More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_6024 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008061  Bcen_4880  extracellular solute-binding protein  97.5 
 
 
412 aa  803  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3285  extracellular solute-binding protein  97.5 
 
 
412 aa  803  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6024  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
412 aa  843  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6324  extracellular solute-binding protein  99.03 
 
 
412 aa  836  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2351  extracellular solute-binding protein  64.78 
 
 
421 aa  544  1e-153  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576024  normal  0.167209 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4586  extracellular solute-binding protein family 1  62.78 
 
 
417 aa  540  1e-152  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.947174 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4932  extracellular solute-binding protein  62.53 
 
 
419 aa  527  1e-148  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0556288 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5658  extracellular solute-binding protein  61.63 
 
 
420 aa  526  1e-148  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0866592  normal  0.356633 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5201  extracellular solute-binding protein  61.63 
 
 
420 aa  526  1e-148  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3196  extracellular solute-binding protein  62.82 
 
 
419 aa  527  1e-148  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.461238  normal  0.154514 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4577  extracellular solute-binding protein  62.66 
 
 
419 aa  525  1e-148  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00216886 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5487  extracellular solute-binding protein  62.82 
 
 
419 aa  527  1e-148  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  decreased coverage  8.66815e-05 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2016  extracellular solute-binding protein  41.09 
 
 
408 aa  321  1e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00148299  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2008  ABC transporter extracellular solute-binding protein  38.2 
 
 
408 aa  313  3e-84  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.247518  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5736  ABC transporter, substrate-binding protein  39.46 
 
 
410 aa  305  9e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.214535  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1010  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  37.17 
 
 
380 aa  290  2e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.283496  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1184  ABC transporter, substrate-binding protein  37.44 
 
 
413 aa  284  2e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.186568  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2818  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  38.07 
 
 
399 aa  283  4e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20520  extracellular solute-binding protein family 1  37.6 
 
 
417 aa  278  2e-73  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.561553  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0626  extracellular solute-binding protein  38.77 
 
 
408 aa  275  8e-73  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  8.92518e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2572  extracellular solute-binding protein  34.95 
 
 
414 aa  272  7e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3483  extracellular solute-binding protein  36.65 
 
 
417 aa  272  8e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2391  extracellular solute-binding protein family 1  39.32 
 
 
422 aa  272  9e-72  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.436445  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1248  extracellular solute-binding protein family 1  36.69 
 
 
414 aa  266  5e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.494424  normal  0.639356 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3838  extracellular solute-binding protein  34.81 
 
 
420 aa  246  7e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.754768  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2652  extracellular solute-binding protein family 1  35.67 
 
 
424 aa  242  9e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.142803  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2327  extracellular solute-binding protein family 1  35.96 
 
 
424 aa  239  7e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.169538  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0616  extracellular solute-binding protein family 1  28.5 
 
 
432 aa  172  8e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0940  extracellular solute-binding protein family 1  29.64 
 
 
441 aa  172  1e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.558741 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3469  extracellular solute-binding protein family 1  28.49 
 
 
446 aa  170  4e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1001  extracellular solute-binding protein family 1  26.92 
 
 
427 aa  153  5e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.628257  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7922  extracellular solute-binding protein family 1  29.59 
 
 
445 aa  145  1e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2659  extracellular solute-binding protein family 1  32.67 
 
 
495 aa  140  4e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0361435  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4906  extracellular solute-binding protein family 1  25.37 
 
 
438 aa  136  6e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.507884  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3169  extracellular solute-binding protein family 1  27.87 
 
 
445 aa  134  3e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.187022 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3985  extracellular solute-binding protein  25.98 
 
 
631 aa  133  6e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0580929  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3379  extracellular solute-binding protein  28.65 
 
 
445 aa  131  2e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3251  extracellular solute-binding protein family 1  31.58 
 
 
427 aa  117  3e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.829082  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2999  extracellular solute-binding protein  28.26 
 
 
419 aa  112  2e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.662901  hitchhiker  3.95876e-05 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1874  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  28.07 
 
 
427 aa  111  2e-23  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0756635  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3054  extracellular solute-binding protein family 1  29.26 
 
 
429 aa  108  1e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0183103 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4017  extracellular solute-binding protein  29.58 
 
 
435 aa  108  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2049  extracellular solute-binding protein  29.62 
 
 
435 aa  103  6e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2703  extracellular solute-binding protein family 1  29.04 
 
 
423 aa  102  1e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.830349  normal  0.531916 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3041  extracellular solute-binding protein  30.25 
 
 
429 aa  102  2e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.887996  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0090  extracellular solute-binding protein  27.68 
 
 
441 aa  102  2e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.214251  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0200  extracellular solute-binding protein family 1  25.68 
 
 
441 aa  100  4e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3409  extracellular solute-binding protein  27.24 
 
 
451 aa  100  6e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  5.53575e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2325  extracellular solute-binding protein family 1  27.96 
 
 
444 aa  97.4  4e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0032194  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3155  extracellular solute-binding protein family 1  24.35 
 
 
434 aa  97.1  6e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3304  extracellular solute-binding protein family 1  25.16 
 
 
431 aa  95.9  1e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3587  extracellular solute-binding protein family 1  27.78 
 
 
441 aa  95.9  1e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.935518  normal  0.988969 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2404  extracellular solute-binding protein family 1  26.09 
 
 
424 aa  95.1  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000132449  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2345  extracellular solute-binding protein family 1  27.82 
 
 
424 aa  95.1  2e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.822896  normal  0.413258 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2936  extracellular solute-binding protein family 1  23.82 
 
 
447 aa  95.5  2e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.322365 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5137  extracellular solute-binding protein  26 
 
 
433 aa  95.5  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.319423  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3573  extracellular solute-binding protein family 1  27.84 
 
 
441 aa  92.4  1e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.862573  normal  0.0197328 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1529  extracellular solute-binding protein  26.76 
 
 
439 aa  92.4  1e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2762  extracellular solute-binding protein  32.22 
 
 
431 aa  92.4  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2716  extracellular solute-binding protein family 1  23.92 
 
 
441 aa  91.7  2e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0477  extracellular solute-binding protein family 1  28.85 
 
 
432 aa  91.3  3e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.838392  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1619  putative sugar-binding lipoprotein  30.15 
 
 
434 aa  91.3  3e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.195944  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0944  extracellular solute-binding protein  28.85 
 
 
422 aa  91.3  3e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.544942  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3052  extracellular solute-binding protein family 1  28.76 
 
 
427 aa  90.5  4e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.854825  normal  0.208902 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2696  extracellular solute-binding protein  27.51 
 
 
420 aa  89.7  9e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.240659  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23430  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.76 
 
 
435 aa  89  1e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.969599  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8236  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  24.07 
 
 
434 aa  89  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.953199  normal  0.764848 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1808  extracellular solute-binding protein family 1  24.38 
 
 
414 aa  88.2  3e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3985  putative ABC sugar transporter (substrate binding protein)  26.6 
 
 
419 aa  87.8  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0069  extracellular solute-binding protein family 1  24.72 
 
 
448 aa  87.8  3e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1924  extracellular solute-binding protein  24.41 
 
 
415 aa  87.4  4e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.121968  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11540  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  28.21 
 
 
428 aa  86.7  7e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0159385 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2950  extracellular solute-binding protein  28.82 
 
 
435 aa  86.3  9e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.110397  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1301  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  23.16 
 
 
441 aa  85.9  1e-15  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2265  extracellular solute-binding protein family 1  23.04 
 
 
418 aa  85.5  1e-15  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1866  extracellular solute-binding protein family 1  28.57 
 
 
434 aa  86.3  1e-15  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6933  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  30.56 
 
 
412 aa  85.9  1e-15  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0038808  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1685  extracellular solute-binding protein family 1  29.1 
 
 
434 aa  86.3  1e-15  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3657  sugar ABC transporter, substrate-binding protein  26.45 
 
 
423 aa  84.3  3e-15  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0434  extracellular solute-binding protein  24.3 
 
 
452 aa  84  5e-15  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.396307 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2083  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  26.61 
 
 
412 aa  83.2  8e-15  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.206037  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0972  extracellular solute-binding protein family 1  26.37 
 
 
442 aa  83.2  9e-15  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0353052 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13140  extracellular solute-binding protein family 1  26.29 
 
 
424 aa  82.8  1e-14  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2072  extracellular solute-binding protein family 1  26.25 
 
 
431 aa  82.8  1e-14  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  2.38529e-08  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01550  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.95 
 
 
438 aa  82.8  1e-14  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1105  extracellular solute-binding protein family 1  24.92 
 
 
442 aa  82  2e-14  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.314126  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5887  extracellular solute-binding protein family 1  26.18 
 
 
412 aa  80.1  6e-14  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1126  extracellular solute-binding protein family 1  27.52 
 
 
433 aa  79.7  1e-13  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.162135  hitchhiker  0.000581091 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3860  extracellular solute-binding protein family 1  25.71 
 
 
463 aa  79  1e-13  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.952749  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1174  extracellular solute-binding protein  25.31 
 
 
455 aa  79  1e-13  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.273661  normal  0.401546 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5673  extracellular solute-binding protein family 1  24.62 
 
 
435 aa  79  1e-13  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0285739  normal  0.0925972 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0818  extracellular solute-binding protein  23.25 
 
 
415 aa  79.3  1e-13  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4936  extracellular solute-binding protein family 1  25.71 
 
 
463 aa  79  1e-13  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.105521 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0621  extracellular solute-binding protein  27.04 
 
 
427 aa  79  1e-13  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.178997  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5027  extracellular solute-binding protein family 1  27.57 
 
 
434 aa  78.6  2e-13  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0894368  normal  0.625584 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09490  extracellular solute-binding protein family 1  29.46 
 
 
424 aa  78.6  2e-13  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  2.48456e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0168  extracellular solute-binding protein family 1  25.19 
 
 
412 aa  77.8  3e-13  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1999  extracellular solute-binding protein family 1  22.33 
 
 
468 aa  78.2  3e-13  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3600  extracellular solute-binding protein family 1  24.91 
 
 
425 aa  77.8  3e-13  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1094  extracellular solute-binding protein  28.61 
 
 
434 aa  77.4  4e-13  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.161365  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>