More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5678 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010557  BamMC406_5678  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  100 
 
 
408 aa  853    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0000120872  normal  0.0293014 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5901  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  99.75 
 
 
408 aa  852    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00683325  hitchhiker  0.00740172 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2359  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  39.94 
 
 
410 aa  236  5.0000000000000005e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.128163  normal  0.731078 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1687  Rieske (2Fe-2S) domain protein  37.6 
 
 
449 aa  230  3e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3062  phthalate 4,5-dioxygenase  39.04 
 
 
431 aa  229  8e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.021682 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5154  Rieske (2Fe-2S) region  33.67 
 
 
440 aa  196  6e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.291358  normal  0.277417 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2370  putative phthalate 4,5-dioxygenase oxygenase subunit (OhpA2)  33.82 
 
 
440 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000399664  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1175  Phthalate 4,5-dioxygenase  30.7 
 
 
452 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.769494  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4297  phthalate 4,5-dioxygenase  32.82 
 
 
392 aa  183  4.0000000000000006e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3537  aromatic acid dioxygenase alpha subunit  32.06 
 
 
440 aa  182  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.329598 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8462  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.34 
 
 
448 aa  182  1e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0877  putative dioxygenase  30.98 
 
 
452 aa  181  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.297728  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2268  Rieske (2Fe-2S) protein  30.73 
 
 
452 aa  176  6e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0946291  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5548  putative Phthalate 4,5-dioxygenase subunit alpha  32.02 
 
 
439 aa  175  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6982  phthalate 4,5-dioxygenase  30.98 
 
 
438 aa  172  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1445  Rieske (2Fe-2S) protein  30.87 
 
 
437 aa  167  2.9999999999999998e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.491711  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5781  Rieske (2Fe-2S) region  32.82 
 
 
417 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4882  phthalate 4,5-dioxygenase  31.57 
 
 
422 aa  162  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0555  phthalate 4,5-dioxygenase  31.76 
 
 
470 aa  160  4e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.547165  normal  0.18525 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4805  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.3 
 
 
443 aa  159  8e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0495821  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1473  Rieske (2Fe-2S) region  31.25 
 
 
398 aa  155  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.826795  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1543  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.17 
 
 
519 aa  155  1e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.453445  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1044  phthalate 4,5-dioxygenase  28.73 
 
 
454 aa  155  1e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.714091 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7254  Rieske (2Fe-2S) domain protein  30.29 
 
 
430 aa  153  5e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2779  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31 
 
 
443 aa  152  8e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.261515  normal  0.259625 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4958  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31 
 
 
443 aa  152  8e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.879177  normal  0.275764 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2133  twin-arginine translocation pathway signal  30.14 
 
 
484 aa  151  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.395399  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3201  phthalate 4,5-dioxygenase  30.67 
 
 
436 aa  151  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2928  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.39 
 
 
445 aa  146  5e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.149906  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1001  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.02 
 
 
380 aa  144  2e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0574  phthalate 4,5-dioxygenase  29.92 
 
 
406 aa  137  2e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.105836  normal  0.217979 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3529  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  40.68 
 
 
433 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.551503  normal  0.104416 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4795  phthalate 4,5-dioxygenase  27.87 
 
 
412 aa  133  5e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.269335  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4627  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.65 
 
 
417 aa  132  7.999999999999999e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3532  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.68 
 
 
446 aa  127  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.048657  normal  0.0515471 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1910  phthalate 4,5-dioxygenase, oxygenase subunit  38.67 
 
 
438 aa  125  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.578876  normal  0.581965 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6324  phthalate 4,5-dioxygenase  39.25 
 
 
437 aa  124  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1184  Rieske (2Fe-2S) domain protein  25.64 
 
 
358 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4881  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.33 
 
 
434 aa  110  5e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2036  hypothetical protein  27.46 
 
 
334 aa  109  1e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502892  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4103  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.84 
 
 
374 aa  98.2  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2137  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.51 
 
 
450 aa  97.1  5e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1185  Rieske (2Fe-2S) domain protein  23.18 
 
 
364 aa  95.1  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0203  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.49 
 
 
406 aa  94.4  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7085  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.49 
 
 
406 aa  93.6  6e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1812  Rieske (2Fe-2S) region  29.83 
 
 
383 aa  93.2  8e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0372125 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5354  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.33 
 
 
370 aa  92  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.111829  normal  0.289416 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2035  hypothetical protein  24.79 
 
 
345 aa  90.1  6e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0787  Rieske (2Fe-2S) protein  32.76 
 
 
351 aa  89.7  9e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.466147 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1016  dioxygenase, iron-sulfur subunit, putative  25.41 
 
 
369 aa  88.2  3e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.621392  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4244  Rieske (2Fe-2S) domain protein  34.64 
 
 
352 aa  87.8  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0396  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.67 
 
 
360 aa  87.8  3e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.547393 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1589  Rieske (2Fe-2S) region  32.42 
 
 
371 aa  87  5e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.577114  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6242  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.42 
 
 
371 aa  87  5e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.718979  normal  0.984052 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1459  Rieske (2Fe-2S) domain protein  30.19 
 
 
357 aa  87  6e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0280358  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6718  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.42 
 
 
371 aa  87  6e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5718  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32 
 
 
373 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.592667 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6610  vanillate demethylase oxygenase subunit  28.9 
 
 
380 aa  85.1  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.581564  normal  0.184804 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4992  Rieske (2Fe-2S) region  23.51 
 
 
366 aa  84.7  0.000000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5962  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.87 
 
 
373 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.314282  normal  0.602397 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2918  Rieske (2Fe-2S) domain protein  25.71 
 
 
337 aa  84  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.333438  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2686  Rieske (2Fe-2S) protein  25.68 
 
 
376 aa  84  0.000000000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_43309  predicted protein  30.86 
 
 
492 aa  84  0.000000000000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.231154  hitchhiker  0.00124797 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4769  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  27.35 
 
 
367 aa  82.8  0.000000000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.289545  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6662  dioxygenase, iron-sulfur subunit  31.25 
 
 
371 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0364205  normal  0.0470201 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2482  Rieske (2Fe-2S) domain protein  23.51 
 
 
362 aa  81.6  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1009  vanillate demethylase  31.25 
 
 
353 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0048453  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1355  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.76 
 
 
358 aa  80.9  0.00000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0993  Rieske (2Fe-2S) region  27.92 
 
 
350 aa  80.1  0.00000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  unclonable  0.00000318811 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3984  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.55 
 
 
356 aa  79.7  0.00000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.643695  normal  0.0193847 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1559  vanillate monooxygenase  25.14 
 
 
347 aa  79.3  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.662697  normal  0.47859 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1575  Rieske (2Fe-2S) protein  29.03 
 
 
346 aa  79.7  0.0000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.869006  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1130  Rieske (2Fe-2S) domain protein  24.46 
 
 
362 aa  79.3  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0812255  normal  0.937672 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5546  putative vanillate O-demethylase oxygenase subunit (4-hydroxy- 3-methoxybenzoate demethylase)  38.14 
 
 
347 aa  79.3  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2050  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  28.06 
 
 
327 aa  78.6  0.0000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0319051  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2143  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.47 
 
 
372 aa  77.4  0.0000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.444634  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0576  Rieske (2Fe-2S) region  30.11 
 
 
323 aa  77.4  0.0000000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1103  Rieske (2Fe-2S) domain protein  24.77 
 
 
362 aa  77  0.0000000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0659  Rieske (2Fe-2S) domain protein  28 
 
 
361 aa  77  0.0000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.210033 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1550  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.45 
 
 
353 aa  77  0.0000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.276626  normal  0.0604744 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4346  pheophorbide a oxygenase  29.11 
 
 
465 aa  76.6  0.0000000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.18517  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2919  Rieske (2Fe-2S) domain protein  29.31 
 
 
338 aa  76.3  0.0000000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.563703  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3212  Rieske 2Fe-2S family protein  30.29 
 
 
341 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2492  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  29.88 
 
 
315 aa  75.9  0.000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1105  Rieske (2Fe-2S) protein  32.14 
 
 
358 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.080608  normal  0.368914 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1488  Rieske (2Fe-2S) protein  30.99 
 
 
351 aa  76.3  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3658  Rieske (2Fe-2S) region  32.14 
 
 
356 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0648  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  27.43 
 
 
361 aa  75.9  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.149026 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4709  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.14 
 
 
356 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700082  normal  0.155037 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1296  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.24 
 
 
367 aa  75.5  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.85642 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2590  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.89 
 
 
341 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.225432 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5591  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.14 
 
 
356 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00790855 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0627  Rieske (2Fe-2S) domain protein  27.43 
 
 
361 aa  75.5  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3626  Rieske (2Fe-2S) domain protein  28.83 
 
 
362 aa  75.5  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.54925  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1552  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.89 
 
 
367 aa  75.1  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.190198 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7059  Rieske (2Fe-2S) domain protein  30.99 
 
 
364 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.2387  normal  0.465604 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1549  vanillate monooxygenase  30.72 
 
 
359 aa  74.3  0.000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.619122  normal  0.0130812 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3542  vanillate O-demethylase oxygenase subunit  30 
 
 
345 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.10385 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0296  Rieske (2Fe-2S) region  28.25 
 
 
378 aa  74.7  0.000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.317274  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0287  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.25 
 
 
378 aa  74.7  0.000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.831286  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>