More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_6641 on replicon NC_010553
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007953  Bxe_C0741  putative transposase IS30  94.55 
 
 
385 aa  739    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.18405  normal  0.376382 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6641  integrase catalytic region  100 
 
 
385 aa  790    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000123291 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6587  integrase catalytic region  99.48 
 
 
385 aa  784    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1238  integrase catalytic subunit  60.78 
 
 
386 aa  451  1e-125  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2225  integrase catalytic subunit  63.98 
 
 
370 aa  444  1e-123  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4334  Fis family transcriptional regulator  56.2 
 
 
386 aa  421  1e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1190  integrase  54.64 
 
 
386 aa  411  1e-114  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.216917  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1433  integrase catalytic subunit  55.32 
 
 
386 aa  409  1e-113  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3959  integrase catalytic subunit  55.32 
 
 
386 aa  409  1e-113  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4203  integrase  53.61 
 
 
386 aa  401  1e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3419  integrase catalytic region  55.84 
 
 
386 aa  402  1e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0492382  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2765  integrase catalytic subunit  52.41 
 
 
386 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.936307  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1692  integrase catalytic subunit  53.21 
 
 
380 aa  400  9.999999999999999e-111  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.204308  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1836  integrase catalytic subunit  53.21 
 
 
380 aa  399  9.999999999999999e-111  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.100026  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3350  Integrase catalytic region  52.49 
 
 
383 aa  389  1e-107  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3059  integrase catalytic subunit  57.06 
 
 
342 aa  390  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0490355 
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0022  IS30, transposase  52.23 
 
 
383 aa  389  1e-107  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2241  Integrase catalytic region  52.23 
 
 
383 aa  388  1e-106  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.954836  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3717  Integrase catalytic region  52.23 
 
 
383 aa  388  1e-106  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2254  integrase catalytic region  52.23 
 
 
383 aa  388  1e-106  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.173899  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0736  integrase catalytic region  52.23 
 
 
383 aa  388  1e-106  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2624  integrase catalytic region  52.23 
 
 
383 aa  388  1e-106  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.639858  hitchhiker  0.000399148 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1754  integrase catalytic region  52.21 
 
 
386 aa  374  1e-102  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.86382 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03536  IS30 transposase  52.34 
 
 
374 aa  351  1e-95  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.727826  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03481  hypothetical protein  52.34 
 
 
374 aa  351  1e-95  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.606707  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2677  transposase InsI for insertion sequence element IS30B/C/D  54.91 
 
 
354 aa  350  3e-95  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.151074  normal  0.0236339 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3408  putative transposase IS30  50.78 
 
 
320 aa  313  2.9999999999999996e-84  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4210  integrase  50.31 
 
 
326 aa  302  5.000000000000001e-81  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22920  transposase, IS30 family  49.07 
 
 
385 aa  299  4e-80  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.200558 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15120  transposase, IS30 family  49.07 
 
 
385 aa  298  1e-79  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0851499  normal  0.892726 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3082  integrase catalytic subunit  61.71 
 
 
253 aa  293  3e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3879  Integrase catalytic region  45.89 
 
 
457 aa  290  4e-77  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1842  Integrase catalytic region  45.89 
 
 
457 aa  289  5.0000000000000004e-77  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.112569  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1947  Integrase catalytic region  45.89 
 
 
457 aa  289  5.0000000000000004e-77  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.666461  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2697  Integrase catalytic region  45.89 
 
 
457 aa  289  5.0000000000000004e-77  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4055  Integrase catalytic region  45.89 
 
 
457 aa  289  5.0000000000000004e-77  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2955  Integrase catalytic region  45.89 
 
 
457 aa  289  5.0000000000000004e-77  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0298669  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3459  Integrase catalytic region  45.89 
 
 
457 aa  289  5.0000000000000004e-77  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00200761  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1134  Integrase catalytic region  45.89 
 
 
457 aa  289  5.0000000000000004e-77  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.34752  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1540  Integrase catalytic region  45.89 
 
 
457 aa  289  5.0000000000000004e-77  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.790818  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4088  Integrase catalytic region  45.89 
 
 
457 aa  289  5.0000000000000004e-77  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0690  Integrase catalytic region  49.23 
 
 
409 aa  288  2e-76  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0065  integrase catalytic subunit  40.27 
 
 
479 aa  286  4e-76  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0573  integrase catalytic subunit  40.27 
 
 
479 aa  286  4e-76  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2030  integrase catalytic subunit  40.27 
 
 
479 aa  286  4e-76  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4295  integrase catalytic subunit  49.84 
 
 
496 aa  285  7e-76  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0160339  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4381  integrase catalytic subunit  49.84 
 
 
525 aa  285  8e-76  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.272943  normal  0.570588 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4037  integrase catalytic subunit  49.84 
 
 
519 aa  285  9e-76  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.389495  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4673  integrase catalytic subunit  49.84 
 
 
519 aa  285  9e-76  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.546671 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4112  integrase catalytic subunit  49.84 
 
 
519 aa  285  9e-76  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.062727  normal  0.815886 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00500  transposase, IS30 family  40.23 
 
 
480 aa  285  1.0000000000000001e-75  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20930  transpose, IS30 family  40.23 
 
 
480 aa  285  1.0000000000000001e-75  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0614  integrase catalytic subunit  49.84 
 
 
519 aa  284  2.0000000000000002e-75  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.579787 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4676  integrase catalytic subunit  49.84 
 
 
519 aa  284  2.0000000000000002e-75  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.118167 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21080  transposase, IS30 family  40.32 
 
 
453 aa  282  6.000000000000001e-75  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.656818  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4426  integrase catalytic region  40 
 
 
465 aa  281  1e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.179177  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4468  integrase catalytic region  40 
 
 
465 aa  281  1e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3232  integrase catalytic subunit  40 
 
 
465 aa  281  1e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.495092 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3406  integrase catalytic region  40 
 
 
465 aa  281  1e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4666  integrase catalytic subunit  39.31 
 
 
474 aa  281  2e-74  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5505  integrase catalytic subunit  39.31 
 
 
474 aa  281  2e-74  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.334264  normal 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5906  integrase catalytic subunit  39.31 
 
 
474 aa  281  2e-74  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.872405  normal  0.876149 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4255  integrase catalytic region  40 
 
 
465 aa  280  3e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000703282 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4206  integrase catalytic region  40 
 
 
465 aa  280  3e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5603  integrase catalytic subunit  41.49 
 
 
437 aa  279  5e-74  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.155715  normal 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5827  integrase catalytic subunit  41.49 
 
 
437 aa  279  5e-74  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.382461 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5986  integrase catalytic subunit  41.49 
 
 
437 aa  279  5e-74  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00996112 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_6004  integrase catalytic subunit  41.49 
 
 
437 aa  279  5e-74  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000366902 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5430  integrase catalytic subunit  41.49 
 
 
414 aa  279  6e-74  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  normal  0.270049 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0893  integrase catalytic region  39.77 
 
 
465 aa  279  7e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.157444  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3475  hypothetical protein  42.22 
 
 
402 aa  278  1e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.214234 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6913  integrase catalytic region  40.53 
 
 
466 aa  275  8e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17810  transposase, IS30 family  41.33 
 
 
465 aa  274  2.0000000000000002e-72  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.749123 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0694  Integrase catalytic region  47.97 
 
 
421 aa  273  5.000000000000001e-72  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1446  integrase catalytic region  41.36 
 
 
466 aa  272  8.000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2801  integrase catalytic region  41.36 
 
 
466 aa  272  8.000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4006  integrase catalytic region  41.36 
 
 
466 aa  272  8.000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5592  integrase catalytic region  41.36 
 
 
466 aa  272  8.000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4011  integrase catalytic region  41.36 
 
 
466 aa  272  8.000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0582  integrase catalytic region  41.36 
 
 
466 aa  272  8.000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00633094 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3368  integrase catalytic region  41.36 
 
 
466 aa  272  8.000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2900  integrase catalytic region  41.36 
 
 
466 aa  272  8.000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6732  integrase catalytic region  41.36 
 
 
466 aa  272  8.000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.120235 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3807  integrase catalytic region  41.36 
 
 
466 aa  272  8.000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.123497  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1496  integrase catalytic region  41.36 
 
 
466 aa  272  8.000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1723  integrase catalytic region  41.36 
 
 
466 aa  272  8.000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0560  IS30 family transposase  46.18 
 
 
423 aa  271  1e-71  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.404036  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1270  IS30 family transposase  46.18 
 
 
423 aa  271  1e-71  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0058  IS30 family transposase  46.18 
 
 
423 aa  271  1e-71  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0508  IS30 family transposase  46.18 
 
 
423 aa  271  1e-71  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0255  IS30 family transposase  46.18 
 
 
423 aa  271  1e-71  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.455504  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3555  Integrase catalytic region  46.93 
 
 
317 aa  270  2e-71  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0003326  hitchhiker  0.00163359 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2519  integrase catalytic region  41.32 
 
 
481 aa  269  5e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.352374  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4467  integrase catalytic region  39.64 
 
 
466 aa  268  8.999999999999999e-71  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1531  integrase catalytic subunit  45.51 
 
 
399 aa  263  4.999999999999999e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.205612  normal  0.437676 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4654  integrase catalytic subunit  45.51 
 
 
399 aa  263  4.999999999999999e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.432524  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0859  Integrase catalytic region  48.17 
 
 
334 aa  261  1e-68  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.54684 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5361  Integrase catalytic region  48.17 
 
 
334 aa  261  1e-68  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4773  Integrase catalytic region  48.17 
 
 
334 aa  261  1e-68  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0481  integrase catalytic subunit  44.97 
 
 
401 aa  255  9e-67  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.103123 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>