264 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_R0062 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_R0062  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0088  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0062  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0060  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0062  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0070  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.399314  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS03460  tRNA-Ser  98.9 
 
 		 91 bp  172  9e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.12073  normal  0.877748 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0024  tRNA-Ser  98.9 
 
 		 91 bp  172  9e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.220366  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0034  tRNA-Ser  98.9 
 
 		 91 bp  172  9e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0029  tRNA-Ser  97.8 
 
 		 91 bp  165  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.467256 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0033  tRNA-Ser  97.8 
 
 		 91 bp  165  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.597346 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0036  tRNA-Ser  96.7 
 
 		 91 bp  157  5.0000000000000005e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0688413  normal  0.378449 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0533  tRNA-Ser  96.7 
 
 		 90 bp  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1078  tRNA-Ser  96.7 
 
 		 90 bp  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0381421  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0631  tRNA-Ser  96.7 
 
 		 90 bp  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.985518  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  96.7 
 
 		 90 bp  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1941  tRNA-Ser  96.7 
 
 		 90 bp  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2014  tRNA-Ser  96.7 
 
 		 90 bp  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0295784  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0030  tRNA-Ser  95.6 
 
 		 91 bp  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00350968  decreased coverage  0.0000118989 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2051  tRNA-Ser  96.7 
 
 		 90 bp  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.244521  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0059  tRNA-Ser  95.6 
 
 		 91 bp  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000963378  hitchhiker  0.00000000000285313 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0785  tRNA-Ser  96.7 
 
 		 90 bp  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0016  tRNA-Ser  94.51 
 
 		 91 bp  141  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.504392 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0030  tRNA-Ser  90.11 
 
 		 91 bp  109  1e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.596087  normal  0.116932 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0052  tRNA-Ser  92.96 
 
 		 91 bp  101  3e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.258568  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0047  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0212707  normal  0.0426305 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0044  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0213479 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0041  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.142753  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0040  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 91 bp  89.7  1e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0019  tRNA-Ser  90.14 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.698383 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0048  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0101109  normal  0.0876341 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0049  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0035  tRNA-Ser  90.14 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0035  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.802654  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0047  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.327618  normal  0.0398256 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0041  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.589584  normal  0.364354 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0024  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0042  tRNA-Ser  86.9 
 
 		 91 bp  79.8  0.0000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.399999  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  87.34 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  87.34 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  88 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  87.34 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  89.23 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  89.23 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0043  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.106219  normal  0.177899 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  86.08 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.179799  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0029  tRNA-Ser  87.32 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23919  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  86.08 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0075  tRNA-Ser  90.57 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000781608  hitchhiker  0.00063206 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0051  tRNA-Ser  90.57 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000410025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0021  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0175926  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0053  tRNA-Ser  90.57 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000556956  hitchhiker  0.00693696 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0001  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt11  tRNA-Ser  86.08 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.644598  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0060  tRNA-Ser  86.08 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0025  tRNA-Ser  86.08 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00148437  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0027  tRNA-Ser  86.08 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  86.08 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1009  tRNA-Ser  86.08 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0031  tRNA-Ser  84.81 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0145328  normal  0.103161 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0046  tRNA-Ser  84.81 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  86.08 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0033  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0034  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.355586  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0021  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0717904 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0005  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 95 bp  60  0.00000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna37  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0033  tRNA-Ser  86.25 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56325  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0030  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.191497  normal  0.473607 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0015  tRNA-Ser  84.78 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109725  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0040  tRNA-Ser  86.25 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.140248 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0034  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.626616  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0043  tRNA-Ser  85 
 
 		 92 bp  56  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0613926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0042  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 93 bp  56  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00852582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0471  tRNA-Ser  89.58 
 
 		 92 bp  56  0.000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0001  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.981732 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0057  tRNA-Ser  84.81 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0060  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.943942 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0004  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0003  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.642958  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0057  tRNA-Ser  84.81 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154466  normal  0.0269773 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0008    94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0798492  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0004  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0052  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0002  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0003  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0003  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0016  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0009  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.4364  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0014  tRNA-Ser  84.81 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.359735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA5  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0419374  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer01  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0568907  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0006  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0906398  normal  0.0288361 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0030  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Pseudo-1  tRNA-OTHER  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.526537  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna38  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0012  tRNA-Ser  100 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0188639 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4609  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0017  tRNA-Ser  84.85 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>