aa  85.1  4e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0011  conjugal transfer protein  38.84 
 
 		 159 aa  83.2  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0168  protein IpgF  42.02 
 
 		 152 aa  83.2  0.000000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00546577  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0111  lytic transglycosylase PilT  38.4 
 
 		 186 aa  82  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6789  lytic transglycosylase, catalytic  40 
 
 		 165 aa  82.4  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4125  lytic transglycosylase PilT  36.51 
 
 		 167 aa  81.6  0.000000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000476698 
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0049  pilT protein, putative  37.68 
 
 		 150 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0042  pilT protein  37.68 
 
 		 163 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6234  lytic transglycosylase catalytic  37.4 
 
 		 151 aa  78.2  0.00000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4280  lytic transglycosylase, catalytic  36.13 
 
 		 157 aa  77.4  0.00000000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.227858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0005  transglycosylase SLT domain-containing protein  37.7 
 
 		 168 aa  74.7  0.0000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0014  conserved hypothetical protein, SLT family  36.67 
 
 		 192 aa  73.2  0.000000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0060  hypothetical protein  33.33 
 
 		 187 aa  73.2  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00816784 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0632  Lytic transglycosylase catalytic  35.59 
 
 		 175 aa  70.1  0.00000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.23689  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0163  lytic transglycosylase, catalytic  31.9 
 
 		 145 aa  70.1  0.00000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.0042056  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0882  lytic transglycosylase, catalytic  36.22 
 
 		 132 aa  68.6  0.00000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0860  lytic transglycosylase catalytic  38.54 
 
 		 124 aa  68.9  0.00000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.720569  normal  1 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4262  lytic transglycosylase, catalytic  34.96 
 
 		 162 aa  68.2  0.00000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0834  Lytic transglycosylase catalytic  37.5 
 
 		 124 aa  64.3  0.0000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0057  conjugal transfer protein TrbN  34.43 
 
 		 206 aa  63.2  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6514  conjugal transfer protein TrbN  33.61 
 
 		 211 aa  61.2  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.224309  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>