More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5716 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010557  BamMC406_5716  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  100 
 
 
622 aa  1226    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.610944  normal  0.678998 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3069  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  67.2 
 
 
609 aa  776    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0869014  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5424  redoxin domain-containing protein  73.63 
 
 
604 aa  863    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6664  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  90.69 
 
 
623 aa  1060    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0960267  normal  0.0511098 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5356  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  86.12 
 
 
626 aa  1035    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.363536  normal  0.314037 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2277  Redoxin domain protein  61.32 
 
 
591 aa  712    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.182569  normal  0.459267 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0814  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  59.23 
 
 
589 aa  637    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0629136  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4497  Redoxin domain protein  73.7 
 
 
691 aa  910    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0816  putative transmembrane protein  72.33 
 
 
622 aa  862    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.420472 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1170  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  70.9 
 
 
596 aa  839    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.623408 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1587  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  90.53 
 
 
619 aa  1056    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2053  Redoxin domain protein  61.28 
 
 
589 aa  700    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0186949  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6720  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  89.73 
 
 
619 aa  1048    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5960  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  97.92 
 
 
625 aa  1142    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.690095 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6244  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  90.53 
 
 
619 aa  1056    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.681017  normal  0.800108 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5325  redoxin domain-containing protein  60.83 
 
 
592 aa  727    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.472956 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3908  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  59.71 
 
 
598 aa  629  1e-179  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0468  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  56.21 
 
 
589 aa  627  1e-178  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00332396  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5033  redoxin domain-containing protein  56.02 
 
 
581 aa  608  9.999999999999999e-173  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.807705  normal  0.724504 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4426  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  59.36 
 
 
596 aa  600  1e-170  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0539  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  60.27 
 
 
435 aa  495  9.999999999999999e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0868  Redoxin domain protein  56.87 
 
 
469 aa  476  1e-133  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0515  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  50.16 
 
 
576 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.136592  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0311  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  49.8 
 
 
466 aa  462  1e-129  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.359191  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0299  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  52.56 
 
 
466 aa  461  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.257762  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2089  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  47.22 
 
 
404 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.770973  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5707  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  47.52 
 
 
403 aa  396  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.911728  normal  0.326453 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0074  thioredoxin-like protein  53.94 
 
 
381 aa  355  2e-96  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.246531  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3496  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  33.18 
 
 
570 aa  259  9e-68  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.40474  normal  0.105344 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12889  integral membrane C-type cytochrome biogenesis protein dipZ  31.8 
 
 
695 aa  258  2e-67  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17110  cytochrome c biogenesis protein  29.91 
 
 
659 aa  208  2e-52  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.473762  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2405  redoxin domain protein  61.38 
 
 
178 aa  207  4e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1911  redoxin domain-containing protein  58.94 
 
 
184 aa  206  9e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.58722  normal  0.231287 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3290  redoxin domain-containing protein  59.31 
 
 
178 aa  205  2e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.680402  normal  0.588727 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0817  redoxin domain-containing protein  34.76 
 
 
369 aa  201  3.9999999999999996e-50  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.234537 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2010  redoxin domain-containing protein  57.93 
 
 
178 aa  199  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4602  Redoxin domain protein  57.69 
 
 
188 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6172  Redoxin domain protein  60.56 
 
 
187 aa  197  7e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3911  hypothetical protein  55.35 
 
 
189 aa  194  3e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0397  hypothetical protein  58.04 
 
 
193 aa  187  4e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.325766 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4169  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  48.63 
 
 
200 aa  187  6e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5686  redoxin domain-containing protein  54.84 
 
 
186 aa  182  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.131775 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3111  redoxin  55.63 
 
 
193 aa  182  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5256  redoxin domain-containing protein  55.63 
 
 
193 aa  182  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5017  redoxin domain-containing protein  55.63 
 
 
193 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.150202  normal  0.769586 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4615  redoxin domain-containing protein  56.74 
 
 
197 aa  181  4.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5143  redoxin domain-containing protein  56.03 
 
 
197 aa  177  4e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00131261  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3458  redoxin domain-containing protein  58.02 
 
 
193 aa  171  3e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.255545  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1839  hypothetical protein  43.2 
 
 
249 aa  131  4.0000000000000003e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4099  NHL repeat containing protein  42.45 
 
 
581 aa  120  4.9999999999999996e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.649178  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1286  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  37.59 
 
 
493 aa  113  1.0000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3670  NHL repeat-containing protein  36.24 
 
 
503 aa  110  8.000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38790  Peroxiredoxin  40.6 
 
 
644 aa  105  2e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.605672 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25270  NHL repeat protein  38.41 
 
 
697 aa  105  2e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.671028  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1280  NHL repeat-containing protein  32.02 
 
 
504 aa  100  9e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.164299  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19090  thiol-disulfide isomerase-like thioredoxin  39.55 
 
 
699 aa  97.4  7e-19  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.718374  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0567  Redoxin domain protein  33.77 
 
 
498 aa  97.1  9e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1718  NHL repeat-containing protein  32.99 
 
 
487 aa  96.3  1e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0097  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  36.88 
 
 
612 aa  95.9  2e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.328632  hitchhiker  0.000931017 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6967  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  38.81 
 
 
612 aa  95.5  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.265007  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0100  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  36.88 
 
 
612 aa  95.5  2e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2446  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  36.3 
 
 
628 aa  94  7e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0385674 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3207  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  32.84 
 
 
688 aa  94  8e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.23742  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0173  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  36.57 
 
 
639 aa  93.6  9e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00772059 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3914  NHL repeat-containing protein  37.78 
 
 
672 aa  93.2  1e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3716  NHL repeat containing protein  37.78 
 
 
674 aa  92.4  2e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35610  thiol-disulfide isomerase-like thioredoxin  34.33 
 
 
634 aa  89.7  1e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0739  putative cytochrome C-type biogenesis protein  20.32 
 
 
403 aa  89  2e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0112308  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4253  putative NHL repeat protein  37.5 
 
 
584 aa  87.8  6e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.376441  normal  0.79365 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3901  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  34.13 
 
 
641 aa  84.7  0.000000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0721  cytochrome C biogenesis protein  19.59 
 
 
403 aa  84.3  0.000000000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04460  methionine-R-sulfoxide reductase/methionine-S-sulfoxide reductase  23.95 
 
 
735 aa  77.8  0.0000000000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.361205  normal  0.714911 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1402  NHL repeat containing protein  31.77 
 
 
470 aa  75.5  0.000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.649211  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0181  alkyl hydroperoxide reductase  29.79 
 
 
183 aa  75.1  0.000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0243778  normal  0.461108 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0632  cytochrome c-type biogenesis protein  34.91 
 
 
216 aa  75.1  0.000000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.159383  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2412  Redoxin domain protein  31.03 
 
 
167 aa  74.7  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4168  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  33.7 
 
 
238 aa  72.4  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1111  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  29.22 
 
 
227 aa  71.6  0.00000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000199763  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0547  peroxiredoxin-like protein  28.03 
 
 
168 aa  70.9  0.00000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3927  thioredoxin-like  33.33 
 
 
174 aa  70.5  0.00000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.298512  normal  0.186192 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0405  redoxin domain-containing protein  31.33 
 
 
203 aa  70.5  0.00000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0625  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  23.63 
 
 
445 aa  70.1  0.0000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.254144  normal  0.888006 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1221  peroxiredoxin-like protein  28.47 
 
 
173 aa  69.3  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4444  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  33.1 
 
 
196 aa  69.7  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.133035 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3286  cytochrome c biogenesis protein  37.76 
 
 
237 aa  68.6  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.549106  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2408  hypothetical protein  30.37 
 
 
160 aa  68.6  0.0000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.908805  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00583  hypothetical protein  27.59 
 
 
472 aa  68.2  0.0000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.718247  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0861  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  27.78 
 
 
189 aa  67.8  0.0000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.155376  hitchhiker  0.00638708 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0760  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  35.2 
 
 
228 aa  68.2  0.0000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.173874 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1607  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  32.37 
 
 
403 aa  67.4  0.0000000007  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.313576  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3551  thiol:disulfide interchange protein DsbE, putative  30.08 
 
 
173 aa  67  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.571735 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2330  redoxin domain-containing protein  29.17 
 
 
182 aa  65.9  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0220843  normal  0.114358 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1857  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  32.45 
 
 
280 aa  66.2  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0270  putative transmembrane protein  30.2 
 
 
174 aa  66.2  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1898  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  27.53 
 
 
187 aa  65.5  0.000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0318  hypothetical protein  30.99 
 
 
166 aa  65.5  0.000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0164115  normal  0.0202423 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2777  redoxin domain-containing protein  31.11 
 
 
182 aa  65.5  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.769829  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4901  Redoxin domain protein  30.41 
 
 
165 aa  65.1  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.273187  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0217  redoxin domain-containing protein  33.55 
 
 
171 aa  64.7  0.000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.219465 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3690  Thiol-disulfide isomerase/thioredoxin-like  29.55 
 
 
183 aa  64.7  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.405129 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>