74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_0004 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_0004  GTPase subunit of restriction endonuclease-like protein  100 
 
 		 914 aa  1868    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0928262  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5205  AAA ATPase  49.61 
 
 		 371 aa  352  3e-95  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1826  ATPase  29.49 
 
 		 583 aa  191  4e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1096  hypothetical protein  29.25 
 
 		 844 aa  189  3e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0927  hypothetical protein  29.25 
 
 		 843 aa  187  9e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0873  hypothetical protein  29.25 
 
 		 847 aa  187  1.0000000000000001e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.373833  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0970  ATPase, AAA family  28.92 
 
 		 844 aa  184  9.000000000000001e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2172  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  31.78 
 
 		 559 aa  178  3e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4727  GTPase subunit of restriction endonuclease-like protein  37.59 
 
 		 722 aa  177  7e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.162949  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1116  GTPase subunit of restriction endonuclease-like protein  27.49 
 
 		 679 aa  174  6.999999999999999e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1291  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  28.55 
 
 		 559 aa  163  2e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.902776  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0788  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  32.86 
 
 		 668 aa  163  2e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130676 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04176  hypothetical protein  25.3 
 
 		 459 aa  147  1e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04212  5-methylcytosine-specific restriction enzyme McrBC, subunit McrB  25.3 
 
 		 459 aa  147  1e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3651  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  24.9 
 
 		 465 aa  146  1e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1016  5-methylcytosine-specific restriction related enzyme  30.83 
 
 		 792 aa  142  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2403  site-specific DNA-methyltransferase, cytosine-specific  32.7 
 
 		 671 aa  139  3.0000000000000003e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0028  GTPase subunit of restriction endonuclease-like  32.43 
 
 		 751 aa  139  3.0000000000000003e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0045  GTPase subunit of restriction endonuclease-like protein  30.22 
 
 		 578 aa  128  5e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.207513 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0896  ATPase  30.88 
 
 		 549 aa  126  2e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.814687  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1328  GTPase subunit of restriction endonuclease-like protein  36.93 
 
 		 796 aa  126  2e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4197  ATPase  31.21 
 
 		 578 aa  125  4e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.558563  normal  0.0514875 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0840  hypothetical protein  26.94 
 
 		 606 aa  125  5e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.135812 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3197  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  31.62 
 
 		 542 aa  111  5e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.046131  normal  0.40537 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1956  ATPase  29.75 
 
 		 938 aa  109  3e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.512123  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0046  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  29.65 
 
 		 568 aa  106  2e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0433  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  27.87 
 
 		 663 aa  106  2e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4116  hypothetical protein  28.83 
 
 		 454 aa  105  5e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1453  hypothetical protein  25.44 
 
 		 564 aa  97.1  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.115267  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4918  hypothetical protein  26.46 
 
 		 755 aa  94.4  9e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621409 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4373  hypothetical protein  26.37 
 
 		 636 aa  92.4  3e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3002  hypothetical protein  26.29 
 
 		 436 aa  90.5  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4260  hypothetical protein  31.11 
 
 		 778 aa  88.6  5e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.340675  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0021  hypothetical protein  39.2 
 
 		 735 aa  86.7  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.097053  normal  0.930139 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1504  ATPase  29.86 
 
 		 716 aa  84.3  0.000000000000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.369638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0500  hypothetical protein  37.6 
 
 		 712 aa  84  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.625158 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2266  hypothetical protein  30.32 
 
 		 605 aa  80.5  0.0000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4192  chromosome segregation ATPase-like protein  27.72 
 
 		 880 aa  77.8  0.0000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.240691  normal  0.440043 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2317  hypothetical protein  30.32 
 
 		 606 aa  77.4  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0635761  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2283  hypothetical protein  29.79 
 
 		 606 aa  76.6  0.000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.380354  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2309  hypothetical protein  29.79 
 
 		 606 aa  76.3  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2129  hypothetical protein  29.79 
 
 		 609 aa  76.6  0.000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2067  hypothetical protein  29.79 
 
 		 609 aa  76.6  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0716612  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3059  hypothetical protein  29.26 
 
 		 605 aa  75.5  0.000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2063  hypothetical protein  29.79 
 
 		 609 aa  75.5  0.000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.28391  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2393  hypothetical protein  29.51 
 
 		 606 aa  73.9  0.00000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2103  ATPase  25.08 
 
 		 605 aa  73.6  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0267567  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1673  ATPase  29.21 
 
 		 605 aa  71.6  0.00000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4085  hypothetical protein  31.28 
 
 		 377 aa  69.3  0.0000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.232051 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2715  hypothetical protein  26.22 
 
 		 478 aa  65.9  0.000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000041163  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2311  hypothetical protein  52.73 
 
 		 595 aa  65.1  0.000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000201823  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2840  AAA_5 ATPase associated with various cellular activities  22.65 
 
 		 741 aa  58.9  0.0000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.241934 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2235  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  22.66 
 
 		 585 aa  55.1  0.000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.89284  hitchhiker  0.0000945382 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3352  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  24.76 
 
 		 748 aa  53.9  0.00001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05450  GTPase subunit of restriction endonuclease  21.36 
 
 		 853 aa  53.5  0.00002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0975  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  26.01 
 
 		 743 aa  52.4  0.00004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0514038 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3299  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  21.99 
 
 		 729 aa  52  0.00004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4502  ATPase  27.78 
 
 		 734 aa  52  0.00005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.466398  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0951  thiamine-phosphate pyrophosphorylase  22.22 
 
 		 590 aa  51.2  0.00008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0829  ATPase  24.4 
 
 		 609 aa  50.8  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0846  ATPase  24.4 
 
 		 609 aa  50.8  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.982991  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0862  ATPase  25.43 
 
 		 743 aa  49.7  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.445688  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4769  ATPase  23.43 
 
 		 899 aa  49.7  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.361924 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0805  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  24.22 
 
 		 502 aa  49.3  0.0003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00614825  hitchhiker  0.000290238 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0882  hypothetical protein  27.94 
 
 		 378 aa  49.3  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0528866 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0822  polysulfide reductase chain C (sulfur reductase chain C)  26.85 
 
 		 412 aa  48.9  0.0004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000697352  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1704  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  22.46 
 
 		 754 aa  48.5  0.0005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1359  ATPase  25 
 
 		 655 aa  48.1  0.0007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00119024 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3670  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  27.46 
 
 		 685 aa  47  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2134  restriction endonuclease-like protein  37.36 
 
 		 431 aa  46.6  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00973341 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3015  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  23.34 
 
 		 530 aa  46.6  0.002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.197881 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2031  GTPase subunit of restriction endonuclease-like protein  27.67 
 
 		 481 aa  46.2  0.002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0504678  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2403  GTPase subunit of restriction endonuclease-like protein  24.04 
 
 		 822 aa  47  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.110421 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6933  ATPase  21.84 
 
 		 781 aa  45.8  0.004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>