More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5544 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010557  BamMC406_5544  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
357 aa  732    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.849034 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6522  NAD-dependent epimerase/dehydratase  90.91 
 
 
363 aa  660    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.21909 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5668  dihydrokaempferol 4-reductase  90.62 
 
 
363 aa  661    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5780  dihydrokaempferol 4-reductase  98.04 
 
 
357 aa  723    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.42555 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6032  dihydrokaempferol 4-reductase  90.62 
 
 
363 aa  661    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.469593 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2413  cinnamyl-alcohol dehydrogenase  59.77 
 
 
352 aa  451  1.0000000000000001e-126  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.208408  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1666  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.4 
 
 
355 aa  426  1e-118  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0378933  normal  0.767388 
 
 
-
 
NC_011698  PHATRDRAFT_50500  predicted protein  53.26 
 
 
358 aa  376  1e-103  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.650002  n/a   
 
 
-
 
NC_011698  PHATRDRAFT_31257  predicted protein  51.44 
 
 
354 aa  374  1e-102  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.367524  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5234  hypothetical protein  44.81 
 
 
349 aa  293  3e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.29 
 
 
348 aa  229  4e-59  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.621455 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0788  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.14 
 
 
348 aa  218  1e-55  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.892865 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0843  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.1 
 
 
347 aa  206  4e-52  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.34755  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0503  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.71 
 
 
346 aa  206  4e-52  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1931  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.11 
 
 
349 aa  196  6e-49  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.593459  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0547  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase-like  35.26 
 
 
347 aa  192  8e-48  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.403557 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5719  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.57 
 
 
352 aa  172  1e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.512451  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3396  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.28 
 
 
342 aa  160  5e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0529  dihydrokaempferol 4-reductase  34.33 
 
 
332 aa  150  4e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5514  putative dihydrokaempferol 4-reductase (NAD-dependent epimerase/dehydratase)  36.57 
 
 
340 aa  147  3e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.918772 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4455  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.05 
 
 
346 aa  145  1e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.153396  normal  0.0330864 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3990  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.17 
 
 
351 aa  143  5e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4376  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.17 
 
 
351 aa  142  8e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3538  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.08 
 
 
351 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.249443  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4564  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.89 
 
 
325 aa  139  7e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0153  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.91 
 
 
346 aa  137  3.0000000000000003e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.178304  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05977  ketoreductase (AFU_orthologue; AFUA_2G10280)  30.75 
 
 
334 aa  130  3e-29  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.396271 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_80185  CAD family protein  32.98 
 
 
331 aa  130  3e-29  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.101414  normal 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_34417  hypothetical protein  33.57 
 
 
328 aa  130  4.0000000000000003e-29  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.584917  normal 
 
 
-
 
NC_006687  CNE03540  D-lactaldehyde dehydrogenase, putative  31.01 
 
 
346 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006687  CNE03550  D-lactaldehyde dehydrogenase, putative  30.99 
 
 
346 aa  127  3e-28  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0901  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.7 
 
 
319 aa  126  6e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0777869 
 
 
-
 
NC_006687  CNE03560  dihydrokaempferol 4-reductase, putative  29.86 
 
 
346 aa  125  9e-28  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.50925  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_58065  dihydroflavonol-4-reductases  30.2 
 
 
335 aa  125  1e-27  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_31128  cinnamoyl-Coa reductase  30.31 
 
 
328 aa  120  4.9999999999999996e-26  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00765  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein (AFU_orthologue; AFUA_3G02250)  30.77 
 
 
343 aa  119  7e-26  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0153  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.4 
 
 
338 aa  119  9e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_36555  Cinnamyl-alcohol dehydrogenase Flavonol reductase/cinnamoyl-CoA reductase  30.86 
 
 
339 aa  117  3.9999999999999997e-25  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0121063  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0377  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.44 
 
 
341 aa  116  5e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0387  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.44 
 
 
341 aa  116  5e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.831837  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3803  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.42 
 
 
347 aa  116  5e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0426426  normal  0.159992 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_42452  dihydroflavonol-4-reductases  29.92 
 
 
336 aa  116  6.9999999999999995e-25  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006692  CNG01830  oxidoreductase, putative  27.79 
 
 
357 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2562  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.43 
 
 
392 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0042  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.7 
 
 
332 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.527428  normal  0.235169 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2134  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.56 
 
 
329 aa  108  2e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_32463  protein induced by osmotic stress  32.31 
 
 
334 aa  106  5e-22  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.254213  normal  0.336313 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2029  hopanoid-associated sugar epimerase  30.2 
 
 
329 aa  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_56924  cinnamyl-alcohol dehydrogenase  29.01 
 
 
332 aa  105  1e-21  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.302956 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_49223  protein induced by osmotic stress  32.86 
 
 
336 aa  105  1e-21  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.376808 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_72153  NADPH-dependent methylglyoxal reductase GRE2  29.86 
 
 
337 aa  104  2e-21  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  decreased coverage  0.00635585 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2055  hopanoid-associated sugar epimerase  30.2 
 
 
329 aa  104  2e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5153  hopanoid-associated sugar epimerase  31.71 
 
 
342 aa  99  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15511  dihydroflavonol-4-reductase  27.5 
 
 
322 aa  99  1e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.738069  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_34974  NADPH-dependent Cinnamyl-alcohol dehydrogenase.  27.27 
 
 
336 aa  98.6  1e-19  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.577054 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0240  dihydroflavonol 4-reductase family protein  29.92 
 
 
329 aa  97.1  5e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00224634  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0002  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  27.14 
 
 
322 aa  97.1  5e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_56762  protein induced by osmotic stress  28.33 
 
 
334 aa  96.7  5e-19  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.516497  normal  0.0996379 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1207  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.95 
 
 
339 aa  95.9  9e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0228638  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3897  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.54 
 
 
313 aa  92.8  7e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.213475 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3275  hopanoid-associated sugar epimerase  30.23 
 
 
328 aa  92.8  7e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4312  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.33 
 
 
341 aa  92.8  8e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.558578  normal  0.0371472 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2290  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.99 
 
 
329 aa  91.7  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3152  hopanoid-associated sugar epimerase  26.84 
 
 
340 aa  90.9  3e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_39216  GRE2-like protein  27.82 
 
 
335 aa  89.7  7e-17  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.239106  hitchhiker  0.00871069 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0274  dihydroflavonol 4-reductase family protein  30.32 
 
 
354 aa  89.4  9e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.522156 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1019  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.18 
 
 
328 aa  88.2  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1741  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.23 
 
 
328 aa  86.7  6e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.75 
 
 
335 aa  86.3  9e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3280  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.02 
 
 
322 aa  85.9  9e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.733793  normal  0.122087 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1017  nucleoside diphosphate sugar epimerase family protein  30.56 
 
 
328 aa  85.9  0.000000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.582194  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1952  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.63 
 
 
341 aa  85.5  0.000000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.755227  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3249  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.75 
 
 
339 aa  85.5  0.000000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0678518 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1218  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  30.31 
 
 
327 aa  85.1  0.000000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4170  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.72 
 
 
358 aa  84  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117289  normal  0.322206 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1781  hopanoid-associated sugar epimerase  28.73 
 
 
329 aa  84.3  0.000000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.889296  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0262  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 
320 aa  84.3  0.000000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2122  hypothetical protein  28.73 
 
 
329 aa  84.3  0.000000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.744824  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2821  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.53 
 
 
328 aa  84  0.000000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0273473  normal  0.296393 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1830  hopanoid-associated sugar epimerase  27.16 
 
 
363 aa  82.8  0.000000000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2986  oxidoreductase, putative  26.74 
 
 
349 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0471013 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2186  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.52 
 
 
331 aa  82  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0424132  normal  0.414792 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2547  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  27.83 
 
 
334 aa  82  0.00000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000238477  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4897  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.42 
 
 
333 aa  81.6  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.23 
 
 
355 aa  80.9  0.00000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.407115  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0999  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.4 
 
 
329 aa  80.5  0.00000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.170606  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3239  hopanoid-associated sugar epimerase  27.95 
 
 
332 aa  80.5  0.00000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.109011 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7142  hopanoid-associated sugar epimerase  28.57 
 
 
347 aa  80.5  0.00000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.516154  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2707  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.85 
 
 
342 aa  80.1  0.00000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.529174  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.1 
 
 
355 aa  80.1  0.00000000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.129655 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0687  dihydroflavonol 4-reductase, putative  26.9 
 
 
328 aa  79.7  0.00000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0174586  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0121  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.53 
 
 
361 aa  79.7  0.00000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2234  hopanoid-associated sugar epimerase  27.56 
 
 
329 aa  79  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00968457  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2444  hopanoid-associated sugar epimerase  28.4 
 
 
329 aa  78.2  0.0000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0864  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.69 
 
 
328 aa  78.2  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2604  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.41 
 
 
324 aa  78.2  0.0000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.118857 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1458  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  27.09 
 
 
329 aa  77.8  0.0000000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000901734  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0551  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.45 
 
 
333 aa  77.4  0.0000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1900  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.57 
 
 
358 aa  76.3  0.0000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0547255  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0690  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.07 
 
 
326 aa  76.3  0.0000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>