More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_6272 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008392  Bamb_6558  RND efflux system outer membrane lipoprotein  91.71 
 
 
591 aa  946  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1281  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  88.6 
 
 
561 aa  874  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.183207  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1620  Outer membrane protein  73.63 
 
 
565 aa  682  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6550  RND efflux system outer membrane lipoprotein  88.42 
 
 
561 aa  872  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.984668  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1798  hypothetical protein  72.87 
 
 
569 aa  680  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6272  RND efflux system outer membrane lipoprotein  100 
 
 
558 aa  1087  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.397121 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1641  NodT family efflux transporter outer membrane lipoprotein  72.87 
 
 
569 aa  680  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  64.39 
 
 
547 aa  640  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6156  RND efflux system outer membrane lipoprotein  88.97 
 
 
560 aa  883  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0572523 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5523  RND efflux system outer membrane lipoprotein  87.12 
 
 
576 aa  795  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0471  efflux system protein  72.07 
 
 
514 aa  501  1e-140  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1405  hypothetical protein  72.07 
 
 
514 aa  501  1e-140  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.52 
 
 
525 aa  370  1e-101  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  44.36 
 
 
532 aa  367  1e-100  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0133401  normal  0.268883 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2435  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  41.2 
 
 
500 aa  356  5e-97  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164231 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2502  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.3 
 
 
533 aa  348  2e-94  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.568762  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  41.02 
 
 
479 aa  343  5e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.32 
 
 
513 aa  342  8e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  40.65 
 
 
479 aa  342  1e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.62 
 
 
512 aa  340  3e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4998  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.08 
 
 
515 aa  340  5e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.824643 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1702  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.58 
 
 
521 aa  323  5e-87  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2305  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.34 
 
 
517 aa  321  2e-86  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0155955 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4486  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  39.48 
 
 
512 aa  316  6e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1155  MFS efflux system, outer membrane porin  42.29 
 
 
511 aa  315  2e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159689  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.76 
 
 
511 aa  314  3e-84  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5243  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.49 
 
 
537 aa  313  6e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.727139  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.18 
 
 
483 aa  306  5e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.81 
 
 
484 aa  304  3e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.89 
 
 
483 aa  303  4e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.81 
 
 
484 aa  302  1e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.53 
 
 
497 aa  301  2e-80  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.67 
 
 
483 aa  295  1e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  36.29 
 
 
503 aa  291  2e-77  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  37.02 
 
 
479 aa  289  9e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0563  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.87 
 
 
519 aa  287  4e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  34.56 
 
 
479 aa  281  2e-74  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  33.98 
 
 
489 aa  280  3e-74  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1818  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.21 
 
 
482 aa  280  6e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.332659  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1737  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.8 
 
 
509 aa  275  2e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  37.1 
 
 
512 aa  274  3e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  35.45 
 
 
520 aa  271  2e-71  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.22 
 
 
509 aa  267  3e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.52 
 
 
483 aa  267  3e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.78 
 
 
502 aa  266  7e-70  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  33.59 
 
 
569 aa  264  4e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3378  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.41 
 
 
470 aa  261  2e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.469197 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.44 
 
 
501 aa  260  4e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2159  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.43 
 
 
529 aa  259  6e-68  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.43 
 
 
482 aa  256  7e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2526  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.61 
 
 
504 aa  255  2e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.81 
 
 
493 aa  252  1e-65  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.64 
 
 
494 aa  251  2e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0284  outer membrane efflux family protein  32.22 
 
 
518 aa  247  3e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.552621  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1666  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.33 
 
 
546 aa  245  1e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.13133 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1914  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.77 
 
 
531 aa  244  2e-63  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000272629  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1362  outer membrane efflux family protein  32.58 
 
 
558 aa  241  3e-62  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0143  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.58 
 
 
541 aa  240  4e-62  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.302016 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.96 
 
 
518 aa  240  5e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00901  multidrug resistance efflux pump protein  37.7 
 
 
495 aa  240  5e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.707111 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1101  outer membrane protein  32.3 
 
 
470 aa  240  6e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3157  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.58 
 
 
480 aa  239  9e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2193  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.05 
 
 
495 aa  239  9e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126086  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3274  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.44 
 
 
495 aa  239  1e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3793  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.72 
 
 
495 aa  238  2e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.351966 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.8 
 
 
486 aa  234  3e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1591  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.62 
 
 
481 aa  234  3e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  2.92967e-07 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.79 
 
 
471 aa  233  5e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.79 
 
 
471 aa  233  6e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.59 
 
 
471 aa  233  7e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  33.27 
 
 
504 aa  231  2e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3560  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.84 
 
 
493 aa  230  5e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2446  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.59 
 
 
471 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177234  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2451  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.02 
 
 
514 aa  228  2e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6027  nodulation protein T precursor  32.04 
 
 
483 aa  228  2e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4467  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.66 
 
 
495 aa  228  3e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.419427  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3628  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.66 
 
 
495 aa  228  3e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.399788  normal  0.615306 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.66 
 
 
495 aa  228  3e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.624231 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3447  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.52 
 
 
477 aa  227  4e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.689762 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0630  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.46 
 
 
569 aa  226  8e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00465168 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0034  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.98 
 
 
538 aa  226  8e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.677331 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.4 
 
 
465 aa  225  2e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2663  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.14 
 
 
496 aa  223  5e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.33 
 
 
489 aa  223  5e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1407  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.32 
 
 
488 aa  223  8e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.380774 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4187  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.48 
 
 
504 aa  223  1e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.164619  normal  0.718277 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3709  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.75 
 
 
500 aa  221  2e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2582  hypothetical protein  28.71 
 
 
520 aa  221  2e-56  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3581  outer membrane protein OprN precursor  36.28 
 
 
499 aa  221  2e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1728  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.86 
 
 
509 aa  221  4e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.141114  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0105  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.33 
 
 
457 aa  220  4e-56  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.265235  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1570  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.62 
 
 
473 aa  220  4e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1740  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.98 
 
 
517 aa  220  7e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2179  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.79 
 
 
462 aa  219  7e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.159854  normal  0.0708517 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1415  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  35.33 
 
 
520 aa  219  8e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.96 
 
 
496 aa  219  9e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.96 
 
 
496 aa  219  9e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.68 
 
 
504 aa  219  9e-56  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5379  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.07 
 
 
482 aa  219  1e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.320478  normal  0.694464 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4150  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.95 
 
 
472 aa  218  2e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>