More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5240 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010623  Bphy_4619  transcriptional regulator  80.9 
 
 
520 aa  829    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.232866 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5240  transcriptional regulator  100 
 
 
502 aa  1004    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6889  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  62.8 
 
 
515 aa  646    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0343806  normal  0.248624 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2503  GntR family transcriptional regulator  64.1 
 
 
506 aa  642    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0495  transcriptional regulator  84.13 
 
 
561 aa  842    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.885427  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0430  GntR family transcriptional regulator  64.5 
 
 
506 aa  647    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1478.1  GntR family transcriptional regulator  84.13 
 
 
546 aa  842    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0480  GntR family transcriptional regulator  64.19 
 
 
509 aa  648    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.320093  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0397  transcriptional regulator  83.94 
 
 
564 aa  823    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.493491  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2128  GntR family transcriptional regulator  84.13 
 
 
564 aa  842    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.203472  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0817  GntR family transcriptional regulator  64.1 
 
 
506 aa  643    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.389843  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1824  GntR family transcriptional regulator  83.94 
 
 
564 aa  823    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0281  GntR family transcriptional regulator  96.4 
 
 
503 aa  949    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2171  GntR family transcriptional regulator  63.58 
 
 
507 aa  649    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.164401  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4910  transcriptional regulator  96.41 
 
 
502 aa  966    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0641  GntR family transcriptional regulator  64.52 
 
 
506 aa  648    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.371693  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2118  GntR family transcriptional regulator  85.3 
 
 
562 aa  830    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0506592  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2364  GntR family transcriptional regulator  64.1 
 
 
506 aa  643    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0684851  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0811  GntR family transcriptional regulator  84.13 
 
 
564 aa  842    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.482303  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0835  GntR family transcriptional regulator  83.06 
 
 
501 aa  826    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.255171 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2934  GntR family transcriptional regulator  62.57 
 
 
513 aa  639    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4666  transcriptional regulator  63.47 
 
 
511 aa  642    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3006  GntR family transcriptional regulator  96.41 
 
 
502 aa  966    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4449  GntR family transcriptional regulator  63.78 
 
 
507 aa  636    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3295  GntR family transcriptional regulator  64.19 
 
 
507 aa  643    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.761418 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3610  transcriptional regulator  63.78 
 
 
507 aa  636    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.530067  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4710  GntR family transcriptional regulator  99.6 
 
 
502 aa  996    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.991475  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3811  transcriptional regulator  64.19 
 
 
507 aa  644    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1809  GntR family transcriptional regulator  64.5 
 
 
506 aa  647    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4520  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  84.41 
 
 
501 aa  832    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4852  transcriptional regulator  76.39 
 
 
523 aa  765    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.791352 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3917  GntR family transcriptional regulator  63.78 
 
 
507 aa  636    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3365  transcriptional regulator  95.76 
 
 
503 aa  944    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.987625  normal  0.688219 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5360  GntR family transcriptional regulator  96.41 
 
 
502 aa  966    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.881059  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4320  transcriptional regulator  61.64 
 
 
521 aa  625  1e-178  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.268323 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0030  putative transcription regulator protein  58.76 
 
 
509 aa  550  1e-155  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1609  GntR family transcriptional regulator  55.36 
 
 
569 aa  550  1e-155  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0318445  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3397  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  57 
 
 
504 aa  534  1e-150  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3720  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  56.46 
 
 
507 aa  527  1e-148  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2546  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  49.79 
 
 
497 aa  463  1e-129  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.474867  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1783  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  47.86 
 
 
501 aa  459  9.999999999999999e-129  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.26432  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2234  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  48.72 
 
 
497 aa  461  9.999999999999999e-129  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1866  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  48.54 
 
 
495 aa  456  1e-127  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4307  transcriptional regulator  49.49 
 
 
488 aa  451  1e-125  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3105  GntR family transcriptional regulator  47.57 
 
 
501 aa  448  1e-125  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1334  transcriptional regulator  47.57 
 
 
501 aa  449  1e-125  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1217  GntR family transcriptional regulator  47.57 
 
 
501 aa  447  1.0000000000000001e-124  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0569  transcriptional regulator  46.53 
 
 
499 aa  441  9.999999999999999e-123  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5048  transcriptional regulator  49.39 
 
 
502 aa  436  1e-121  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.528927 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2382  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  45.82 
 
 
503 aa  419  1e-116  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0552603  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2866  GntR family transcriptional regulator  46.64 
 
 
492 aa  415  1e-114  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.156549  normal  0.161976 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0348  GntR family transcriptional regulator  46.01 
 
 
495 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0423  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  46.25 
 
 
494 aa  405  1.0000000000000001e-112  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0136  GntR family transcriptional regulator  46.74 
 
 
496 aa  384  1e-105  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5427  transcriptional regulator  42.48 
 
 
490 aa  372  1e-102  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.491975  normal  0.163691 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2297  GntR family transcriptional regulator  46.23 
 
 
501 aa  368  1e-100  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.35156  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7128  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  43.31 
 
 
507 aa  368  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1152  GntR family transcriptional regulator  45.57 
 
 
492 aa  364  2e-99  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0246  GntR family transcriptional regulator  42.43 
 
 
507 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3639  transcriptional regulator  43.38 
 
 
488 aa  352  1e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4478  GntR family transcriptional regulator  43.38 
 
 
488 aa  352  1e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.728897  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3888  GntR family transcriptional regulator  43.38 
 
 
488 aa  352  1e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.490049  normal  0.865641 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0988  transcriptional regulator  46.32 
 
 
502 aa  350  3e-95  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1071  GntR family transcriptional regulator  46.32 
 
 
511 aa  350  3e-95  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.030835  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1398  GntR family transcriptional regulator  46.11 
 
 
502 aa  348  1e-94  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.309369  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0133  GntR family transcriptional regulator  46.11 
 
 
502 aa  348  1e-94  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1480  GntR family transcriptional regulator  46.11 
 
 
502 aa  348  1e-94  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0515  GntR family transcriptional regulator  46.11 
 
 
498 aa  348  1e-94  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2202  GntR family transcriptional regulator  42.31 
 
 
488 aa  343  4e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2302  GntR family regulatory protein  45.78 
 
 
502 aa  342  8e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3403  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  43.82 
 
 
489 aa  338  9.999999999999999e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.335079 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1933  GntR family transcriptional regulator  39.96 
 
 
490 aa  338  1.9999999999999998e-91  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.100433  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2951  GntR family transcriptional regulator  40.67 
 
 
475 aa  336  5e-91  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.604196  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5126  GntR family transcriptional regulator  41.83 
 
 
492 aa  335  1e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.835239  normal  0.332894 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1693  GntR family transcriptional regulator  44.98 
 
 
502 aa  335  2e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3858  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  40.7 
 
 
491 aa  333  3e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4112  transcriptional regulator  40.25 
 
 
495 aa  329  8e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3267  transcriptional regulator  41.06 
 
 
492 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1910  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  43.19 
 
 
494 aa  326  8.000000000000001e-88  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.279247  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3119  transcription regulator protein  43.06 
 
 
488 aa  322  9.000000000000001e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0937  GntR family transcriptional regulator  39.34 
 
 
486 aa  320  5e-86  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3074  GntR family transcriptional regulator  41.04 
 
 
470 aa  314  2.9999999999999996e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3892  GntR family transcriptional regulator  40.41 
 
 
492 aa  310  4e-83  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.179019  normal  0.485504 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4413  transcriptional regulator  42.32 
 
 
490 aa  309  8e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.336861  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3107  transcriptional regulator  38.32 
 
 
478 aa  309  8e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.936861  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5345  transcriptional regulator  41.53 
 
 
506 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0493543 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3352  GntR family transcriptional regulator  37.26 
 
 
485 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5633  GntR family transcriptional regulator  38.83 
 
 
517 aa  307  3e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000615538  normal  0.236104 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0130  GntR family transcriptional regulator  41.14 
 
 
490 aa  306  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0609  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  38.11 
 
 
514 aa  305  9.000000000000001e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2795  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  40.25 
 
 
500 aa  305  1.0000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.77384  normal  0.599586 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6170  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  42.2 
 
 
523 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5117  transcriptional regulator  39.46 
 
 
508 aa  304  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.0000000208159  normal  0.0731219 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3950  GntR family transcriptional regulator  42 
 
 
515 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.115894  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1023  transcriptional regulator  36.83 
 
 
485 aa  303  4.0000000000000003e-81  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.582702 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0025  transcriptional regulator  40.8 
 
 
481 aa  303  5.000000000000001e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.17702 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1011  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.62 
 
 
485 aa  302  9e-81  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0986  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  37.08 
 
 
495 aa  301  2e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5391  transcriptional regulator  38.73 
 
 
509 aa  301  2e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253395  normal  0.0145041 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2817  transcriptional regulator  42.64 
 
 
487 aa  300  3e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.151028  normal  0.354487 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>