More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5877 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010557  BamMC406_5877  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
313 aa  620  1e-176  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.673502  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6135  LysR family transcriptional regulator  91.53 
 
 
317 aa  528  1e-149  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.120476  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5627  transcriptional regulator, LysR family  89.97 
 
 
317 aa  528  1e-149  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6018  LysR family transcriptional regulator  80.39 
 
 
306 aa  457  1e-128  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.550846  normal  0.605819 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6300  LysR family transcriptional regulator  78.53 
 
 
313 aa  460  1e-128  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5149  LysR family transcriptional regulator  70.03 
 
 
308 aa  414  1e-115  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.785397  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3132  transcriptional regulator, LysR family  68.2 
 
 
308 aa  392  1e-108  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.168013  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2501  LysR family transcriptional regulator  63.84 
 
 
308 aa  387  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.507839 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5279  LysR family transcriptional regulator  70.82 
 
 
308 aa  384  1e-105  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.328918  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0751  LysR family transcriptional regulator  60 
 
 
308 aa  352  4e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000639538  normal  0.380791 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0812  LysR family transcriptional regulator  60 
 
 
308 aa  352  4e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0254349  normal  0.598657 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0739  LysR-family transcriptional regulator  60 
 
 
308 aa  352  4e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  5.0568e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0848  LysR-family transcriptional regulator  60 
 
 
308 aa  352  4e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00362304  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3816  LysR family transcriptional regulator  60.65 
 
 
310 aa  352  5e-96  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.898253 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0799  LysR family transcriptional regulator  59.67 
 
 
308 aa  350  3e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00821953  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4206  LysR family transcriptional regulator  57.05 
 
 
316 aa  329  3e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.46291  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0637  LysR family transcriptional regulator  59.68 
 
 
310 aa  329  4e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3859  LysR family transcriptional regulator  55.08 
 
 
308 aa  327  2e-88  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207692 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0795  LysR family transcriptional regulator  53.77 
 
 
320 aa  317  2e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3414  transcriptional regulator, LysR family  54.92 
 
 
324 aa  309  4e-83  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4069  LysR family transcriptional regulator  54.92 
 
 
324 aa  308  6e-83  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2084  LysR family transcriptional regulator  53.5 
 
 
323 aa  308  8e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.911939  normal  0.0802538 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8569  transcriptional regulator, LysR family  39.56 
 
 
316 aa  213  3e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  37.86 
 
 
316 aa  196  5e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 
316 aa  195  8e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 
335 aa  183  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  36.19 
 
 
312 aa  178  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 
328 aa  172  7e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0476  LysR family transcriptional regulator  35.6 
 
 
319 aa  151  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2270  nitrogen assimilation transcriptional regulator  35.77 
 
 
305 aa  150  3e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  4.1726e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1136  nitrogen assimilation transcriptional regulator  35.77 
 
 
305 aa  150  3e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  1.90292e-08  hitchhiker  0.000106963 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0970  nitrogen assimilation transcriptional regulator  35.77 
 
 
307 aa  150  3e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  2.43153e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6361  nitrogen assimilation transcriptional regulator  38.55 
 
 
323 aa  150  4e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 
320 aa  149  5e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1667  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 
305 aa  149  8e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  4.20428e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01887  hypothetical protein  35.37 
 
 
305 aa  149  8e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0017445  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01898  DNA-binding transcriptional dual regulator of nitrogen assimilation  35.37 
 
 
305 aa  149  8e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0024282  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2832  nitrogen assimilation transcriptional regulator  35.77 
 
 
305 aa  149  8e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  5.72709e-09  normal  0.465707 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2111  nitrogen assimilation transcriptional regulator  35.37 
 
 
305 aa  148  1e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.1125e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1657  nitrogen assimilation transcriptional regulator  35.37 
 
 
305 aa  148  1e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000208245  hitchhiker  0.00930832 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2564  nitrogen assimilation transcriptional regulator  36.18 
 
 
305 aa  147  3e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000767636  normal  0.0977076 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1195  transcriptional regulator, LysR family  31.02 
 
 
339 aa  143  3e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.279757  normal  0.378839 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7661  transcriptional regulator LysR family  32.67 
 
 
301 aa  143  4e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  32.9 
 
 
318 aa  143  5e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 
325 aa  141  1e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  33.76 
 
 
324 aa  141  1e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 
310 aa  141  1e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  32.68 
 
 
331 aa  139  7e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0464  transcriptional regulator, LysR family  33.86 
 
 
316 aa  137  3e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6369  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 
301 aa  136  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120934  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4550  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 
306 aa  135  7e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.597489  normal  0.103743 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6344  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 
310 aa  135  9e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0942  nitrogen assimilation transcriptional regulator  38.8 
 
 
313 aa  135  9e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.787087 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  33.87 
 
 
303 aa  134  1e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2923  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  35.77 
 
 
302 aa  134  2e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00510012  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 
345 aa  134  2e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 
302 aa  134  2e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 
320 aa  134  2e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3129  nitrogen assimilation transcriptional regulator  32.26 
 
 
307 aa  134  3e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  33.6 
 
 
311 aa  133  4e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
341 aa  132  1e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2999  LysR family transcriptional regulator  35.51 
 
 
305 aa  128  1e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0222348  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3202  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 
333 aa  128  2e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 
329 aa  128  2e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0273  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 
295 aa  127  2e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 
306 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 
332 aa  127  3e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 
313 aa  126  5e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
306 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
306 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2004  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 
304 aa  125  1e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1501  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.64 
 
 
312 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.729326  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 
306 aa  124  3e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1631  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 
311 aa  124  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 
309 aa  122  5e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0798  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
305 aa  122  5e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0330  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
336 aa  122  9e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  29.51 
 
 
319 aa  122  1e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4023  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 
309 aa  120  2e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.34925  normal  0.83755 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4789  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 
308 aa  120  2e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7653  Transcriptional regulator  33.44 
 
 
299 aa  120  3e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4731  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 
307 aa  119  5e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2590  nitrogen assimilation transcriptional regulator  31.3 
 
 
307 aa  119  5e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2188  transcriptional regulator, LysR family  31.56 
 
 
329 aa  119  7e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2070  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 
328 aa  119  8e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.518674  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5891  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 
302 aa  118  1e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.504448  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2079  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 
303 aa  118  2e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843078  normal  0.804372 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 
309 aa  117  2e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.07 
 
 
307 aa  117  2e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1309  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 
308 aa  117  2e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.220752 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4600  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 
297 aa  115  7e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3715  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 
304 aa  115  1e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.782463  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1366  LysR family transcriptional regulator  32.93 
 
 
292 aa  115  1e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.320453 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2178  transcriptional regulator, LysR family  31.45 
 
 
307 aa  114  2e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4059  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 
315 aa  114  2e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 
301 aa  113  3e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  3.15182e-05  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4360  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 
299 aa  113  4e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.623991  normal  0.557987 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2051  transcriptional regulator, LysR family  31.05 
 
 
300 aa  112  5e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.183116  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1743  transcriptional regulator, LysR family  31.05 
 
 
300 aa  112  5e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.854551 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5111  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 
297 aa  112  9e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>