More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_6374 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
313 aa  630  1e-179  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  98.72 
 
 
316 aa  595  1e-169  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  86.86 
 
 
322 aa  555  1e-157  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  91.06 
 
 
305 aa  541  1e-153  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  90.1 
 
 
305 aa  536  1e-151  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  91.92 
 
 
307 aa  533  1e-150  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  88.27 
 
 
307 aa  525  1e-148  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  88.6 
 
 
307 aa  526  1e-148  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  88.27 
 
 
307 aa  525  1e-148  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6009  LysR family transcriptional regulator  87.13 
 
 
322 aa  497  1e-140  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.853275 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  69.93 
 
 
304 aa  419  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  67.11 
 
 
312 aa  419  1e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  66.44 
 
 
302 aa  408  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  65.12 
 
 
302 aa  409  1e-113  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  65.28 
 
 
300 aa  399  1e-110  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  64.71 
 
 
306 aa  395  1e-109  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0298  LysR family transcriptional regulator  62.42 
 
 
313 aa  380  1e-104  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.202952 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3181  LysR family transcriptional regulator  57.14 
 
 
299 aa  356  3e-97  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  54.2 
 
 
297 aa  334  1e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  54.2 
 
 
297 aa  334  1e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  54.2 
 
 
297 aa  334  1e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  54.2 
 
 
297 aa  332  7e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  53.15 
 
 
297 aa  327  1e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  54.18 
 
 
305 aa  327  1e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  51.84 
 
 
305 aa  312  4e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  48.52 
 
 
305 aa  300  2e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  48.52 
 
 
305 aa  300  2e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  48.52 
 
 
305 aa  300  3e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  51.32 
 
 
307 aa  297  1e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  52.07 
 
 
307 aa  298  1e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4412  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 
300 aa  275  6e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.481295  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  43.94 
 
 
317 aa  274  1e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  1.30864e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  43.6 
 
 
317 aa  273  2e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  43.6 
 
 
317 aa  273  2e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  43.6 
 
 
317 aa  273  2e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  43.6 
 
 
317 aa  273  2e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  43.25 
 
 
317 aa  273  3e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  43.25 
 
 
317 aa  271  8e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  44.91 
 
 
298 aa  264  1e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2547  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 
310 aa  243  4e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.372947 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0162  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 
302 aa  240  3e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  38.36 
 
 
298 aa  223  4e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5168  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 
298 aa  218  7e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5029  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 
295 aa  216  5e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.534863  normal  0.59636 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3338  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 
295 aa  216  5e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.714315  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4776  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 
298 aa  215  6e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3391  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 
298 aa  215  6e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.279491  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4125  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 
298 aa  215  6e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0971923 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3330  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 
298 aa  215  9e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.718277 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5255  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 
295 aa  213  3e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.294771  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2806  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 
296 aa  212  5e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.521552  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4958  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 
295 aa  210  2e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.468232 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4438  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 
295 aa  210  3e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000948245 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6028  LysR family transcriptional regulator  40.49 
 
 
300 aa  204  1e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.171858  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  37.99 
 
 
305 aa  191  2e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  39.08 
 
 
300 aa  189  8e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 
300 aa  188  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 
300 aa  187  3e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 
300 aa  185  8e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4128  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 
315 aa  182  7e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 
300 aa  182  9e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 
300 aa  182  9e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 
300 aa  182  9e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 
300 aa  182  9e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  9.07778e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 
300 aa  182  9e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  39.79 
 
 
300 aa  182  9e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 
300 aa  182  9e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 
300 aa  179  5e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 
300 aa  179  5e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.41 
 
 
304 aa  178  9e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4012  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 
298 aa  178  1e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3441  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 
306 aa  177  3e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.985803  hitchhiker  0.000545962 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 
300 aa  176  3e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 
302 aa  173  3e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 
301 aa  172  5e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  4.54001e-05 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2789  OsmT protein  34.42 
 
 
308 aa  172  7e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2568  OsmT protein  34.42 
 
 
308 aa  172  7e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0008695  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2683  OsmT protein  34.42 
 
 
308 aa  172  7e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.567691  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2617  OsmT protein  34.42 
 
 
308 aa  172  9e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  34.09 
 
 
308 aa  170  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0712  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 
299 aa  170  4e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 
299 aa  169  5e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3236  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.45 
 
 
296 aa  169  7e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2537  transcription regulator transcription regulator protein  37.59 
 
 
297 aa  168  9e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.566586 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3955  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.87 
 
 
313 aa  168  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
298 aa  168  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 
297 aa  165  9e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1470  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 
300 aa  165  1e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193795  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 
299 aa  164  2e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4635  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 
300 aa  163  4e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.646338  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1494  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 
300 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1013  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 
300 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2760  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 
302 aa  161  1e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00129755  normal  0.164001 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2504  transcriptional regulator, LysR family  32.62 
 
 
298 aa  161  1e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
298 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1911  transcriptional regulator, LysR family  31.46 
 
 
310 aa  161  1e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4050  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 
308 aa  161  1e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
298 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3165  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 
299 aa  160  2e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  3.92866e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18480  transcriptional regulator  35.47 
 
 
309 aa  160  2e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>