More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_6130 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  608  1e-173  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  608  1e-173  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  54.27 
 
 		 310 aa  318  6e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2223  LysR family transcriptional regulator  47 
 
 		 313 aa  266  4e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3026  LysR family transcriptional regulator  46.33 
 
 		 313 aa  263  3e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1527  LysR family transcriptional regulator  46 
 
 		 313 aa  262  4e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0345  LysR family transcriptional regulator  46 
 
 		 313 aa  262  4e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.476042  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0378  LysR family transcriptional regulator  46 
 
 		 313 aa  262  4e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1717  LysR family transcriptional regulator  46 
 
 		 313 aa  262  4e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0449608  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2911  LysR family transcriptional regulator  46.33 
 
 		 333 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.960464  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1258  LysR family transcriptional regulator  46 
 
 		 313 aa  261  1e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 332 aa  204  2e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 301 aa  192  7e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 308 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 334 aa  188  9e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 307 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 308 aa  185  7e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 308 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  34.29 
 
 		 326 aa  183  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 309 aa  183  3e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 323 aa  183  3e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  36.16 
 
 		 323 aa  183  4.0000000000000006e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 333 aa  182  5.0000000000000004e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 312 aa  182  6e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  35.18 
 
 		 321 aa  181  1e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 305 aa  179  2.9999999999999997e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  33.77 
 
 		 310 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  35.31 
 
 		 305 aa  179  4e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  35.31 
 
 		 305 aa  179  4e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 307 aa  179  7e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  36.33 
 
 		 302 aa  178  9e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 315 aa  178  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 311 aa  177  2e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  33.78 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 310 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 313 aa  177  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  35.43 
 
 		 314 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 322 aa  176  3e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 314 aa  176  3e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  35.43 
 
 		 314 aa  177  3e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  34.67 
 
 		 309 aa  177  3e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 432 aa  176  3e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 301 aa  176  3e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 318 aa  176  4e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 299 aa  176  6e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 323 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.46 
 
 		 300 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.24 
 
 		 309 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0100  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 318 aa  173  2.9999999999999996e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183121  normal  0.148828 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 298 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  36.7 
 
 		 309 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 323 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 314 aa  172  5.999999999999999e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  32.33 
 
 		 300 aa  172  6.999999999999999e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  34.92 
 
 		 309 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 345 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 320 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 342 aa  171  1e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 320 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  35.99 
 
 		 318 aa  170  2e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 309 aa  170  3e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 311 aa  169  4e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 307 aa  169  5e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 306 aa  169  6e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  33.23 
 
 		 314 aa  169  6e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 305 aa  169  6e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 301 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 319 aa  167  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  32.91 
 
 		 322 aa  167  2e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 320 aa  167  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 321 aa  167  2e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1595  transcriptional regulator, LysR family  34.84 
 
 		 313 aa  166  4e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.654422  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 306 aa  166  5e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1482  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 313 aa  166  5.9999999999999996e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0547838 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 317 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1292  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 309 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 318 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2322  transcriptional regulator, LysR family  35.76 
 
 		 310 aa  165  8e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.390658 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1869  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 309 aa  165  8e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0145349 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 		 304 aa  165  8e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1942  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 309 aa  165  8e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.247873  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  34.25 
 
 		 304 aa  165  9e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 307 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 331 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1937  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 310 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>