More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_0021 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010508  Bcenmc03_0048  porin  94.95 
 
 
375 aa  737    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0031  outer membrane protein (porin)-like protein  91.25 
 
 
377 aa  718    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0030  outer membrane protein (porin)-like protein  96.58 
 
 
409 aa  816    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3214  outer membrane protein (porin)-like  93.81 
 
 
701 aa  794    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.84124  normal  0.834599 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0021  outer membrane protein (porin)-like protein  100 
 
 
409 aa  841    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0041  outer membrane protein (porin)-like  94.31 
 
 
435 aa  788    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.13166  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0029  outer membrane protein (porin)-like protein  94.95 
 
 
375 aa  739    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0044  putative porin  81.89 
 
 
386 aa  623  1e-177  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3278  putative outer membrane porin  81.89 
 
 
386 aa  623  1e-177  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0256  outer membrane porin, putative  81.89 
 
 
406 aa  624  1e-177  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2703  putative outer membrane porin  81.89 
 
 
386 aa  623  1e-177  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0044  putative porin  81.89 
 
 
386 aa  623  1e-177  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1849  putative outer membrane porin  81.89 
 
 
386 aa  623  1e-177  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2675  outer membrane porin, putative  81.65 
 
 
375 aa  615  1e-175  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0040  porin  81.38 
 
 
375 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4041  porin Gram-negative type  68.18 
 
 
374 aa  535  1e-151  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3279  porin Gram-negative type  52.96 
 
 
375 aa  350  2e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3390  porin signal peptide protein  51.65 
 
 
376 aa  350  4e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0795633  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3601  porin Gram-negative type  52.39 
 
 
375 aa  347  1e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.939014 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1240  porin  31.73 
 
 
386 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.382217  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1266  porin  32.54 
 
 
386 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.162269 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1643  outer membrane porin OpcP  32.46 
 
 
384 aa  120  6e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.262884  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0875  porin  32.28 
 
 
386 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2400  OmpC family outer membrane porin  33.98 
 
 
390 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0762385  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1357  porin  32.28 
 
 
386 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0495362  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1338  porin  32.28 
 
 
386 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0334295 
 
 
-
 
NC_003296  RS05376  porin signal peptide protein  29.68 
 
 
368 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0326647 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0599  putative outer membrane porin  31.99 
 
 
384 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1115  outer membrane porin  31.99 
 
 
384 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.368238  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2331  outer membrane porin OpcP  31.99 
 
 
384 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1836  putative outer membrane porin  31.99 
 
 
384 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0345511  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0869  putative outer membrane porin  31.99 
 
 
384 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3080  porin Gram-negative type  30.58 
 
 
381 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1029  outer membrane porin  31.99 
 
 
384 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4500  outer membrane protein, (porin)  32.01 
 
 
386 aa  114  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.048827  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  30.61 
 
 
354 aa  114  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6771  porin Gram-negative type  31.25 
 
 
379 aa  114  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0165431  normal  0.243338 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2803  outer membrane protein (porin)  31.85 
 
 
387 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0760601  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2089  outer membrane porin, putative  31.87 
 
 
379 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1957  putative outer membrane porin  31.87 
 
 
379 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0285  outer membrane protein (porin)  28.5 
 
 
367 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0374  OmpC family outer membrane porin  29.43 
 
 
382 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.299269  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3009  outer membrane porin  31.87 
 
 
379 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.205234  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2943  outer membrane porin  31.87 
 
 
379 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3043  outer membrane protein  31.63 
 
 
379 aa  110  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000337977  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1592  outer membrane porin OpcP  31.87 
 
 
379 aa  110  3e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000753079  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2395  porin  31.09 
 
 
379 aa  110  3e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5892  porin Gram-negative type  31.14 
 
 
391 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957036  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0225  outer membrane protein (porin)  29.22 
 
 
383 aa  110  5e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.436147  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2478  outer membrane protein (porin)  28.53 
 
 
385 aa  110  6e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.917959 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4019  OmpC family outer membrane porin  30.47 
 
 
373 aa  110  6e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00000373158  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5955  porin Gram-negative type  30.75 
 
 
384 aa  108  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.144043  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2394  porin  29.66 
 
 
373 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.636281  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3027  porin  29.66 
 
 
373 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3008  porin  29.66 
 
 
373 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0008  OmpC family outer membrane porin  30.45 
 
 
365 aa  107  5e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4768  porin  30.82 
 
 
384 aa  106  6e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4111  outer membrane protein, (porin)  29.78 
 
 
381 aa  106  8e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000510275  normal  0.307303 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0910  OmpC family outer membrane porin  29.31 
 
 
381 aa  106  8e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0510287  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3052  porin  30.41 
 
 
384 aa  106  9e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0680  porin Gram-negative type  30.73 
 
 
373 aa  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1003  porin  31.8 
 
 
383 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000241018  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2917  porin  30.41 
 
 
384 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3002  porin  30.39 
 
 
373 aa  106  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.703821  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0963  porin  31.55 
 
 
383 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000213989  normal  0.474423 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6354  outer membrane protein, (porin)  30.15 
 
 
373 aa  104  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401571  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  28.61 
 
 
352 aa  105  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  32 
 
 
358 aa  105  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02059  porin signal peptide protein  30.85 
 
 
347 aa  104  3e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000217082  normal  0.648974 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0524  porin  31.82 
 
 
374 aa  104  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000201406  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2320  outer membrane protein (porin)-like  29.11 
 
 
381 aa  104  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5311  porin  29.98 
 
 
386 aa  103  5e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1937  porin  31.75 
 
 
386 aa  103  6e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0139631 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4620  porin  29.54 
 
 
409 aa  103  7e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.382092 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0260  porin  28.86 
 
 
378 aa  103  7e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3748  porin  29.54 
 
 
409 aa  103  7e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.130347  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0674  porin  30.41 
 
 
381 aa  102  8e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.161927  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2135  porin  30.45 
 
 
422 aa  102  9e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.262884  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0061  porin  32.13 
 
 
363 aa  102  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0431794  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5539  porin  29.88 
 
 
386 aa  102  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0484  outer membrane porin protein precursor  29.18 
 
 
377 aa  102  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  31.27 
 
 
361 aa  102  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0289  outer membrane porin  29.18 
 
 
377 aa  102  1e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0302  outer membrane porin  29.18 
 
 
377 aa  102  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0587  putative outer membrane porin  33.48 
 
 
365 aa  102  2e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0533  putative outer membrane porin  30.57 
 
 
384 aa  102  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.121969  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1286  putative outer membrane porin  30.57 
 
 
384 aa  102  2e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1294  outer membrane porin  30.57 
 
 
384 aa  102  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4106  porin  35.09 
 
 
359 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.437968  normal  0.0586067 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1237  porin  28.4 
 
 
394 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1848  putative outer membrane porin  33.48 
 
 
365 aa  102  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0156948  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0881  putative outer membrane porin  33.48 
 
 
365 aa  102  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2322  outer membrane porin protein  33.48 
 
 
365 aa  102  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2546  outer membrane porin  30.57 
 
 
384 aa  102  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7084  outer membrane protein (porin)  28.61 
 
 
394 aa  101  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6595  porin  28.4 
 
 
394 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.924404  normal  0.0790344 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1374  outer membrane porin  30.57 
 
 
384 aa  102  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1454  outer membrane porin OpcP  30.15 
 
 
414 aa  101  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.176502  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0263  putative outer membrane porin  30.57 
 
 
384 aa  102  2e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1034  putative outer membrane porin  30.57 
 
 
384 aa  102  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>