More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5230 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010515  Bcenmc03_4918  RND family efflux transporter MFP subunit  97.28 
 
 
405 aa  752    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.890764  normal  0.731397 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0416  multidrug efflux pump BpeE  89.26 
 
 
406 aa  672    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1466  RND family efflux transporter MFP subunit  89.59 
 
 
409 aa  679    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.511584  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1840  RND family efflux transporter MFP subunit  89.59 
 
 
409 aa  679    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0295  HlyD family secretion protein  97.53 
 
 
405 aa  757    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5230  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 
405 aa  809    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0639393  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2106  RND family efflux transporter MFP subunit  88.55 
 
 
408 aa  685    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.553946  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0827  multidrug efflux pump BpeE  89.26 
 
 
406 aa  672    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.747872  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2144  multidrug efflux pump BpeE  89.26 
 
 
406 aa  672    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0513  multidrug efflux pump BpeE  89.09 
 
 
409 aa  676    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3373  RND family efflux transporter MFP subunit  97.04 
 
 
405 aa  703    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3014  secretion protein HlyD  97.28 
 
 
405 aa  752    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4699  RND family efflux transporter MFP subunit  99.75 
 
 
405 aa  807    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5352  RND family efflux transporter MFP subunit  97.28 
 
 
405 aa  752    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730017  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4534  efflux transporter, RND family, MFP subunit  77.97 
 
 
424 aa  595  1e-169  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.452412  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4634  RND family efflux transporter MFP subunit  74.81 
 
 
429 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.562661  normal  0.24851 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0849  RND efflux system membrane fusion protein  77.16 
 
 
418 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8894  decreased coverage  0.000437743 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2891  RND efflux system membrane fusion protein  66.58 
 
 
391 aa  450  1e-125  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.81851  normal  0.755183 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1792  secretion protein HlyD  62.36 
 
 
412 aa  429  1e-119  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.567297  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3829  secretion protein HlyD  60.64 
 
 
387 aa  421  1e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.192626  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4225  efflux transporter, RND family, MFP subunit  62.69 
 
 
436 aa  413  1e-114  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1112  transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  59.33 
 
 
438 aa  412  1e-114  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.794261  normal  0.680549 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4335  efflux transporter, RND family, MFP subunit  62.69 
 
 
436 aa  413  1e-114  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.514202  normal  0.256174 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4335  secretion protein HlyD  56.54 
 
 
410 aa  403  1e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387273  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5121  RND family efflux transporter MFP subunit  62.61 
 
 
396 aa  392  1e-108  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4867  cation/multidrug efflux system membrane protein  55.09 
 
 
411 aa  390  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00045993  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0941  efflux transporter, RND family, MFP subunit  51.02 
 
 
419 aa  362  6e-99  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.35175  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2562  efflux transporter, RND family, MFP subunit  52.34 
 
 
416 aa  359  4e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0757424  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1362  RND family efflux transporter MFP subunit  54.63 
 
 
418 aa  353  2e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.168892  decreased coverage  0.00389749 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5137  RND family efflux transporter MFP subunit  50.68 
 
 
427 aa  346  4e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.259338 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0869  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE precursor  48.26 
 
 
409 aa  334  1e-90  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.988771  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0715  RND family efflux transporter MFP subunit  46.88 
 
 
404 aa  335  1e-90  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2967  secretion protein HlyD  49.17 
 
 
413 aa  333  3e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.400142  normal  0.180224 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3099  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  48.04 
 
 
414 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.165228  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2659  secretion protein HlyD  47.47 
 
 
417 aa  326  6e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.72 
 
 
399 aa  325  8.000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3045  RND family efflux transporter MFP subunit  52.06 
 
 
414 aa  318  1e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.561818 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3304  secretion protein HlyD  51.08 
 
 
396 aa  317  2e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1902  secretion protein HlyD  49.01 
 
 
409 aa  317  2e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.555792  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1619  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  49.27 
 
 
386 aa  317  3e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2448  RND family efflux transporter MFP subunit  46.6 
 
 
413 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.773044  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3579  putative transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  47.38 
 
 
414 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2511  RND family efflux transporter MFP subunit  46.34 
 
 
413 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.504694  normal  0.653168 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3429  secretion protein HlyD  51.86 
 
 
411 aa  313  1.9999999999999998e-84  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3425  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.07 
 
 
413 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2337  RND family efflux transporter MFP subunit  46.07 
 
 
413 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3079  secretion protein HlyD  44.63 
 
 
418 aa  311  1e-83  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.787711  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3325  RND family efflux transporter MFP subunit  46.46 
 
 
412 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3182  RND family efflux transporter MFP subunit  46.46 
 
 
412 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3353  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.32 
 
 
396 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.462389  normal  0.0123154 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4179  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.14 
 
 
420 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0646106  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03218  Membrane-fusion protein  45.63 
 
 
428 aa  307  2.0000000000000002e-82  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3181  RND family efflux transporter MFP subunit  46.46 
 
 
412 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1187  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.46 
 
 
412 aa  307  2.0000000000000002e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.917574  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3096  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.32 
 
 
396 aa  307  3e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.219805 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1145  RND family efflux transporter MFP subunit  46.51 
 
 
412 aa  305  7e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00324803  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5483  HlyD family secretion protein  46.57 
 
 
396 aa  305  8.000000000000001e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0155996  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1073  RND family efflux transporter MFP subunit  46.51 
 
 
412 aa  305  9.000000000000001e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000967621  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1077  RND family efflux transporter MFP subunit  46.51 
 
 
412 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4358  RND family efflux transporter MFP subunit  48.9 
 
 
421 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2792  RND family efflux transporter MFP subunit  45.89 
 
 
412 aa  303  4.0000000000000003e-81  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32400  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE precursor  47.14 
 
 
414 aa  303  5.000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3493  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE  44.95 
 
 
476 aa  301  1e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2181  RND family efflux transporter MFP subunit  46.24 
 
 
412 aa  301  1e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.179253  normal  0.0467643 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2745  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE precursor  46.88 
 
 
414 aa  301  1e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2878  RND family efflux transporter MFP subunit  42.74 
 
 
396 aa  300  3e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.247459  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0320  RND family efflux transporter MFP subunit  48.87 
 
 
407 aa  298  8e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.841401 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1567  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.09 
 
 
408 aa  298  1e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.351926 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4124  RND family efflux transporter MFP subunit  44.54 
 
 
415 aa  297  3e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.626146  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1891  RND family efflux transporter MFP subunit  45.48 
 
 
391 aa  295  9e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.497754  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  45.09 
 
 
388 aa  295  1e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0761316  hitchhiker  0.00258561 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1349  RND family efflux transporter MFP subunit  50.58 
 
 
423 aa  293  3e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0306533 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3985  RND family efflux transporter MFP subunit  43.18 
 
 
410 aa  291  1e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0887  secretion protein HlyD  46.65 
 
 
398 aa  290  3e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33860  multidrug efflux RND membrane protein, HlyD family  47.45 
 
 
412 aa  286  5e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6556  RND family efflux transporter MFP subunit  46.94 
 
 
399 aa  281  2e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.254371  normal  0.769115 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5708  secretion protein HlyD  46.94 
 
 
429 aa  281  2e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6072  RND family efflux transporter MFP subunit  46.4 
 
 
399 aa  280  3e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4669  RND family efflux transporter MFP subunit  45.24 
 
 
399 aa  278  2e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.287204  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0063  RND family efflux transporter MFP subunit  44.55 
 
 
402 aa  276  4e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1088  RND family efflux transporter MFP subunit  45.88 
 
 
392 aa  276  7e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  45.6 
 
 
400 aa  275  9e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0711  secretion protein HlyD  41.94 
 
 
382 aa  269  8e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.577453  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1004  HlyD family secretion protein  46.26 
 
 
414 aa  264  2e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0042  secretion protein HlyD  42.38 
 
 
391 aa  264  2e-69  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3621  secretion protein HlyD  44.6 
 
 
400 aa  263  4e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5537  RND family efflux transporter MFP subunit  44.6 
 
 
400 aa  263  4e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.168619  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4746  RND family efflux transporter MFP subunit  44.6 
 
 
400 aa  263  4e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00758562 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1596  HlyD family multidrug efflux protein  39.78 
 
 
371 aa  261  1e-68  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.616153  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2359  RND family efflux transporter MFP subunit  41.89 
 
 
392 aa  261  2e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1828  secretion protein HlyD  38.05 
 
 
406 aa  259  6e-68  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2311  secretion protein HlyD  40.47 
 
 
413 aa  258  1e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.592416  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1152  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.86 
 
 
435 aa  256  6e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00127856  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3238  secretion protein HlyD  43.43 
 
 
393 aa  256  6e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2644  RND family efflux transporter MFP subunit  41.85 
 
 
385 aa  254  1.0000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4053  RND family efflux transporter MFP subunit  39.07 
 
 
414 aa  255  1.0000000000000001e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2129  hypothetical protein  37.08 
 
 
368 aa  254  2.0000000000000002e-66  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3814  RND family efflux transporter MFP subunit  45.75 
 
 
414 aa  253  3e-66  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.14573  normal  0.243008 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  38.06 
 
 
384 aa  252  7e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.66626  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2103  hypothetical protein  38.72 
 
 
365 aa  249  5e-65  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>